После потрясений 1991 года ленинабадский клан не был столь всесилен, как в прежние годы. Опыт митингов сентября-октября показал, что у представителей партийного аппарата, несмотря на связи и влияние, нет силового ресурса. Введенное в сентябре 1991 года чрезвычайное положение в Душанбе фактически никто не выполнял. Набиев начал искать союзников помимо относительно лояльных гиссарцев, а также сумел опереться на Куляб, до этого времени не игравший большой роли во властных играх. Традиционно высокое представительство кулябцев в МВД (наряду с памирцами – также представителей слабого клана) могло быть дополнительным доводом в пользу такого решения. Осенью 1991 года в Кулябскую область начались прямые поставки продовольствия из Ленинабадской области, а Куляб и Худжанд (Ленинабад) стали городами-побратимами. Одновременно оперативно были закрыты уголовные расследования, проводимые против некоторых работников Кулябской области за хозяйственные преступления.

Новый этап противостояния начался уже после распада СССР, весной 1992 года. На этот раз причиной массового недовольства стало уже желание Набиева вытеснить из власти представителей тех региональных сил, которых он считал не вполне лояльными. Однако на этот раз уже президентская власть переоценила свои возможности.

6 марта оказался арестован глава горисполкома Душанбе Максуд Икрамов, отдавший в 1991 году распоряжение снести памятник Ленину. Вскоре уголовные дела были заведены против главы ДПТ Шодмона Юсуфа и одного из руководителей "Растохеза" Мирбобо Миррахимова. Наконец, последней каплей стала попытка отправить в отставку главу МВД Мамадаёза Навджуванова, одного из немногих представителей Памира, остававшегося во властных структурах на высоких постах и назначенного еще Махкамовым. 25 марта Навджуванов был публично обвинен председателем Верховного Совета Сафарали Кенджаевым (уроженцем Гиссарского региона) в превышении полномочий. Разговор происходил в чрезвычайно грубой форме и передавался по государственному телевидению. Навджуванов отказался уходить в отставку и в ответ обвинил Кенджаева в дискриминации горцев.

Хотя Навджуванов не был представителем оппозиции, теперь вставал вопрос не о политических убеждениях, а о балансе представителей разных региональных сил во власти. Ответом на действия Набиева вновь стали массовые митинги. Митинг оппозиции традиционно собрался на площади Шахидон. Навджуванов фактически примкнул к оппозиционерам, выступив на митинге и заявив об отказе уходить в отставку. В таких условиях рассчитывать на поддержку милиции властям не приходилось. Поэтому ответом стал альтернативный митинг в поддержку президента и Верховного Совета.

Первые попытки организации проправительственных митингов проходили достаточно осторожно. Во всяком случае, свою повестку они формулировали крайне робко. В небольшом сообщении корреспондента "Известий" Александра Карпова, напечатанном в номере газеты от 3 апреля "Митинг в Душанбе может стать бессрочным", сообщалось о том, что 2 апреля на площади 800-летия Москвы (она же площадь Озоди) собрались люди, провозгласившие в качестве своих целей "содействовать созданию "круглого стола" между оппозицией и властями". А сам митинг назван "митингом посредников". Однако эта акция, кажется, развития не получила. Главными участниками оппозиционных митингов, как и в сентябре 1991 года, были выходцы из сельских районов Таджикистана. В частности, из Гармской зоны. Мобилизация участников проходила достаточно активно. И они были вполне решительны. Во всяком случае, в материале Олега Панфилова в "Независимой газете" от 8 апреля "Рамадан закончился, митинг набирает силу, противостояние продолжается" упоминается о том, что многие участники шли до Душанбе пешком 100-150 километров, поскольку дороги были перекрыты властями. В опубликованных на интернет-ресурсе "Солдат России" воспоминаниях бывшего жителя Душанбе Марата Яновича Хакела, оказавшегося свидетелем событий начала 1990-х упоминается, между прочим, что одним из лозунгов на площади Шахидон был: "Нет потомкам кровавого Чингисхана во главе Таджикистана"[66]. Имелось в виду, что Ходжент некогда входил во владения внука Чингисхана Чагатая. Так что у регионального разделения в Таджикистане были и довольно экзотические проявления. Между тем по мере того, как становилось ясно, что власти не готовы идти оппозиции на уступки, а переговоры не приносили результата, действия митингующих становились всё более радикальными. 8 апреля демонстранты перекрыли центральные улицы Душанбе.

20 апреля оппозиция предъявила властям ультиматум с требованием отставки Кенджаева. После того, как 21 апреля время ультиматума истекло, митингующие блокировали Верховный Совет. К этому времени на Шахидоне уже началось формирование "Народной гвардии". Члены этих отрядов захватили в заложники около двух десятков человек. В том числе депутатов Верховного Совета и нескольких членов правительства. Кенджаеву пришлось подать в отставку. 22 апреля захваченные депутаты, проведшие ночь на площади, вернулись на заседание и утвердили отставку Кенджаева. После этого в состав Президиума Верховного Совета были введены представители оппозиции, а также казикалон Акбар Тураджонзода. При этом было достигнуто соглашение о том, что в течение года пройдут выборы в новый парламент – Меджлис (для этого предполагалось утвердить новую конституцию).

Новым председателем ВС был избран Акбаршо Искандаров, уроженец Памира. Марат Хакел вспоминает о том, как во время прямой трансляции сессии ВС, когда новые члены Президиума занимали свои места, Тураджонзода сказал Искандарову: "Не садись в это гнусное коммунистическое кресло. Оно изгажено твоими предшественниками. Мы сделаем тебе другое кресло"[67]. "Народная Гвардия" между тем в течение нескольких дней проводила показательные марши по центральным улицам Душанбе. В опубликованном 24 апреля в "Независимой газете" материале Олега Панфилова "Депутаты поняли "текущий момент"" об этих отрядах сообщаются следующие сведения: "В ее состав вошли прежде всего студенты и молодые жители сельских районов, а организацией занялись запасники, одетые в полевую военную форму. Генералом избран мударрис (преподаватель) медресе имама Тирмизи специалист по арабской литературе Саид Киемиддини Гози. Видимо, поэтому в качестве строевой речевки избраны слова на арабском, в которых рефреном звучит – "вахдат" (единство)".

24 апреля оппозиция должна была прекратить митинг, однако передышка длилась недолго. Поняв, что отстоять свои позиции без давления на власть невозможно, а своих силовых ресурсов у властей нет, сторонники властей также решили использовать митинговый инструмент. Сначала митинги в поддержку Кенджаева начались в Кулябе, а позже жители Куляба также прибыли на митинг в Душанбе на площадь Озоди… По утверждению корреспондентов "Известий" Александра Каропова и Владимира Скосырева, приведенном в материале газеты "Душанбе снова охвачен митинговой лихорадкой" от 27 апреля, участников организованно привозили в столицу: "Своими глазами видели больше десятка автобусов… И это при нынешнем-то катастрофическом положении с горючим". Участники митинга также сформировали отряды самообороны, а среди выступавших на митинге оказался Сафарали Кенджаев. Всё выглядело почти зеркальным повторением событий на Шахидоне. Стоит заметить при этом, что Кенджаев не был после отставки отлучен от власти. Набиев предоставил ему пост председателя Комитета национальной безопасности Таджикистана. Из-за чего одним из лозунгов митинга, как сообщали корреспонденты "Известий", между прочим, стал "Кенджаев – наш Андропов".