О том, что на город и гавань были сброшены мины, а не парашютисты или бомбы, в штабе флота догадались очень быстро. Уже в 4:35 командующий флотом Ф. С. Октябрьский приказал провести траление в бухтах и на выходном фарватере. Однако результат был разочаровывающим и даже пугающим: никаких мин обнаружено не было. Дело в том, что траление проводилось в расчете на обнаружение обычных якорных контактных мин, а немцами были сброшены неконтактные магнитные мины. Они взрывались под воздействием магнитного поля корабля. Более того, мины оснащались приборами срочности и кратности, т. е. могли взводиться не сразу, а через несколько суток и сработать не под первым кораблем, который над ними проплывал. Хуже всего было то, что у советского флота в первые дни войны просто не было тралов, способных бороться с новейшими минами противника. Первая трагедия произошла уже 22 июня. В 20:30 в Карантинной бухте подорвался и затонул буксир СП-12, прибывший туда в поисках якобы сбитого зенитчиками самолета. Из состава экипажа буксира погибли 26 человек, а спаслись всего 5. Подарок в лице упавшей на сушу, но невзорвавшейся мины попал в руки советских специалистов 24 июня. Тогда последние сомнения относительно типа примененных противником мин рассеялись.

Минное оружие занимало важное место в планах обеих сторон. В 6:00 22 июня Н. Г. Кузнецов отдает командованию Черноморского и Балтийского флотов распоряжение: «Приказываю произвести оборонительные минные постановки». Если для Балтийского флота это было вполне традиционное мероприятие, имевшее место в 1914 г., то минные постановки на Черном море вызывают неоднозначные оценки. Скорее всего, имела место инерция предвоенных планов, предполагавших ввод на черноморский ТВД итальянского флота. Никакой корректировке сообразно последним событиям на Средиземном море эти планы подвергнуты не были. Поэтому были выставлены минные поля, сковывающие деятельность кораблей Черноморского флота и практически не оказывавшие воздействия на не использовавшего крупные морские силы противника. Несмотря на то, что приказ о минных постановках был отдан еще рано утром 22 июня, они начались только на второй день войны. Создание минно-артиллерийской позиции в Финском заливе началось 23 июня, в Ирбенском заливе — лишь 24 июня. Постановка оборонительного минного заграждения в районе Севастополя началась 23 июня и завершилась 25 июня 1941 г.

Немецкие солдаты вламываются в крестьянский дом.

В 9:29 первого дня войны Н. Г. Кузнецов направляет командованию Черноморского флота директиву о развертывании подводных лодок: «Выслать ПЛ: 1) в район между Констанца и Сулина, 2) между Констанца и Бургас включительно, не нарушая тервод Болгарии, Турции. Задача: прервать сообщения, действовать исключительно по транспортам и по румынским и немецким боевым кораблям. Непосредственные подходы к Констанца и Сулина лодок не ставить ввиду предстоящей операции обстрела надводными кораблями».

Разумеется, Черноморский флот не мог сразу выгнать на назначенные позиции тучные стада подводных лодок. Значительная часть советских подлодок, находившихся на Черном море, 22 июня еще не была готова к немедленному вводу в бой. Некоторые из них еще только достраивались, некоторые проходили ремонт в Севастополе и Николаеве, некоторые находились в организационном периоде. Крометого, часть лодок должны были быть готовы сменить своих собратьев после возвращения из первого похода. В сухих цифрах это выглядело следующим образом. Из 47 подлодок Черноморского флота 18 были в ремонте, 2 — в организационном периоде с небоеготовыми экипажами, 2 — в дивизионе учебных лодок в Новороссийске. Поэтому на позиции в первый день войны были выведены только пять подводных лодок.

Районы патрулирования подводникам были нарезаны еще до войны, и с ее началом советские субмарины веером вышли на них, готовясь нанести удар из-под воды по боевым и транспортным кораблям противника. Первые две позиции находились на подступах к Севастополю с запада и юго-запада. На них были выведены лодки-«малютки». В 19:35 22 июня подводная лодка М-33 вышла в дозор юго-западнее мыса Тарханкут (позиция № 1). В 20:28 такая же лодка-«малютка» М-34 вышла в дозор юго-западнее мыса Сарыч (позиция № 2). Остальные три позиции, на которые были направлены подлодки Черноморского флота, находились у берегов Румынии. В 18:09 22 июня подлодка Щ-205 вышла на позицию в районе мыса Олинька (позиция № 3). В 18:24 вышла в дозор к мысу Шаблер подлодка Щ-206 (на позицию № 4). В 19:08 подлодка Щ-209 вышла в район м. Эмине (позиция № 5). Меньше всего повезло Щ-206 — из своего первого похода она не вернулась. На лодке погибли 45 человек. Пока нет оснований полагать, что лодка погибла уже в первый день войны. Считается, что Щ-206 была потоплена 9 июля 1941 г. румынским миноносцем и торпедными катерами у маяка Тузла. Причиной ее гибели также мог быть подрыв на мине, отказ техники или ошибка личного состава. Остальные лодки столкновений с противником в первом боевом походе войны не имели.

Расчет пулемета MG-34 обстреливает оборонительные позиции советской пехоты.

Среди советских военно-морских баз была одна, находившаяся в непосредственной близости от границы. Это была Лиепая (Либава). Поэтому для прорыва к ней немцам даже не понадобились танковые части и соединения. Утром 22 июня части 291-й пехотной дивизии вермахта генерала Курта Херцога перешли государственную границу СССР. К 9:00 они выбили советских пограничников из Паланги и беспрепятственно продвигались дальше. Погранотряд численностью чуть больше 1 тыс. человек без тяжелого вооружения, разумеется, не мог оказать серьезного сопротивления. Поэтому уже к концу первого дня войны немцы вышли на подступы к Лиепае.

Чем же грозил быстрый прорыв противника? К 22 июня 1941 г. на Лиепаю базировались часть 1-го, 3-й и 4-й дивизионы подводных лодок, 1-й дивизион базовых тральщиков, 5 торпедных катеров и 13 сторожевых «малых охотников». Соответственно подлодки С-1, С-3, С-9 подчинялись 1-му дивизиону, «Калев», «Лембит», «Ронис», «Спидола» и Л-3 — 3-му дивизиону, М-71, М-77, М-78, М-79, М-80, М-81 и М-83 — 4-му дивизиону. Всего в Лиепае находилось 15 подлодок, организационно они были подчинены 1-й бригаде подводных лодок Балтийского флота. Не все вышеперечисленные лодки были боеготовы. Доставшиеся СССР по наследству от ВМФ Латвии лодки «Ронис» и «Спидола» (французской постройки 1920-х гг.) были непригодны для плавания и использовались как зарядные станции. Кроме того, на заводе «Тосмаре» в ремонте стояли подводные лодки С-1 (в среднем ремонте), С-3 (заканчивала средний ремонт в доке завода) и С-9 (должна была пройти докование). Следует отметить, что, несмотря на внушительное количество подводных лодок в Лиепае, большую часть их составляют «малютки» и старые лодки прибалтийских государств. Когда говорят, что Лиепая была забита советскими подводными лодками, «как бочка селедкой», представляются стройные ряды «катюш», «щук» и «эсок», хотя бы соразмерных с лодками противника. В действительности же Лиепая была не «бочкой с селедкой», а в лучшем случае «банкой с килькой».