От новой власти стрельцы тут же потребовали погашения всей задолженности по жалованью – неимоверную сумму в 240 000 рублей, которых в царской казне не имелось. В таковую сумму была оценена стрельцами степень их участия в борьбе за престол. Деваться Софье было некуда: она тут же отдала приказ собирать и переплавлять для чеканки монеты золотую и серебряную посуду из царской кладовой. Собрала деньги в провинции и других городах, но частично расплатилась.

Так что бунт 1682 года был бунтом, организованным стремящейся к власти царевной, и она достигла всего, чего желала. Стрельцы же от бунта практически ничего не выиграли. Они все время держались в столице, боясь потерять все, чего удалось добиться, и очень боялись наказания, когда власть одумается. Поэтому они предъявили еще одно требование: никого не привлекать к ответственности и никого не казнить за беспорядок в столице и убийства, поскольку они были сделаны для пользы отечеству. А на Лобном месте возвести столб, где будут навеки вырезаны имена убитых ими бояр, которые притесняли и мучили свой народ. Это условие тоже было принято, поскольку не принять его власти было нельзя. Начальником над стрельцами Софья вынуждена была назначить боярина Хованского, которого те уважали.

Тем временем, увидев, чего смогли достичь восставшие стрельцы, в Москву стали стягиваться со всей страны другие недовольные властью – староверы. Хованский их тут же поддержал, но решение раскольничьего вопроса зависело не от правительства, а от церкви. Церковь отнесла их к еретикам и менять мнение не собиралась. Но старообрядцы требовали провести всенародный диспут о вере, и поначалу идея показалась Хованскому хорошей. Он даже согласился разрешить им дискутировать с патриархом на Красной площади, но, по трезвом размышлении, была выбрана Грановитая палата, чтобы диспут не закончился народным восстанием. Из народа там были только стрельцы, лояльные церкви, и, когда спор превратился в обоюдную ругань, Софья воззвала к стрельцам, чтобы те пресекли ругательство над истинной верой. Хованский оказался в неловком положении: его стрельцы тут же бросились убивать старообрядцев, а он изо всех сил пытался их спасти, поскольку дал слово защищать раскольников от притеснений и смерти. На этом Хованский рассорился с царевной, а стрельцы схватили вождя раскольников Никиту Пустосвята. На Красной площади ему отсекли голову.

Софья, боясь расширения бунта, пригрозила, что, если порядок не восстановится, весь царский род уйдет из столицы. И 19 августа угрозу реализовала: во время крестного хода царская семья покинула процессию и отъехала в Коломенское, а оттуда к середине сентября достигла Троице-Сергиевой лавры. По дороге к монастырю Хованского и его сына вывели из царской свиты, поставили на обочине, зачитали приговор и тут же убили. Обоих обвинили в измене и желании уничтожить царскую семью.

Стрельцы внезапно оказались обезглавленными: они больше не ставили никаких ультиматумов, ничего не требовали, только слали Софье челобитные, как в прежние времена. Они даже сами отказались от запрета на преследования за события 15–18 мая и просили снести позорный столб с именами убитых ими бояр. Софья назначила новым начальником стрельцов дьяка Шакловитого, который быстро восстановил дисциплину в войске, а не подчинившихся его приказам – казнил. С ноября 1682 года по сентябрь 1689 года страной фактически управляла царевна Софья. К помощи стрельцов она до поры до времени не прибегала. А стрельцы, поверившие в «хорошую царевну», быстро в ней разочаровались. Все, чего им удалось достичь в результате бунта, после усмирения было тут же отобрано.

В 1698 году произошел еще один стрелецкий бунт, и вновь его организовала Софья. В этот раз она взбунтовала недовольных условиями службы стрельцов для признания своего брата Петра не имеющим прав на престол. В 1689 году Петр достиг совершеннолетия и отстранил ее от власти, заперев в Новодевичий монастырь.

Софья отлично понимала, что Петр, который находился за границей, скоро вернется и, скорее всего, постарается ее физически уничтожить. Стрельцам Софья объявила, что во время заграничной поездки злые люди выкрали ее брата Петра и подменили его другим человеком, не царского рода и даже не русским, и даже совсем не похожим на несчастного Петра Алексеевича. Открыла она эту тайну 175 доверенным стрельцам, которые прежде участвовали в Азовских походах Петра. Эти стрельцы еще в 1696 году были оставлены для защиты Азова и должны были вернуться через год в Москву, но вместо этого их передислоцировали в Великие Луки. В 1698 году до них дошли тревожные слухи, что царевна в опасности, и они самовольно ушли из Лук и явились в Москву, где, по обыкновению, стали подавать челобитные. Боясь нового бунта, в Москве стали принимать меры по розыску стрельцов, но взять их было трудно – они растеклись по слободам и поддерживали связь с царевной. В такой ситуации против стрельцов использовали солдат иноземного строя, Семеновский полк, которому в апреле и удалось очистить от стрельцов столицу.

Однако Софья продолжала вести с ними переписку, и вернувшиеся в свои полки стрельцы продолжали роптать. Наконец, 6 июня в четырех азовских полках стрельцы полностью вышли из-под контроля. Они скинули начальников, избрали себе новых командиров и двинулись на Москву спасать царевну Софью. Восставших было 2200 человек. В качестве требований они выдвигали немедленное освобождение царевны и возведение ее на престол, а если царевна откажется от власти, они были готовы признать государем не подмененного Петра, а известного им боярина Голицына, который и родом высок, и к стрельцам добр. В Москве отреагировали оперативно и тут же отправили против стрелецкого войска полки иноземного строя – Преображенский, Семеновский, Бутырский, Лефортовский, которые насчитывали 4000 человек. Кроме этого, на стрельцов шла дворянская кавалерия.

Стрельцы планировали достичь Нового Иерусалима, где находился построенный Никоном монастырь, и там закрепиться. Но их сумел опередить Репнин, он занял монастырь 17 июня. Это и решило исход дела. На следующий день произошел бой. Воевать против собственного войска московским полкам не хотелось, и до начала сражения была сделана попытка уговорить стрельцов сдаться. Но слова не возымели никакого действия. Тогда и началось. Москвичи привезли с собой артиллерийские орудия и первый залп дали поверх голов противника, но стрельцы не поняли маневра регулярных частей – они решили, что солдаты стрелять не умеют, и уже праздновали победу, кричали, смеялись, кидали в воздух шапки. Тогда по ним дали второй, третий, четвертый залпы, уже не щадя. В рядах стрельцов началась паника, они побежали. Их взяли в плен и привели на расправу в Москву.

Расправой руководил Шеин. 22 и 28 июня он повесил в Москве 56 главных заводил мятежа, 2 июля – еще 74 участника восстания, 140 стрельцов провел через наказание кнутом и отправил в ссылку и около 2000 человек разослал по разным городам. В конце августа в столицу вернулся Петр, который решил следствие начать заново, а оставшихся в живых – примерно наказать. Тут же из ссылки были вновь свезены в столицу все участники стрелецкого бунта. На этот раз «розыск государя» не был к восставшим столь мягок. 2000 стрельцов Петр приговорил к смерти, 600 – к порке кнутом, клеймению и высылке. Своих бояр Петр заставил не просто смотреть на казнь стрельцов, а принимать в казнях личное участие, так что почти каждый его приближенный побывал в дни стрелецких казней палачом. Сам Петр лишил жизни пятерых стрельцов. Другие бояре были не столь умелы, топором владели плохо, и им приходилось несколько раз рубить несчастных по шее, пока те не испустят дух. Любимец Петра Алексашка Меншиков хвалился, что лично обезглавил двадцать человек. 195 стрельцов расстались с жизнью перед окном кельи Софьи. «А у пущих воров и заводчиков, – писал современник, – ломаны руки и ноги колесами; и те колеса воткнуты были на Красной площади на колья; и те стрельцы, за их воровство, ломаны живые, положены были на те колеса и живы были на тех колесах не много не сутки, и на тех колесах стонали и охали; и по указу великого государя один из них застрелен из фузеи, а застрелил его преображенский сержант Александр Меншиков. А попы, которые с теми стрельцами были у них в полках, один перед тиунскою избою повешен, а другому отсечена голова и воткнута на кол, и тело его положено на колесо».