Помпей к этому времени отправил в Грецию половину своих солдат, намереваясь, когда корабли вернутся, отплыть в эту страну с другой половиной войска. У Цезаря было всего несколько кораблей, и атаковать город с моря он возможности не имел. Тогда Цезарь решил перекрыть выход из гавани, чтобы помешать Помпею бежать. По его распоряжению, солдаты начали возводить в горловине гавани дамбу, сваливая в воду с противоположных берегов горловины строительный материал. Однако перекрыть дамбой всю горловину возможности не было вследствие большой глубины в ее середине, поэтому в этом глубоком месте солдаты установили плоты в тридцать квадратных футов, соединенные друг с другом и с дамбой. Каждый плот, чтобы его не качало, стоял на четырех якорях, а на каждом четвертом плоту солдаты установили по башне с метательными машинами, чтобы защитить всю конструкцию от неприятельских кораблей.

Помпей тоже не сидел сложа руки. Он захватил стоявшие в гавани местные торговые корабли и также установил на них башни с метательными машинами, чтобы прервать построенное Цезарем заграждение. Началась перестрелка. Ежедневно враждовавшие стороны обстреливали друг друга стрелами, камнями и метательными снарядами.

Несмотря на эти военные действия, Цезарь не отказался от мирных переговоров. Он полагал, что на встрече с Помпеем они смогут прийти к соглашению, не умаляющему власть и достоинство каждого. Цезарь послал к Помпею своего представителя. Вернувшись, тот сообщил, что Помпей отказался встретиться с Цезарем, поскольку оба консула отбыли в Грецию, а у него самого на переговоры нет полномочий.

На девятый день безуспешной осады города из Греции возвратились суда, чтобы перевезти в эту страну вторую половину войска Помпея. Заграждение из плотов они преодолели без большого труда. С приходом кораблей Помпей стал приготовляться к отъезду. На случай возможного штурма города во время отплытия Помпей приказал заложить ворота, а на улицах вырыть поперечные рвы и вбить в них заостренные колья, а перед самым отплытием он послал на крепостную стену стрелков из лука и пращников на случай неожиданной атаки противника и распорядился отозвать их с постов по условленному сигналу после посадки всех других солдат на суда. Заграждение из плотов снова не стало серьезной помехой для кораблей, и Помпей благополучно отплыл.

После того как Помпей оставил Италию, Цезарь, казалось бы, стал ее единовластным правителем. Но это была только видимость. У Помпея по-прежнему оставалась огромная армия, хотя и разбросанная по различным контролировавшимся Римом районам. Особенно крупная группировка Помпея находилась в Испании. В распоряжении этого войска был большой флот, и оно имело возможность в любое время высадиться в Италии. Но хуже всего было то, что власть Цезаря не была легитимной. Большинство сенаторов удалилось вместе с Помпеем в Грецию, а те немногие, что остались в Италии (как, например, Цицерон), соблюдали нейтралитет, и Цезарь не мог обрести даже видимость законной государственной власти. Хотя он и завоевал всю Италию, он оставался мятежником.

Овладев Брундизием, Цезарь распорядился собрать все имевшиеся в Галлии и Италии корабли, чтобы иметь возможность переправиться в Грецию, но он знал, что это мероприятие займет несколько месяцев. Но он также отчетливо понимал, что нельзя покидать Италию, поскольку в страну могут вторгнуться легионы Помпея, находившиеся в Испании. Поэтому Цезарь оставил план немедленного преследования Помпея и решил отправиться сначала в Испанию. Однако прежде он отправил свои войска на Сардинию и Сицилию, чтобы изгнать оттуда солдат Помпея и запастись на этих островах продовольствием.

В то время Сицилией управлял Марк Катон, злейший враг Цезаря. Катон полагал, что Помпей разобьет войска Цезаря, и был до крайности возмущен его отплытием в Грецию, тем более что Помпей до этого уверенно утверждал, что его войска наготове и им по силам одолеть неприятеля. Когда к Сицилии подошел флот, возглавлявшийся легатом Цезаря Курионом, с двумя легионами на борту, Катон бежал с острова, проклиная Помпея.

Тем временем Цезарь продвигался по Аппиевой дороге, намереваясь перед походом в Испанию навести в Риме порядок. По дороге в столицу Цезарь решил встретиться с Цицероном в его поместье близ Формий, находившихся неподалеку от Рима. Последнее время Цезарь обменивался с ним письмами, стараясь убедить Цицерона перейти на свою сторону. Цицерон в то время был не у дел, но он по-прежнему пользовался огромным авторитетом, и Цезарь считал, что если такой влиятельный человек присоединится к нему, то его примеру последуют и другие именитые люди.

В начале марта Цезарь писал Цицерону:

На Цицерона произвело глубокое впечатление проявленное Цезарем милосердие к побежденным врагам после взятия Корфиния. Узнав об этой реакции Цицерона, Цезарь ему написал:

В конце марта Цезарь и Цицерон встретились после многолетнего перерыва. Хотя Цезарь и полагал, что всякий должен действовать исходя из своей собственной совести, он все же очень хотел, чтобы влиятельный Цицерон взял его сторону.

Однако Цицерон не одобрил действия Цезаря, предостерег от дальнейшей войны с Помпеем и рекомендовал признать законную власть сената. Цезарь своего не добился. А что касается Цицерона, то он решил присоединиться к Помпею, рассудив, что лишь этот, хотя и сбежавший от Цезаря, полководец может предотвратить крушение республиканского строя.

Первого апреля 49 года Цезарь впервые за последние девять лет прибыл в Рим. Он никогда не упоминает о встрече с Кальпурнией, но это естественно: в его времена считалось бестактным писать о своей жене. Приехав в Рим, Цезарь созвал сенат, но на его заседании присутствовали немногие (большинство сенаторов уехали из Рима вместе с Помпеем), о чем Цезарь также предпочел умолчать. В своей речи он перечислил все оскорбления, нанесенные ему оптиматами, упомянул о попрании теми же оптиматами прав народных трибунов и рассказал о своем стремлении к миру. Затем он предложил сенаторам управлять государством сообща с ним, заявив, что если они откажутся, он будет властвовать самолично. В заключение своей речи Цезарь высказал пожелание отправить к Помпею нескольких человек для ведения мирных переговоров. Это предложение было одобрено, однако желающих войти в состав делегации не нашлось.

Таким образом, оставшиеся в Риме сенаторы не оказали Цезарю необходимую помощь, но в открытую против него выступил лишь один человек — народный трибун Луций Метелл, ставленник оптиматов. Когда Цезарь пришел к римскому казначейству забрать деньги для жалованья солдатам, Метелл встал у дверей и преградил ему путь. Цезарь попал в неловкое положение, ведь он неизменно аттестовался как защитник прав народных трибунов. Однако выхода не было: Цезарю нужны были деньги, и он заявил Метеллу, что расправится с ним, если тот его не пропустит. Метелл отошел в сторону: он свое дело сделал. Цезарь забрал в казначействе пятнадцать тысяч золотых слитков, тридцать тысяч серебряных и миллион медных монет. Пренебрежением к трибуну и захватом государственных денег он оставил дурное впечатление в Риме, потеряв в мнении простого народа, который до того его неизменно поддерживал. По пути в Испанию Цезарь встал у Массалии, города на берегу Средиземного моря. Массалия была основана греками и являлась крупным торговым центром, которому Цезарь (впрочем, как и Помпей) в прошлом оказывал покровительство, и поэтому он рассчитывал на радушный прием. Однако, к его удивлению, городские ворота оказались закрытыми, а на крепостной стене виднелись солдаты. Цезарь потребовал объяснений, и массалийцы пояснили ему, что хотя они его весьма почитают, но не желают вмешиваться во внутренние дела Римского государства и потому соблюдают нейтралитет в конфликте между двумя римскими партиями.