Однако времени на создание нелегальных звеньев внешней разведки, обучение её персонала работе на рации, закрепление этих навыков на практической работе не хватило.

27 июля 1941 года А. М. Коротков вместе с интернированным составом посольства покинул Германию. В турецком городе Эдирне советские сотрудники были переданы немцами представителям турецких властей и сотрудникам советского посольства в Турции. Через несколько дней Александр Михайлович был уже в Москве.

В августе 1941 года Коротков был назначен заместителем начальника немецкого отдела ГУГБ НКВД. В ноябре он уже стал начальником отдела, на который во время войны было возложено ведение разведывательной работы на территории Германии, Польши, Чехословакии, Венгрии, Болгарии, Румынии, Югославии, Греции.

Положение Короткова как начальника отдела было чрезвычайно сложным. Связь со многими источниками информации в Германии была с началом войны потеряна. Война с Германией сделала невозможным пребывание «легальных» резидентур в тех странах, которые выступили союзниками Гитлера против СССР (кроме Болгарии). В результате репрессий 1937–1938 годов из Германии и других европейских стран были отозваны разведчики-нелегалы. Многие из них были репрессированы.

А. М. Короткову приходилось прилагать в этих условиях огромные усилия, чтобы, по сути дела, воссоздать агентурный и нелегальный аппарат, решать возникающие сложные задачи, налаживать взаимодействие с соответствующими подразделениями НКВД, а в некоторых необходимых случаях — и с Разведупром РККА.

Немало агентурных групп, подготовленных под руководством Короткова, успешно выполняли задания в тылу врага. Для переброски разведчиков в Германию и соседние с ней страны использовался метод внедрения агентуры в среду трудоспособного населения, вывозившегося в Германию из оккупированных областей СССР на принудительные работы.

Ряд мероприятий по переброске и документированию нелегалов осуществлялся в контакте с английскими спецслужбами. Подготовленные в отделе Короткова нелегалы стали прибывать в Англию в начале 1942 года. Здесь их размещали на конспиративных квартирах, обеспечивали соответствующей экипировкой, документами и затем перебрасывали на территорию Германии и в оккупированные ею европейские страны. За время войны на вражескую территорию было заброшено таким образом около двадцати разведчиков. Однако следует отметить, что, несмотря на огромную работу по задействованию этого контингента, положительных результатов получено не было. Заброшенные в тыл противника разведчики бесследно исчезали. В дальнейшем их судьбу установить не удалось.

Александр Михайлович часто бывал на фронте, где на месте решал острые оперативные вопросы.

После освобождения Румынии, Польши и Югославии Коротков выезжал в эти страны для того, чтобы на месте детально разобраться в складывающейся военно-политической обстановке и организовать информационное освещение непростой политической ситуации в этих странах, включая послевоенное государственное устройство.

К концу войны на территории Германии уже действовало несколько оперативных групп, которые снабжали информацией руководство страны и командование Красной армии. По окончании войны оперативные группы, действовавшие на территории Германии, были объединены. В результате создалась первая послевоенная резидентура советской внешней разведки под прикрытием Аппарата военной администрации в Германии. Первым резидентом берлинской резидентуры в октябре 1945 года был назначен Александр Михайлович Коротков.

В жизни иногда происходят интересные вещи. Здесь, в Берлине, в должности заместителя резидента Александр Михайлович встретил тревожные дни начала войны 1941 года. Он твёрдо верил тогда, что мы победим, но и понимал, что впереди тяжёлые, кровопролитные годы бескомпромиссной борьбы.

Теперь, после победы, он снова в Берлине и в той же резидентуре, но уже в качестве ее резидента. Смешанные чувства одолевали его. С одной стороны, радость победы, а с другой — тяжёлый груз на сердце, горечь утрат боевых друзей, неизвестность судьбы многих, кто выполнял боевые задания за линией фронта. А сколько тревог пришлось пережить Короткову, когда заброшенный в тыл противника разведчик долго не выходил на связь! Немало было случаев, когда эти храбрые ребята так и не дали о себе знать.

По официальной должности прикрытия Александр Михайлович был заместителем политсоветника. Положение позволяло ему часто общаться с маршалом Советского Союза Георгием Константиновичем Жуковым. Г. К. Жуков в ту пору был Главнокомандующим Группой советских войск в Германии — ГСВГ. Маршал почти всегда принимал вне очереди полковника Короткова, поскольку был уверен, что услышит от Александра Михайловича важные новости, которые он ежедневно докладывал Главнокомандующему.

Жуков с уважением относился к Короткову за его аккуратность, осведомлённость, надёжность и достоверность поступавшей от него информации. Порой данные поступали из таких сфер, что однажды маршал не удержался и спросил:

— Как же вам удалось забраться туда?

— А что делать, товарищ маршал, — отвечал Коротков, — волка ноги ведь кормят.

Жуков усмехнулся и сказал:

— Это правильно, волка кормят ноги, но разведчику, как я понимаю, к ногам нужна ещё и хорошая голова. Верно я говорю?

— Совершенно справедливо, товарищ маршал.

И оба рассмеялись.

А. Коротков проработал в Берлине до конца 1946 года. По возвращении в Москву он был назначен начальником одного из подразделений внешней разведки. Большое внимание он уделял организации разведывательной работы с нелегальных позиций. Под руководством Короткова были подготовлены десятки разведчиков-нелегалов. Александр Михайлович был «крёстным» таких видных разведчиков-нелегалов, как супруги Михаил и Галина Фёдоровы, Мария де Лас Эрас Африка, Михаил и Анна Филоненко, Конон Молодый, Леонтина и Моррис Коэн, Вильям Фишер (Рудольф Абель) и многие другие разведчики.

А. Коротков отчётливо понимал, что в период военных действий или крупномасштабных кризисных ситуаций эффективно вести разведывательную работу удастся в только с нелегальных позиций. В это время также был сделан значительный шаг и в плане теоретических разработок, и на путях более широкого применения нелегальных форм работы. Заслуга Короткова в этом деле огромна.

В марте 1957 года А. Короткова назначили уполномоченным КГБ при СМ СССР по координации с связи с МГБ и МВД ГДР. На его плечи легло руководство самым крупным подразделением советской разведки за границей, ориентированным на ведение активной разведывательной работы по НАТО. Помимо этого, аппарат осуществлял сотрудничество с органами безопасности ГДР, оказывал непосредственную помощь нашим военным разведчикам, действовавшим с территории ГДР. Были налажены хорошие отношения с начальником разведки ГДР Маркусом Вольфом.

Довольно интересно рассказывал о стиле работы Короткова один из руководителей нелегальной разведки Николай Алексеевич Корзников, длительное время работавший вместе с ним.

«При разработке важных операций, — говорил Корзников[8], — Коротков обязательно приглашал к себе в кабинет непосредственных исполнителей. Бывало, он закрывался с ними в своём кабинете и в деталях прорабатывал предстоящее мероприятие. Их можно было застать без пиджаков, с засученными рукавами, ползающими по топографическим картам на полу».