Власти готовили суд над «сообщниками» Артемия — Феодосием Косым и Вассианом. Но тем удалось бежать из-под стражи и скрыться в Литве. Там же нашел прибежище и Артемий. За рубежом он сохранил непоколебимую верность православию. Некоторые из беглых московских еретиков, напротив, перешли в протестантскую веру. Один из новообращенных заслужил в Литве славу «второго Лютера или, скорее, Цвингли». «Второй Лютер» рассказывал, что в Москве он был приговорен «советом епископов» к сожжению на костре, но царь Иван отменил смертный приговор и приказал освободить еретика из тюрьмы. Показание московского «лютора» проливает свет на роль монарха в затеянных осифлянами процессах. Иван хорошо усвоил мысль о том, что провинившиеся монахи достойны сурового наказания, но не смерти. В послании Курбскому он писал: «И во отрекшихся от мира наказания, аще и не смертию, но зело тяжкая наказания, колми же паче в царствие подобает наказанию злодейственным человеком быти».

Три года Сильвестр подвергался нападкам Висковатого, пока митрополит не защитил его от обвинений в ереси. Спасаясь от наветов, Сильвестр отмежевался от Артемия Пустынника. Позиция наставника оказала решающее влияние на царя Ивана. Он не мог выступить против решения Священного собора и заступиться за Артемия, у которого учился богословию. Но он не позволил сжечь мнимых еретиков.

Крупнейшей реформой середины XVI в. была реформа центрального управления и организация приказной системы управления, просуществовавшей в России до петровских времен. В период раздробленности великий князь «приказывал» (поручал) решение дел своим боярам по мере необходимости. Быть «в приказе» означало ведать порученным делом. Одним из первых «приказов», превратившихся в постоянное учреждение, было центральное финансовое ведомство — Казна. В его организации заметную роль сыграл византийский финансист и купец Петр Ховрин-Головин, потомки которого были казначеями на протяжении нескольких поколений. Казначеи ведали Денежным двором, собирали государеву подать в Москве и «дань» в Новгороде, оплачивали военные расходы и пр. Со временем из состава Казны выделились узкофинансовые ведомства вроде Большого прихода. Поземельные дела стал вершить Поместный приказ, военные дела — Разрядный приказ, суд — Разбойный приказ.

В числе первых в Москве сформировались приказы, управлявшие княжеским доменом — собственностью великокняжеской фамилии. Дворцовый приказ снабжал дворец и многочисленные царские резиденции припасами. По мере присоединения земель и появления княжеских владений на окраинах рядом с Большим дворцом в Москве появились Новгородский, Тверской и прочие дворцы. Как правило, посты дворецкого и конюшего занимали представители одних и тех же старомосковских фамилий: Морозовых, позднее — Захарьиных и Челядниных. Наследование приказных постов замедляло формирование приказного аппарата.

Начало переустройству приказной системы на новых основах положила организация Посольского приказа на первом году реформ. В 1549 г. «приказано посольское дело Ивану Висковатого, а был еще в подьячих». На первых порах дело казалось столь маловажным, что поручено было не боярину, не дьяку, а лишь подьячему, низшему чиновнику. Опыт оказался удачным.

В Дворовой тетради 1552–1562 гг. записано до 50 больших и дворовых дьяков, возглавлявших главнейшие приказы, или избы. Со временем число приказов увеличилось до 80. Штат каждого приказа составляли дьяк, подьячие и писцы числом от 20 до 50 человек.

Характерной чертой системы приказного управления была чрезвычайная дробность ведомств и отсутствие четкого разграничения функций между ними. Наряду с центральными отраслевыми управлениями (Казна, Посольский, Разрядный, Поместный, Разбойный, Конюшенный, Ямской приказы, приказ Большого прихода) существовали областные приказы, управлявшие территориями отдельных земель (Тверской, Рязанский дворцы), упраздненными удельными княжествами (Дмитровский и Углицкий дворцы) и вновь завоеванными землями (Казанский дворец). Существовали также различные мелкие ведомства: Земский двор (полицейское управление столицы), московское тиунство и т. д. Не только областные дворцы, но и центральные приказы имели в своем ведении выделенные им территории. В пределах этой территории приказ собирал налоги, творил суд и расправу. К примеру, Посольский приказ осуществлял управление Карельской землей.

Первыми в состав думы вошли руководители Казенного приказа — двое казначеев и хранитель большой государственной печати — «печатник». В 60-х годах думными дьяками стали разрядный, поместный и посольский дьяки. Они постоянно присутствовали на заседаниях думы и докладывали дела.

Боярская дума контролировала деятельность приказов, периодически посылая туда окольничих и бояр. По существу, приказы стали разветвленной канцелярией думы. С образованием приказной системы Боярская дума окончательно конституировалась в высший орган государственной власти.

Важной особенностью почти всех новшеств середины XVI в. были сугубый практицизм правительственных мер, несовершенство или отсутствие у них законодательной основы. Приказы не имели регламента, который определял бы структуру новых учреждений и порядок их деятельности.

Реформа центрального аппарата управления повлекла за собой преобразование местного управления — системы кормлений. Текст подлинного приговора думы о кормлениях отсутствует, и о его содержании можно судить только по литературному пересказу.

Незадолго до своей отставки Адашев включил в официальную летопись рассказ, ставивший целью прославить его реформаторскую деятельность. Этот рассказ окрашен в апологетические тона и требует критики.

Адашев подверг решительной критике устаревшую систему местного управления, при которой провинциальные власти, наместники и волостели кормились за счет населения. Узнав о злоупотреблениях кормленщиков, царь велел «расчинить» по городам и волостям старост, которые бы участвовали в судебных делах, и заменил прежние поборы в пользу кормленщика специальным оброком — «кормленным окупом», шедшим в казну.

В приведенном «приговоре» о кормлениях имелся один существенный пробел. Закон не уточнял, на какие города и волости распространялась реформа местного управления. Радикальная критика системы кормлений предполагала необходимость полной ликвидации устаревшей системы. Между тем из летописного текста следовало, что царь по рассмотрении вопроса о кормлениях «бояр и велмож и всех воинов устроил кормлением праведными урокы, ему же достоит по отечеству и по дородству».

Правительство приступило к ликвидации кормлений уже в самом начале 50-х годов, и именно тогда были ликвидированы крупнейшие наместничества во внутренних уездах страны (Рязанское, Костромское и др.). После взятия Казани бояре, «возжелаша богатества», разобрали доходнейшие из кормлений, а прочими кормлениями «государь пожаловал всю землю», иначе говоря, знатнейшее дворянство. Новая широкая раздача кормлений имела место в связи с первыми успехами в Ливонской войне в 1558 г. Итак, «приговор» 1555–1556 гг. не ликвидировал систему кормлений одним ударом. Из-за противодействия бояр и знатных дворян, пользовавшихся привилегией замещать «кормленные» должности, отмена кормлений затянулась на многие годы. Перестройка органов местного управления была осуществлена в сравнительно короткий срок только на Севере, где на черносошных (государственных) землях жило малочисленное крестьянское население и почти вовсе отсутствовало землевладение дворян. Суд и сбор податей, прежде осуществлявшиеся здесь кормленщиками, перешли в руки «излюбленных голов», выбранных населением. На черносошном Севере земское самоуправление дало наибольшие преимущества не дворянам, а купцам-промышленникам и богатым крестьянам. Земская реформа в целом как бы завершила общую перестройку аппарата государственного управления на новых сословных началах.