Оккупация Бреста продолжалась более трех лет. Сразу же было введено немецкое военное управление, которое существовало до 1 сентября 1941 г. Большая часть Брестской области, согласно новому административно-территориальному делению, вошла в состав рейхскомиссариата «Украина». Северные районы были отнесены к Восточной Пруссии. Немецкий и украинский языки объявлялись государственными. Практически все улицы Бреста были переименованы на польский либо немецкий лад. Так, одна из центральных улиц города стала называться улицей 45-й дивизии, а затем Адольф Гитлер-штрассе.

В помощь оккупационным властям немцы образовали местное городское управление — магистрат и полицию, в которых большинство руководящих мест занимали поляки и украинцы. Новая власть начала свою деятельность с переписи населения. По ее данным, в ноябре 1941 г. в Бресте насчитывалась 51 тысяча человек. Все мужчины в возрасте от 16 до 60 лет обязаны были стать на учет в комендатуре. Неявившиеся объявлялись дезертирами и подлежали смертной казни. Приезжие, в том числе женщины, за которых не мог поручиться бургомистр, направлялись в лагеря военнопленных. Таких лагерей в округе было четыре: у Северных ворот крепости, на улице Пушкинской, возле деревни Речица, в так называемых «красных казармах» и в Южном городке. Только в последнем содержалось около 12 тысяч красноармейцев и командиров, в том числе участники обороны крепости и укрепрайона. К началу зимы половина из них вымерла от голода и болезней.

В декабре еврейское население Бреста было переселено в гетто, а в марте 1942 г. было создано гетто для «восточников» — советских граждан, приехавших в Западную Белоруссию после 1939 г. Их гоняли строем на расчистку территории крепости и уборку трупов. С апреля 1942 г. в крепости размещались склады, немецкие, венгерские и итальянские воинские части.

Период оккупации. Разборка казармы 333-го полка.

Еще 26 августа 1941 г. рейхе комиссар Украины Эрих Кох обнародовал политическую программу, из которой стало ясно, что нацисты не собираются признавать партнерами ни прибалтийские, ни украинское и русское антибольшевистские правительства. У покоренных народов было только одно право: обслуживать интересы германской нации. Освобожденные от «химеры совести» арийцы методично уничтожали коммунистов, советских работников, активистов, «восточников», евреев, цыган, мусульман, «бандитов», заложников и просто попавших под руку славянских и неславянских «недочеловеков», очищая жизненное пространство для «расы господ». Местами массовых расстрелов жителей Бреста стали форты II и III, промежуточная казарма в районе форта VIII.

Начиная с осени 1942 г. немцы стали организовывать облавы на людей и насильственно вывозить их на работу в Германию. В октябре была проведена акция по «окончательному решению еврейского вопроса». С 15 по 18 октября гетто было ликвидировано, вместе с ним уничтожено 18 тысяч человек.

За время господства «нового порядка» население Бреста сократилось в 3,5 раза. В брестских лагерях военнопленных были замучены 30 тысяч человек.

Действия оккупантов, проводивших политику устрашения и таким образом воспитывавших у населения «уважение к немцам», лишь усиливали сопротивление. В октябре 1943 г. окружной сельскохозяйственный руководитель докладывал о том, что «1/3 территории Брестского округа находится в руках банд, откуда хлебопоставки можно получить только с применением военной силы вермахта». В самом городе действовало советское и польское антифашистское подполье и диверсионные группы.

23 июня 1944 г. началась самая грандиозная операция Советской Армии под названием «Багратион», стратегической целью которой являлся разгром группы армий «Центр», полное освобождение Белоруссии и выход на западную границу СССР. На первом этапе войска четырех советских фронтов разгромили фланговые группировки противника, а затем сходящимися ударами окружили основные силы группы армий «Центр» восточнее Минска. В котле оказалось свыше 100 тысяч немецких солдат и офицеров. Здесь закончила свой боевой путь 45-я пехотная дивизия. Ее командир генерал-майор Иоахим Энгель сдался в плен. 3 июля танкисты 2-го гвардейского танкового корпуса и партизаны освободили столицу БССР.

За 12 дней советские войска продвинулись на 225–280 километров, освободили большую часть республики. Появилась возможность начать неотступным преследованием гнать остатки разбитых немецких войск к западной границе СССР.

Стабилизация положения на Восточном фронте, в котором образовалась огромная брешь протяженностью в 400 километров, стала важнейшей задачей германского командования. На линии Белосток — Брест спешно создавался новый фронт обороны.

В этой обстановке войска 1-го Белорусского фронта под командованием маршала К. К. Рокоссовского приступили к проведению Люблин-Брестской операции. Ее замысел заключался в том, чтобы ударами в обход Брестского укрепленного района с севера и юга разгромить люблинскую и брестскую группировки противника и, развивая наступление на варшавском направлении, на широком фронте выйти к Висле. Главный удар наносился из района Ковеля в общем направлении на Люблин, Варшаву, а частью сил — в обход Бреста с юга. Армии правого крыла наступали на варшавском направлении, обходя брестскую группировку противника с севера.

Войскам Рокоссовского противостояли основные силы 2-й полевой и часть сил 4-й танковой армий группы «Северная Украина».

В период подготовки к нанесению удара 6 июля войска левого крыла частью сил заняли город Ковель, оставленный немцами «без всякого нажима с нашей стороны», а утром 18 июля сосредоточенная в этом районе группировка советских войск перешла в наступление главными силами.

При мощной артиллерийской поддержке и активной помощи авиации соединения ударной группировки в первый же день прорвали оборону противника. 47-я армия генерал-лейтенанта Н.И. Гусева начала стремительно продвигаться на Седльце, а 8-я гвардейская генерала В.И. Чуйкова и 69-я армия генерал-лейтенанта В.Я. Колпакчи, поддержанные 11-м танковым корпусом, шли на Люблин. 20 июля, продвинувшись на 70 километров, они на широком фронте вышли к реке Западный Буг, с ходу форсировали ее и вступили в пределы Польши. Немцы поспешно отходили на запад. 22 июля войска Колпакчи освободили Хелм, а 11-й танковый корпус генерал-майора И.И. Ющука ворвался в Парчев.

После прорыва обороны противника на Западном Буге 21 июля 1944 г. в сражение вступили 2-я танковая армия генерал-лейтенанта С.И. Богданова — огромная сила в 805 танков и САУ — и 2-й гвардейский кавалерийский корпус генерал-лейтенанта В.В. Крюкова. Германское командование понимало, что разворот войск левого крыла 1-го Белорусского фронта для выхода в тыл и фланг группировке, оборонявшейся севернее Полесья, может произойти на рубеже Бреста. Поэтому оно стянуло в этот район вместе со значительными силами 2-й армии большие резервы. Удерживая Брест, противник стремился разобщить усилия фронта и преградить советским войскам путь к Варшаве.

Оборону в Брестском укрепленном районе занимали части корпусной группы «Е» под командованием генерала Шеллера. В ее состав входили 86, 137, 251-я дивизионные группы, 203-я охранная дивизия, 186-й стрелковый полк, 186-й саперный батальон, 186-й фузилерный батальон, 22-й зенитно-артиллерийский полк, 930-й охранный полк, 251-й батальон связи, батальон отпускников и батальон выздоравливающих. Особенно сильно немцы укрепили северо-восточные и восточные окраины Бреста, имевшие три оборонительных обвода, опиравшихся на крепостные форты. Все дороги и предполье были густо минированы.