Успехи на юге являлись некоторым утешением; в районе действия немецких лодок они были гораздо более значительными, чем на севере. Однако длительность перехода в указанный район ограничивала эти успехи, пока подводные лодки не могли пополнять в пути запасы горючего и торпед. До июля это было возможно в редко посещаемой гавани на Канарских островах. Затем англичане заявили протест. Надежда на использование Дакара не осуществилась, так как Гитлер не предложил французам никакой компенсации. Со снабжением горючим в открытом море через посредство танкеров противник покончил после гибели «Бисмарка» (у одного из капитанов танкеров противник захватил секретные документы), так что подводные лодки лишились возможности пополнять летом запас горючего в районе африканского побережья. Одновременно англичане и здесь ввели систему конвоев, а Фритаун, который до той поры являлся чрезвычайно оживленным портом, больше почти не посещался торговыми судами, за исключением американских, которые приходилось щадить в соответствии со специальным приказом Гитлера. Таким образом, время крупных успехов подводного флота в этом районе кончилось. Первые подводные лодки топили в среднем около 12 пароходов, в том числе несколько из состава конвоев, встреченных по пути туда. «U-107» (Гесслер) осуществила наиболее успешный за всю войну рейд подводной лодки серии IX и потопила 14 судов (87 000 брт). Начиная с июля создалось впечатление, что конвои следуют на север и на юг преимущественно западнее 30 градуса западной долготы, то есть через район, используемый также немецкими прерывателями блокады и вспомогательными крейсерами, а потому закрытый для подводной войны. Дальность плавания новых лодок серии IX определялась примерно в 9000 морских миль, но благодаря смекалке их инженер-механиков значительно увеличилась. Эти инженеры пользовались при длительных походах всего одним дизелем, но зато обоими винтами, один из которых приводился в действие электричеством от батареи, постоянно подзаряжавшейся с помощью двигателя. Однако и этого было недостаточно, чтобы достигнуть Южной Атлантики. Попытка же распространить подводную войну на морские подступы к Капштадту не удалась, так как плавучая база «Питон» была потоплена крейсером.

Некоторые подводные лодки не участвовали в собственно подводной войне, так как были заняты выполнением специальных заданий. Так, до 1944 г. 2 лодки всегда находились далеко на западе для передачи метеорологических данных, в которых нуждались военно-воздушные силы; поскольку они радировали несколько раз в день, суда противника имели возможность обходить их. С мая 1941 г. приходилось временами держать несколько лодок в морском пространстве от Бордо до района к западу от Азорских островов — в целях прикрытия уходящих в плавание и возвращающихся прорывателей блокады и вспомогательных крейсеров. Было сомнительно, чтоб они смогли перехватить корабль противника, даже находясь в непосредственной близости от своего подопечного. Поскольку охраняемые грузы являлись жизненно важными, необходимо было, однако, делать все, что только в силах человеческих. Эти подводные лодки спасли команду плавучей базы «Кота Пинанг», потопленной крейсером у Азорских островов.

Война с Россией также оказала известное влияние на снижение количества судов, потопленных подводными лодками. Отзыв германских летчиков уменьшил требования, предъявляемые к Средиземноморскому флоту и высвободил ряд кораблей для охранения конвоев. Кроме того, РВМ забрало 8 лодок, использовавшихся для учебных целей; 3 из них должны были находиться в боевой готовности в районе Хельсингера, на случай попытки англичан прорваться в Балтийское море, 5 других действовали у входов в Финский и Рижский заливы, но с незначительным успехом, так как цели появлялись редко. Если не считать трех подводных лодок, им удавалось топить только мелкие суда. Одна немецкая лодка погибла, подорвавшись на мине. Две малые лодки должны были находиться у Шетландских островов на случай каких-нибудь действий англичан против Норвегии. Подготовка подводников была частично перенесена в западную часть Балтийского моря и в норвежские воды, что вело к потере времени. В конце августа, когда пассивность русских стала очевидна, все эти меры были отменены. По приказу Гитлера начиная с июля две, а с сентября четыре лодки находились в Арктике отчасти потому, что он боялся нападения на Норвегию, отчасти в целях перехвата грузовых судов, могущих быть направленными в Россию. Пока что таковых не появлялось, а вследствие длительности плавания в этот район 4–6 лодок всегда оказывались скованными.

Из 36 лодок, находившихся в среднем в море в сентябре и октябре, для использования в Атлантике обычно оставалось в наличии только 10–20. КПЛ сформировал несколько групп, бороздивших обширное водное пространство между Исландией, Испанией и Ньюфаундлендом, и это сулило большие успехи. В сентябре удалось перехватить 2 конвоя к югу от Гренландии и 2 других к юго-западу от Ирландии. 28 подводных лодок потопили в общей сложности 33 судна, потеряв одну лодку из своего состава. Общий результат в сентябре составил 202000 брт, в октябре — 157000. В этом месяце была осуществлена лишь одна успешная большая операция — против «SC-48», в 400 милях к юго-западу от Исландии. За две ночи подводные лодки, не понеся потерь, потопили 9 судов и 2 корабля охранения, а также торпедировали эсминец США «Кёрни». Другой, более быстроходный конвой (скорость 11 узлов) подвергся преследованию на протяжении 800 миль, однако охранялся так хорошо, что потерял из своего состава только одно судно. В ходе одной из нескольких мелких операций войсковой транспорт «Орения» пал жертвой торпедного залпа. Туман и плохая погода мешали использованию представлявшихся возможностей.

Продолжавшееся 11 дней преследование Гибралтарского конвоя закончилось без всякого успеха.

В ноябре число подводных лодок, находившихся в Атлантике, еще уменьшилось, и ни разу не удалось даже обнаружить конвой. В конце концов лодки расположились в полосе шириной около 500 миль между Ирландией и Азорскими островами, чтобы перехватить Гибралтарский и Сьерра-леонский конвои. Однако, прежде чем они достигли какого-либо успеха, РВМ приказало 22 ноября: «Центром тяжести подводной войны является Средиземное море и Гибралтар». Уже в конце августа Гитлер лично занялся не перестававшей ухудшаться обстановкой на Средиземном море и приказал послать туда подводные лодки. КПЛ, правда, очень резко выступил в защиту той точки зрения, что задача сводится к уничтожению тоннажа — все равно где, но незначительные результаты, достигнутые в этой области за. второе полугодие, являлись плохим аргументом в пользу такой точки зрения. В ноябре было потоплено всего 62 000брт.

В конце сентября первые 6 подводных лодок прошли через Гибралтарский пролив в Средиземное море. За ними в начале ноября проследовало еще 6. 16 ноября тронулась в путь третья очередь в составе 8 лодок. Из последних достигли места назначения 5, 1 была потоплена, 2 вернулись С повреждениями. К этому времени стали опасаться британско-деголлевских десантов в Северной Африке, и в качестве единственного средства противодействовать им сосредоточили К востоку и к западу от Гибралтарского пролива значительное количество подводных лодок, чтобы наносить возможно более сильные удары по перевозкам грузов с запада на восток. Это удалось лишь в незначительной степени, поскольку условия боевой деятельности в этом районе гораздо. Лучшей видимости и более тихой погоды были чрезвычайно благоприятны для подводных лодок. Нерешительная политика и стратегия в Средиземном море в 1940 и весной 1941 г. привели лишь к тому, что в Атлантике подводную войну пришлось прервать как раз тогда, когда число лодок резко увеличилось, а в самом Средиземном море это оружие сильно затупилось.