Между тем огонь разрастался. Как только была прорублена большая брешь, пираты сами стали тушить пламя, засыпая его землей. Часть пиратов принялась тушить пожар, часть пустилась преследовать врага… Около полудня пираты [во главе с Яном Эрасмусом] прорвались через брешь, и, хотя огонь все еще пылал, губернатор с оставшимися двадцатью пятью солдатами сопротивлялся, причем те, кто уже не мог стрелять из ружей, дрались пиками или кидали в пиратов камни. Однако, несмотря ни на что, пиратам удалось проникнуть в крепость и овладеть ею. Оставшихся в живых добили без пощады. Их сбросили в ров, где они переломали себе кости. Губернатор отступил к арсеналу, там стояли еще две пушки. Он решил защищаться до конца и не сдавался, поэтому пиратам пришлось убить его».

Ян Эрасмус, временно возглавивший отряд после серьезного ранения Джозефа Брэдли, водрузил над крепостью свой флаг.

По информации президента Панамы, испанские солдаты «защищались с большой храбростью и решимостью, убив около двухсот человек и отбив более шести атак, пока англичане не взяли верх ночью с помощью своих зажигательных снарядов, предав огню фортификации, поскольку снаружи они были деревянными. Таким же образом они сожгли гауптвахту, или дом губернатора, покрытый пальмовыми листьями, и уничтожили в нем все доброе оружие».

Согласно данным Питера Эрла, перелом в ходе сражения случился после того, как в семь часов вечера взорвалась бронзовая пушка, разворотив часть крепостной стены. Флибустьеры устремились в образовавшуюся брешь, швырнув гранаты на крыши дома коменданта и порохового склада. Пожар и гибель многих людей деморализовали защитников Сан-Лоренсо. Около полуночи примерно 150 солдат покинули крепость, бросившись к реке, — там были ошвартованы каноэ, на которых они могли уйти вверх по течению. Оставшиеся полторы сотни солдат во главе с доном Педро де Лисальдо еще пытались удерживать свои позиции возле бреши и на бастионе Сан-Антонио. Они дважды отбивали атаки флибустьеров, ведя огонь из пушек, заряженных картечью. Но во время третьего штурма бастион пал. Дон Педро с лейтенантом, капелланом и горстью солдат укрылся внутри фортификации, отказавшись сложить оружие и просить пощады. Все они погибли смертью героев.

Позже испанская корона выплатила тысячу дукатов родителям дона Педро, поблагодарив их за то, что они воспитали такого храброго сына.

Эксквемелин и Ян Эрасмус сообщают, что при захвате Сан-Лоренсо флибустьеры потеряли больше ста человек, около шестидесяти человек были ранены. Уильям Фрогг писал, что в бою пали капитан Брэдли, его заместитель Пауэлл и еще 150 человек. В «Правдивом отчете…» утверждалось, что испанцы потеряли 360 человек, тогда как «с нашей стороны были убиты лишь тридцать человек, один капитан и один лейтенант, и семьдесят шесть ранены, в том числе храбрец Брэдли и два лейтенанта, которые умерли от ран спустя десять дней, к великому огорчению адмирала и всего флота».

Немногим уцелевшим пленникам флибустьеры приказали перетащить трупы убитых испанских солдат с горы в долину и там похоронить. Раненых испанцев отнесли в церковь, в которой укрывались женщины. Командование крепостью взял на себя майор Ричард Норман.

Тем временем Морган, остававшийся на Санта-Каталине, приказал грузить на суда провиант и сниматься с якоря. Выйдя в открытое море, флибустьерский флот взял курс на крепость Сан-Лоренсо. 2 (12) января он подошел к устью реки Чагрес. «Как только Морган увидел над крепостью английский флаг, — сообщает Эксквемелин, — он тут же вошел в реку. Но его корабль [“Сэтисфекшн”] и еще три судна наскочили на утес в самом устье реки… У пиратов не было времени, чтобы перенести грузы на берег, устранить последствия аварии: внезапно налетел северный ветер, разбил суда в щепки и выбросил их на берег».

Согласно информации Фрогга, «при проходе через отмель адмиральский корабль, который был остановлен встречными ветрами, и еще шесть малых судов потерпели крушение, и десять человек утонули». Среди погибших была и ведьма-предсказательница. Сам Морган писал, что пострадали пять судов, включая флагман.

Из других источников известно, что в числе разбившихся было также судно «Сан-Томас», которым командовал капитан Хамфри Фёрстон. Судовладелец Джордж Холмс позже обратился в суд, требуя, чтобы адмирал возместил ему стоимость затонувшего парусника.

Разместив своих людей в поселке Чагрес и в частично восстановленной из руин крепости, Морган не мешкая стал готовиться к походу через Панамский перешеек. Флибустьеры снарядили несколько обнаруженных близ устья реки плоскодонок и установили на каждую из них по несколько пушек, а также спустили на воду все каноэ, которые имелись на борту кораблей.

Эксквемелин утверждал, что в крепости были оставлены 400 человек и еще полторы сотни — на судах, стоявших в устье. Морган в своем отчете отмечал, что для охраны Сан-Лоренсо и кораблей он оставил 300 человек под командованием Ричарда Нормана. Все остальные флибустьеры (по разным оценкам — от 1200 до 1400 человек) должны были участвовать в экспедиции к тихоокеанскому побережью. При этом отряд не взял с собой никаких припасов, надеясь пополнить их в тех местах, где выше по течению испанцы и индейцы соорудили засады.

8 (18) января (по данным Моргана, «в понедельник девятого») флотилия флибустьеров двинулась в беспрецедентный поход через Панамский перешеек. Эксквемелин сообщает, что в ее составе было пять небольших судов и 32 каноэ; в «Правдивом отчете…» уточняется, что флибустьеры имели семь судов и 36 лодок.

Как уже отмечалось выше, президент Панамы дон Хуан Перес де Гусман позаботился об усилении не только крепости Сан-Лоренсо, но и коммуникаций на перешейке. «Капитаном реки Чагрес» был назначен сорокалетний уроженец Кадиса Франсиско Гонсалес Саладо. Под его командование дон Хуан передал от четырехсот до пятисот ополченцев — индейцев, негров, мулатов, метисов и самбо. Хотя у них было слишком мало оружия (210 мушкетов и пистолетов, 114 пик и 69 луков), их великолепное знание местности и умение устраивать засады могло превратить продвижение неприятеля через леса и горы перешейка в сущий ад.

Обосновавшись в Вента-де-Крусес, Гонсалес Саладо решил соорудить на берегах реки Чагрес четыре баррикады: Барро-Колорадо (или Сантиссима-Тринидад), Торномаркос, Каньо-Кебрадо и Барбакоас. Самым сильным укреплением был аванпост Барро-Колорадо, находившийся примерно на полпути между Сан-Лоренсо и Вента-де-Крусес. Ниже по течению Гонсалес разместил дозорные пункты и патрули, имевшие в своем распоряжении флотилию каноэ. Передовой дозор он оставил в 20 милях от Сан-Лоренсо, в пункте, называвшемся Дос-Брасос. Именно здесь капитан услышал гул канонады, доносившийся со стороны карибского побережья, из чего смог заключить, что враг атаковал крепость. Гонсалес выслал на помощь гарнизону Сан-Лоренсо 50 ополченцев, но в пути они встретили раненых солдат, бежавших из крепости, и повернули назад. Отправив донесение о случившемся президенту Панамы, капитан отступил к Барро-Колорадо, где узнал о падении крепости.

Луис де Кастильо был оставлен командовать укреплением Барро-Колорадо, тогда как Гонсалес Саладо посетил две другие баррикады — Торномаркос и Каньо-Кебрадо, — пообещав их охранникам прислать в скором времени подкрепления. Своим командным пунктом капитан избрал четвертое укрепление — Барбакоас.