Ступенью выше проект предполагал объединение дотоле разрозненного управления в губерниях под руководством губернаторов. Архаическое раздробление властей в губерниях способствовало в 1905 году распространению смуты. Усиление власти губернатора должно было предотвратить повторение таких событий.

Параллельно с этим был разработан проект реорганизации полиции.

Численность её в те времена была далеко недостаточной. Сообразуясь с размерами страны, она была в пять раз малочисленнее, чем во Франции, и в семь раз малочисленнее, чем в Великобритании (что убедительно демонстрирует лживость тезиса о том, что Российская империя была якобы «полицейским государством»).

В области технических средств для борьбы с беспорядками наша полиция находилась в отсталом состоянии. Это привело к роковым последствиям в пору революционных волнений 1905 года, а затем и в пору февральской революции.

По словам Крыжановского, «проекты эти получили окончательную редакцию под личным руководством Столыпина, чему он придавал с полным основанием весьма крупное значение».

Настала пора практического осуществления. Ранее, чем представить проекты в законодательные палаты, решено было их рассмотреть в недавно созданном Совете по делам местного хозяйства, по выражению П. А. Столыпина – в «Преддумии». В нём участвовал, наряду с чиновниками, ряд представителей нашей интеллигенции. И тут зачинателей преобразования постигло разочарование. Проект натолкнулся на резкую оппозицию значительного числа членов этого Совета. Как пишет Крыжановский, «оппозиция эта велась, главным образом, за кулисами, вне заседаний Совета, так как против цифр спорить было нельзя. А цифры были оглушающие».

Итак, это преобразование было остановлено на полном ходу. До рассмотрения проектов в Государственной думе дело не дошло. А преемники моего отца отложили это дело в долгий ящик. Административный и полицейский фундамент Империи остался в архаическом состоянии, совершенно неприспособленным к новым требованиям, выдвинутым жизнью. Государству и народу пришлось тяжело за это поплатиться, когда настали грозные времена».

Выделим ещё один момент в выступлении Столыпина, характеризующий его как прозорливого государственного деятеля, понимающего необходимость сохранения государством духовной основы. Говоря о необходимости законодательного закрепления начал веротерпимости, глава правительства одновременно отметил следующее: «…правительство должно было остановиться на своих отношениях к Православной Церкви и твёрдо установить, что многовековая связь русского государства с христианской церковью обязывает его положить в основу всех законов о свободе совести начала государства христианского, в котором Православная Церковь, как господствующая, пользуется данью особого уважения и особою со стороны государства охраною. Оберегая права и преимущества Православной Церкви, власть тем самым призвана оберегать полную свободу её внутреннего управления и устройства и идти навстречу всем её начинаниям, находящимся в соответствии с общими законами государства. Государство же и в пределах новых положений не может отойти от заветов истории, напоминающей нам, что во все времена и во всех делах своих русский народ одушевляется именем Православия, с которым неразрывно связаны слава и могущество родной земли. Вместе с тем права и преимущества Православной Церкви не могут и не должны нарушать прав других исповеданий и вероучений. Поэтому, с целью проведения в жизнь высочайше дарованных узаконений об укреплении начал веротерпимости и свободы совести, министерство вносит в Государственную думу и Совет ряд законопроектов, определяющих переход из одного вероисповедания в другое; беспрепятственное богомоление, сооружение молитвенных зданий, образование религиозных общин, отмену связанных исключительно с исповеданием ограничений и т. п.».

Столыпин также сделал особенный акцент на необходимости коренного расширения прав местного самоуправления, что являлось не только составной частью проводимой аграрной реформы, но и в целом важнейшим шагом к демократизации всей жизни в империи: «Так как местная жизнь охватывается областью самоуправления земского и городского, областью управления (администрация) и полицейскими мероприятиями, то и проекты министерства касаются именно этих отраслей нашего законодательства.

Как в губернии, так и в уезде деятельность административная, полицейская и земская течёт по трём параллельным руслам, но чем ближе к населению, тем жизнь упрощается и тем необходимее остановиться на ячейке, в которой население могло бы найти удовлетворение своих простейших нужд. Таким установлением по проекту министерства должна явиться бессословная, самоуправляющаяся волость в качестве мелкой земской единицы. Полицейские её обязанности должны ограничиться простейшими обязанностями местной общественной полиции, а административные предполагается свести к делам, касающимся воинской повинности, ведению посемейных списков, некоторым податным действиям и т. п. В ведение волости должны входить все земли, имущества и лица, находящиеся в её пределах. Волость будет самой мелкой административно-общественной единицей, с которой будут иметь дело частные лица, но при этом лица, владеющие землёю совместно, миром, то есть главным образом владельцы надельной земли, образуют из себя, исключительно для решения своих земельных дел, особые земельные общества, сохраняющие некоторые преимущества, а именно неотчуждаемость надельных земель и применение к наследованию ими местных обычаев. Таким образом земельным обществам не будет присвоено никаких административных обязанностей, создаются они для совместного ведения бывшими надельными землями, причём предполагаются меры против чрезмерного сосредоточения этих земель в одних руках и против чрезмерного дробления их, а равно к упрочению совершения на них актов.

Для удовлетворения же простейших потребностей села, вытекающих из совместного проживания, предположено ввести в сёлах крупных, а также таких, в которых проживают посторонние крестьянам лица, особые поселковые управления, с участием помянутых посторонних лиц и в управлении, и в обложении.

Все сказанные организации получили своё выражение во вносимых в Государственную думу и Государственный совет проектах земельных обществ, поселкового и волостного управления.

Выше волостной мелкой земской единицы отрасли управления осложняются, и в соответствии с этим министерство должно было заняться реформою самоуправления земского и городского, реформою управления губернского, уездного и участкового и реформою полицейскою.

В области самоуправления министерство коснулось трёх важнейших, по его мнению, общих вопросов: вопроса земского и городского представительства, вопроса об его компетенции и вопроса об отношении к самоуправлению со стороны администрации. Одновременно министерство приступило к существенному и необходимому труду пересоставления всех уставов, точно устанавливающих обязанности земства и администрации. В настоящее время министерство вносит в Государственную думу устав общественного призрения, устав о гужевых земских дорогах и временный закон о передаче продовольственного дела в ведение земских учреждений. Составляются уставы врачебный и строительный.