Строго говоря, Лиепая досталась советскому ВМФ в качестве базы флота еще от Российской империи. В Лиепае (тогда еще Либаве) в 1897–1905 гг. построили порт имени императора Александра III как передовую базу Балтфлота. Нельзя сказать, что командование советского Балтфлота перегрузило эту крупную базу боевыми единицами, чаще используя ее для проведения ремонта. Помимо лодок на заводе «Тосмаре» ремонтировался старый эсминец «Ленин» (в ремонте с разобранными машинами и снятой артиллерией). В ночь на 22 июня, за несколько часов до первой бомбардировки, в Лиепае для ремонта прибыл базовый тральщик Т-204 («Фугас»). Помимо боевых кораблей в Либавском порту находилось 19 транспортов.

Сельские жители рассматривают сбитый немецкий самолет.

С суши Лиепаю прикрывали части 67-й стрелковой дивизии генерал-майора Н. А. Дедаева. Однако защита эта была весьма условной: в зоне ответственности этого соединения находился огромный 150-километровый участок побережья от государственной границы до Вентспилса. Соб ственно в районе Лиепаи находились около 7 тыс. человек из состава дивизии генерала Дедаева. Помимо частей 67-й дивизии базу защищали 32-й караульный батальон курсантов Военно-морского училища ПВО им. Фрунзе, 23-я и 27-я батареи береговой обороны КБФ (по четыре 130-мм орудия), 18-я железнодорожная батарея КБФ (четыре 180-мм орудия), 148-й истребительный авиационный полк из состава 6-й смешанной авиадивизии (63 самолета), 43-я морская авиаразведывательная эскадрилья (состояла из 13 летающих лодок МБР-2 и базировалась на озеро Дурбе в 15–20 км от города) и отдельные мелкие части. Общая численность личного состава базы составляла около 4 тыс. человек. Наличие на периметре обороны Лиепаи относительно многочисленного гарнизона позволило сдержать первый натиск противника, но при туманных перспективах удержания базы оставался один выход — уход боеспособных кораблей в Рижский залив.

Волна приведения флота в состояние готовности № 1 довольно быстро докатилась до Лиепаи. В 1:00 22 июня была получена шифровка с указанием привести все части, корабли в боевую готовность. В 4:00 22 июня командир 1-й бригады подводных лодок Н. И. Египко получил указание от начальника штаба КБФ о рассредоточении лодок по реке, также было приказано принять на борт все виды снабжения и немедленно перевести подлодки 4-го дивизиона в Усть Двинск, а 3-го дивизиона в Виндаву. Египко дал указание командиру 3-го дивизиона в Либаве о принятии всех запасов и переходе в новое место базирования. Командир 3-го дивизиона капитан 3-го ранга А. К. Аверочкин был старшим командиром Либавской группы.

Подготовка к перебазированию заняла несколько часов. В 14:00 Аверочкин отправил донесение о готовности к выходу. Не были готовы к выходу по вышеуказанным причинам лодки С-1, С-3, М-71, «Спидола» и «Ронис». По некоторым данным, небоеготовые корабли, в том числе эсминец «Ленин», были подготовлены к взрыву уже в середине дня 22 июня. В 15:15 первого дня войны командир бригады подлодок приказывает своим подчиненным в Лиепае «выходить по готовности, на переходе учитывать обстановку военного времени». Однако в 16:30 Аверочкин сообщает, что командир Лиепайской базы капитан 1-го ранга М. С. Клевенский не выпускает подлодки. Египко был вынужден обратиться к начальнику штаба КБФ за соответствующими указаниями в адрес командира базы.

Не следует думать, что основной заботой советских моряков 22 июня была подготовка к отступлению из Лиепаи. Лодки Л-3, М-79, М-81, и М-83 были сразу же высланы на позиции на подступах к базе с моря, которые они должны были занимать по предвоенным планам. В 9:30 Лиепаю покинула М-83, в 10:30 — М-81, в 19:30 — Л-3. Тральщик «Фугас», несмотря на неисправность двигателя, выставил минное заграждение из 207 мин на подходах к Лиепае. Тральщики этого проекта, несмотря на основное предназначение бороться с минами противника, имели возможность брать на борт и устанавливать небольшое количество морских мин заграждения. Постановка «Фугаса» оказалась весьма результативной: до конца года на его минах подорвались немецкие тральщики М-3134, М-1708 и М-1706, сторожевой корабль V 309 и охотник за подводными лодками UJ-113.

Эвакуация кораблей из Лиепаи началась, когда части 291-й пехотной дивизии уже подошли к городу. Первый бой на ближних подступах к Лиепае состоялся в ночь на 23 июня. В нем участвовали разведывательный батальон 67-й стрелковой дивизии и ее 281-й стрелковый полк в неполном составе. Когда в надвигающейся темноте летней ночи затрещали выстрелы пулеметов и первые залпы орудий, отданный еще в середине дня приказ начал выполняться. В 23:20 22 июня базу покинули и направились в Виндаву подлодки С-9, «Калев» и «Лембит». Впоследствии «Лембит» станет одной из самых знаменитых советских лодок. Подводные лодки М-77 и М-78 вышли из Лиепаи после полуночи, т. е. уже 23 июня. М-78 была потоплена на переходе немецкой подводной лодкой U-144. Также 23 июня из базы ушли тральщик «Фугас» и малые охотники. Из числа гражданских судов порт покинули танкер «Железнодорожник» и восемь транспортов. Оставшиеся в базе эсминец «Ленин», подлодки «Ронис», «Спидола», М-71, М-80 и С-1 были впоследствии взорваны экипажами во избежание их захвата противником. Та же судьба постигла подлодку М-83, вернувшуюся в базу с позиции из-за повреждения перископа. До того как Лиепая была блокирована с суши 23 июня, ее покинули эшелон с семьями гарнизона и железнодорожная батарея. Оборона Лиепаи продолжалась до 27 июня, а отдельные разрозненные отряды сопротивлялись до 29 июня.

Как и следовало ожидать, 22 июня был открыт счет потопленных немцами советских гражданских судов. Первым стал пароход «Гайсма» (3077 брт). Он следовал из Риги в Любек с грузом леса. В 3:45 пароход у юго-восточного берега острова Готланд был атакован немецкими торпедными катерами S-59 и S-60, которые обстреляли судно, а затем потопили его двумя торпедами. Погибло шесть человек, попали в плен еще двое. Оставшиеся 24 члена экипажа через 14 часов добрались на шлюпке до латвийского берега в районе маяка Ужава, где похоронили скончавшегося от ран капитана Н. Г. Дувэ. Еще одной жертвой немецких катерников стал транспорт «Лииза», следовавший из Лиепаи в Палдиски с грузом цемента и колючей проволоки. Он был в 23:15 22 июня задержан катерами немецкой 2-й флотилии у побережья острова Хийумаа (Даго). Немцы позволили экипажу покинуть корабль, который затем был торпедирован катерами S-43 и S-106. Экипаж (14 мужчин и 1 женщина) был взят в плен и принят на борт S-106.

Советский военно-морской флот традиционно противопоставлялся армии и военно-воздушным силам в отношении боеготовности. В отличие от оглушительного разгрома на аэродромах и стремительной потери позиций на границе флот по большому счету отделался испугом. Считается, что причиной этого было своевременное приведение флота в боевую готовность. Однако справедливости ради следует отметить, что первопричиной все же был низкий приоритет цели «советский ВМФ» в немецких военных планах. Но даже при этом 22 июня вполне могло стать «днем позора». В этом отношении показателен следующий эпизод. Немецкие подводники обнаружили ночью с 21 на 22 июня на Таллинском рейде стоявший на якоре линкор «Октябрьская революция». Командир отряда подводных лодок капитан Бирнбахер запросил по радио разрешение на атаку. Из Вестенде был дан положительный ответ, но Бирнбахер его не услышал. Он запросил базу еще несколько раз, но ответа все так же не слышал. Счастливое стечение обстоятельств спасло «Октябрину». Боеготовность кораблей и морской авиации запаздывала, мины были поставлены немецкими самолетами у главных баз флота фактически безнаказанно. Внезапная атака крупными силами авиации могла привести к фатальным последствиям. Флот был в двух шагах от потенциального «Перл-Харбора».