На этом этапе Роман почувствовал некоторое разочарование, поскольку полная победа над врагами ускользала от него. Он прекрасно понимал, что от этой победы зависела не только безопасность границ, но и его собственное политическое выживание, поскольку в Константинополе у него было много врагов. Договариваясь о браке с Романом, Евдокия намеренно оставила своего деверя, Иоанна Дуку, и Михаила Пселла в неведении, прекрасно понимая, что они увидят в возвышении Диогена угрозу наследным правам юного Михаила VII и собственному положению при дворе. Пселл был личным другом Константина X и помог его восшествию на престол, так что его политическое будущее было неразрывно связано с могущественной фамилией Дук. Соответственно Пселл и его союзники, семья Дук, только и ждали подходящего момента, чтобы свергнуть Романа. Именно поэтому весной 1071 года император вновь отправился на восток Малой Азии, надеясь добиться полной военной победы, как это было в 971 году в Болгарии.

Поначалу кампании сопутствовал успех. Роман отбил у противника армянский город Манцикерт. Когда его разведчики сообщили о присутствии турецкой армии под предводительством самого султана Алп-Арслана, Роман решил, что у него достаточно войска, чтобы отвергнуть мирные предложения врага, и приказал идти на турецкую армию. Поначалу византийцы, казалось, одерживали верх. Сельджуки дрогнули под их натиском и рассеялись. Император преследовал врагов, пока не стало темнеть, и в итоге вместе со своим телохранителем оказался отрезан от византийской армии. После ожесточенного боя, в ходе которого его конь был убит под ним, а Роман несколько часов отбивался от противников мечом, император был взят в плен. Опустилась ночь, и битва при Манцикерте, произошедшая 26 августа 1071 года, закончилась. Она вошла в историю как катастрофа, но на самом деле таковой не была. Не была она и слишком уж кровопролитной, и жертв с обеих сторон оказалось сравнительно немного, так что ее нельзя сравнивать с тяжелейшими поражениями, которые византийцы потерпели от болгар в 811 и 917 годах. Большинство византийских солдат просто бежали с поля боя: один из офицеров Романа, Андроник Дука, сын озлобленного на соперника Иоанна Дуки, призвал их покинуть императора еще до того, как тот был захвачен врагами. Естественно, сторонники Романа расценили этот поступок как предательство, но его также можно рассматривать как разумный шаг, позволивший избежать более серьезных потерь. Пленение императора оказалось, конечно, тяжким ударом, но всего через восемь дней султан отпустил его и разрешил вернуться к своей армии: Алп-Арслан был гораздо больше заинтересован в возвращении в Сирию, чтобы продолжить войну против Фатимидов. Таким образом, предполагаемая катастрофа оказалась лишь злосчастной и досадной неудачей.

К катастрофе привели события, последовавшие за этой битвой, а ее источником стал конфликт между столицей и провинциями. В конце августа в Константинополь стали прибывать гонцы, принося противоречивые известия о поражении, о том, что Роман мертв, а по другим сведениям – попал в плен. В этих обстоятельствах Пселл и семья Дук, которые никогда не желали видеть на императорском престоле Романа, заявили, что теперь править должен Михаил VII, уже достигший подходящего возраста. Варяжская гвардия собралась вокруг молодого человека и начала стучать по своим щитам, провозглашая его единственным правителем. Но через несколько дней в столицу прибыли новые гонцы с известиями о том, что Роман жив и даже уже не в плену – он воссоединился со своим войском и идет на запад. Конечно, семья Дук могла принять это и дать Михаилу VII вновь вернуться к подчиненному положению, но они не пожелали сделать это, и по всем провинциям был немедленно разослан приказ более не признавать Романа императором. В последовавшем за этим противостоянии Роман IV, несмотря на весь свой опыт и авторитет, быстро потерпел поражение. В мае 1072 года его войско было разбито Андроником Дукой у города Адана. Вместо того чтобы продолжать безнадежную борьбу, пытаясь удержать город, Роман сдался, когда ему пообещали личную безопасность. Но Дука обещания не сдержал, и свергнутого императора ослепили, причем это было проделано настолько зверски, что через несколько месяцев Роман умер.

Это была безоговорочная победа Михаила VII и его сторонников, означавшая, что теперь он находится в полной безопасности как единственный император, правящий в Константинополе. В прошлом этого было бы достаточно, но десятилетия отчуждения между столицей и провинциями не прошли даром. Многие из тех, кто был предан Роману IV, отказались признавать суверенитет Михаила VII и создали свои независимые владения в Малой Азии. Французский наемник Руссель де Байоль, служивший в войске Романа во время сражения при Манцикерте, поднял мятеж и увел 400 отрядов, которыми он командовал, чтобы стать независимым правителем в феме Армениакон со столицей в городе Амасья. Местные жители, отчаявшись получить защиту от далекого Константинополя, стали платить налоги ему, и таким образом у них появилась сила, способная защитить их от турецких набегов. Филарет, армянин, который также был с Романом IV при Манцикерте, захватил под свою власть Эдессу и большую часть Киликии. В 1077 году Никифор Вотаниат, командир, который спас своих людей от засады печенегов в 1047 году, был провозглашен императором и начал поход на Константинополь. Позже в том же году другой генерал, Никифор Вриенний, объявил себя императором в Адрианополе.

Эти внутренние потрясения привели к тому, что защита границ начала ослабевать и турецкие набеги в Армению и Малую Азию возобновились. Совершал их не сам сельджукский султан, а его подданные, жившие вдоль границы, над которыми он был совсем или почти не властен. Обнаружив, что никто не оказывает им сопротивления, сельджуки перестали возвращаться в свои земли после набегов, а начали оседать на территории Византии, особенно на Анатолийском плато. Одна такая группа под предводительством полководца Данишменда-гази захватила город Севастию и взяла под свой контроль территорию вокруг него. Другая группа под командованием Сулеймана ибн Кутулмыша, двоюродного брата Алп-Арслана, дошла до запада Малой Азии, где Никифор Вотаниат сделал их своими наемниками, чтобы они помогли ему захватить престол. Взяв Никею, Вотаниат отдал ее в управление Сулейману, позволив туркам утвердиться там. К 1080 году император в Константинополе утратил контроль почти над всей Малой Азией, за исключением нескольких маленьких прибрежных анклавов.

Неизбежным результатом столь стремительной потери территорий стали взаимные обвинения и оскорбления. Сторонники Романа винили семью Дук в том, что она предательски свергла императора-воина. Пселл и семья Дук обвиняли Романа в опрометчивости и поражениях на поле боя. Некоторые заглядывали еще дальше в прошлое и вспоминали, как третий муж Зои Константин IX распустил войско фемы Ивирия и потратил деньги на строительство нового великолепного монастыря в Константинополе. Несомненно, все эти люди сыграли свою роль в приближении катастрофы, но процесс начался задолго до них. В конечном счете, каким бы великим воителем он ни был, именно Василий II положил начало отчуждению Малой Азии от столицы, уничтожая тот класс, который обеспечивал ее защиту, и восстановив его против центра политической власти, который много брал у провинций, но мало что давал взамен. В свое время Византия еще продемонстрирует свою почти легендарную способность останавливаться на краю пропасти и возрождаться, но непростые отношения между Константинополем и отдаленными от центра территориями сохранятся до самого конца ее существования.