Особое внимание в 1779 г. было уделено Потемкиным организации границ Войска Донского. Еще 18 февраля 1775 г. Потемкин отправил свое «предложение» на Дон в верхние и нижние юрты всем атаманам и казакам, наказному атаману Алексею Иловайскому и всему Войску Донскому, где сообщил о полученной конфирмации на его доклад о преимуществах Войска Донского. Для правления всех земских дел, по предложению Потемкина, учреждалось войсковое гражданское правительство, ему вверялось все хозяйственное внутреннее распоряжение, сбор доходов и расходов и все относящееся к промыслам, торговле и прочее, подлежащее гражданскому суду, на основе «генерального во всем государстве установления, с соблюдением данных оному войску привилегий». Учреждаемое правительство должно было находиться под управлением самого Потемкина. Военные дела поручались войсковому атаману, он также подчинялся князю. Всем старшинам и полковникам Войска Донского объявлялись штаб-офицерские чины.

12 августа 1776 г. Потемкин подал в Сенат рапорт, уведомлявший о полученном представлении канцелярии Войска Донского. В нем говорилось о той «великой нужде» в работах, которую терпят старшины и иные чины, будучи часто в походах; в связи с чем они просят разрешить покупать в «великороссийских местах крепостных людей». Потемкин, обращаясь в Сенат, поддерживал их просьбу (ее рассмотрели в марте 1777 г.). Защищая интересы казаков, он просил Сенат о сборе подушного оклада только с состоящих в войске «налицо».

Неудивительно, что, входя во все проблемы функционирования Войска Донского, Потемкин лично занимался проектом устройства его границ с губерниями. В ноябре 1779 г. он подал доклад Екатерине II, в котором говорилось: «Всемилостивейшая государыня! Для прекращения безпрестанных споров, бывших у Войска Донскаго с разными владельцами в разсуждении смежности владеемой Войском Донским земли с разными губерниями, в прошлом, в 1766, году отправлен был для обмежевания оных и для утверждения границы генерал-майор Медер, которой по причине бывшей войны не мог оное окончить, а потому и отправлен был туда по прозьбе онаго Войска для размежевания земель подполковник Герман с командою, которой с желаемым успехом окончав порученное ему дело и добровольным обоих сторон согласием, уничтожа все бывшия до сего споры и доставя обоюдное спокойствие, представил сочиненную им генеральную о всей Войска Донскаго земле карту с показанием, какия земли и рыболовныя косы уступает Войско по разным весьма нужным местам в Азовскую губернию и какия именно места в замене первых получает. Я, поднося как оную карту, так и описание границ и уважая подвиг Войска Донскаго уступкою весьма нужных мест в пользу как греческих колоний, так и для поселенных полков, а особливо стремительность онаго к успокоению всех бывших до сего споров, с большею с своей стороны уступкою.

Не могу оставить без уважения того артикула, в котором оное согласится не могло, в разсуждении устья реки Дона, где, так называемая, государева тоня[5], от самаго ими покорения Азова одному оному Войску принадлежала, а потому, находя средство сие, доставляющее Войску Донскому прямое благоденствие, достойным правосуднаго Вашего императорскаго величества воззрения, приемлю смелость всеподданнейше просить об утверждении сего добровольнаго с обеих сторон размежевания ко всегдашнему оных спокойствию оставлением помянутой государевой тони Войску Донскому и о высочайшей конфирмации как оной карты, так и подносимого при сем описания».

Войско Донское имело общую границу с Азовской губернией от устья реки Миуса по берегу Азовского моря до устья реки Кальмиуса, далее по левому берегу до вершины, затем по хребту между Кальмиусскими и Торскими вершинами на устье Корсунского колодезя по левому берегу речки Булавина и до вершины реки Каменки и далее до реки Донец. Определены были границы уездов для крепостей Таганрога, Святого Дмитрия, Азова и задонской стороны. Без замечаний Потемкина остались границы Войска Донского со Слободской и Белгородской губерниями. Внимание его привлекло описание границы с вверенной ему Астраханской губернией, в части от Грачевской крепости с калмыцким кочевьем. Здесь Потемкин добавляет на полях, что «…как порядочной границы не было, а только именным указом 1756 года запрещено было калмыкам приближаться к Дону; то на основании помянутаго указа полагается ныне для обоюднаго спокойствия граница вновь, отделяющая калмык от Дона на тридцать верст в гору…». Это должно было способствовать обеспечению безопасности жителей и служить к сокращению столкновений между казаками и калмыками. Последним было разрешено иметь «прибежище» около Дона в глубокую осень и в жестокую зиму только с тем, чтобы они «никаких обид казакам не делали, а напротив того, к Войску Донскому за назначенную границу, — как далее приписано рукой Потемкина, — с согласия с калмыцкими владельцами конныя и скотския табуны по случаю нужды для пазбы гонять и для звериной ловли выезжать…».

Во втором варианте описания донской границы также есть замечания и исправления Потемкина. Так, например, в пункте, относящемся к упоминаемой уже в донесении Потемкина «государевой тоне», он добавляет, что она принадлежала Войску с «самого взятья Азова», и отмечает особую значимость в решении этого вопроса для казаков.

Одновременно с созданием целостной системы безопасности границ новых земель и организации действенной системы управления губерниями Потемкин должен был заселить прежде довольно пустынные земли и обеспечить их быстрое хозяйственное развитие.

С 1776 г. начинается новый этап в колонизации Новороссии. Независимость Запорожской Сечи уничтожена. Крымское ханство стало фактически вассалом России. Турция значительно ослаблена и не может претендовать на возврат Новороссийских земель. Все это создало исключительно благоприятные условия для ускоренного заселения плодородных земель Северного Причерноморья. Характерно, что в 70-е годы решающую роль в деле освоения новых земель начинает играть так называемая «помещичья колонизация». Помещики, получая огромные массивы земель, поселяли на них в основном добровольно пришедших сюда украинских крестьян.

В 1776–1778 гг. правительство не издавало никаких специальных законодательных актов, регулирующих переселенческое движение, хотя в августе 1778 г. начался перевод в Азовскую губернию христиан (греков и армян) Крымского ханства.

В 1779 г. были опубликованы три «Жалованные грамоты» христианам греческого, армянского и римско-католического закона, вышедшим из Крыма в Азовскую губернию на поселение. Переселенцы освобождались на 10 лет от всех государственных податей и повинностей; все их имущество перевозилось за счет казны; каждый новосел получал на новом месте 30-десятинный надел земли; государство строило для неимущих «поселян» дома и снабжало их продовольствием, семенами на посев и рабочим скотом; все переселенцы навсегда освобождались «от военных постов» и «дачи в войско рекрут». На перевод из Крыма греков и армян было затрачено 75 092 руб. и, кроме того, 100 тыс. руб. в виде компенсации «за утрату подданных» получили крымский хан, его братья, беи и мурзы. Деньги, как видно из именного указа императрицы Г.А. Потемкину, отпускались из канцелярий опекунства иностранцев Саратова и других городов. По указу 1783 г. в «селениях греческих, армянских и римских законов» позволялось иметь «греческого и римского закона суды, армянский магистрат».