Аптекарский приказ контролировал и изготовление и продажу лекарств. В Москве долго существовала только одна аптека, обеспечивавшая медикаментами царскую семью и ее окружение. Еще с 1630-х годов она продавала их излишки «всякого чина людям». Хотя дело в ней было поставлено, по свидетельству иностранцев, «весьма великолепно», она всё же не справлялась с возросшим спросом на ее продукцию, поэтому в 1672 году царь указал открыть вторую аптеку — публичную, для обеспечения лекарствами войска и всех желающих, при этом доступ для них в старую, придворную, был закрыт. В 1673 году двум аптекам было дано монопольное право производить лекарства и торговать ими в Москве. Находившийся ранее у стен Кремля (на месте Александровского сада) «государев аптекарский двор и огород» был перенесен за Мясницкие ворота, а новые появились у Каменного моста, в Немецкой слободе и в других местах на окраинах города, в частности, на месте нынешнего Ботанического сада. Препараты привозились и из-за границы — из Англии, Голландии, Персии и других стран. Нередко царь лично поручал своему торговому агенту в Европе Иоганну Гебдону произвести закупку необходимых лекарственных средств. Так, в 1663 году в Кремль было прислано шесть сундуков, два бочонка и тюк трав, настоек и медикаментов. Сбор трав поручался также крестьянам царских вотчин. Сохранилось письмо Алексея Михайловича Матюшкину с указанием, чтобы крестьяне Конюшенного приказа набрали на Иванов день (24 июня) «цвету сераборинного, трав иппериковой и мятной с цветом, и дягилю и дягильного коренья по пяти пуд».

Штат Аптекарского приказа постоянно увеличивался: в 1631 году в нем служили 12 человек (два доктора, пять лекарей, аптекарь, окулист, два толмача-переводчика и подьячий), а спустя полвека, в 1681 году, — 82 (шесть докторов, четыре аптекаря, три алхимиста, 21 русский лекарь и десять лекарей-иноземцев, 38 учеников лекарского и костоправного дела), не считая двенадцати подьячих, нескольких огородников, толмачей и десятков хозяйственных рабочих. В 1654 году при Аптекарском приказе были открыты первые лекарская и костоправная школы, их выпускники (около сотни за полвека) направлялись лекарями в стрелецкие и рейтарские полки. Срок их подготовки колебался от трех до двенадцати лет, в разные годы обучалось от десяти до сорока человек, выпуски были нерегулярными, но тем не менее они вносили посильную лепту в развитие медицины в стране. Правда, большинству населения Москвы медицинскую помощь по-прежнему оказывали знахари и знахарки, а универсальным лекарственным средством считался «камень безуй».

При Аптекарском приказе начала складываться библиотека медицинской литературы — русских травников, а также переводных научных трудов. В частности, в 1657 году по указанию царя приехавший из Киева и преподававший в лекарской школе ученый монах Епифаний Спавинецкий, получивший образование в Краковском университете, сделал перевод с амстердамского издания (1642) анатомического трактата Андреаса Везалия «Эпитоме», впервые опубликованного в 1543 году.

Восприятие смерти в царском семействе соответствовало общенародным средневековым представлениям о ней. Христианский взгляд на подготовку к смерти кардинально отличался от языческого — земная жизнь воспринималась как краткий период приготовления к жизни вечной, смерть перестала быть телесной границей между этим и тем светом и превратилась в акт Божьего суда над душами праведников и грешников. Теперь уже умирающих и тех, кто находился рядом, должны были волновать не телесные страдания, а спасение души. «Смертью смерть поправ», Христос как бы поменял жизнь и смерть местами — тот, кто жил на земле ради жизни, оказывался во власти вечной смерти; тот же, кто добровольно «умирал» для земных греховных утех, обретал жизнь вечную. Языческий «порог смертный», выражавший телесно-пространственное восприятие бытия, сменился у христиан «часом смертным», отражающим доминирование духовно-временного восприятия. Наступление этого часа неведомо людям («Потаи от нас Бог смертный час»), а посему о нем следовало думать постоянно («Лепо есть человеку… поминати присно страшьное и второе пришествие и день смертьный»). В «час исхода души от тела», по представлениям, изложенным в древнерусском церковно-учительном сборнике «Измарагд») добрые дела, совершённые умирающим на протяжении жизни, превращаются в ангелов, которые «в радости и веселии» уносят душу в «место покоя и радости», а злые дела превращаются в бесов: «…люте свезавше убогую ту душу грешнаго поведут, рыдающу и плачущуся горце, в место темно и смрадно». В ожидании последнего часа человек обязан провести определенную духовную подготовку; если же он не сделает этого, то умрет «напрасной смертью».

Все эти образы и идеи прочно закрепились в сознании жителей средневековой Руси, от простолюдинов до царственных персон. Об этом, в частности, свидетельствует письмо Алексея Михайловича Никону в 1652 году, в бытность последнего новгородским митрополитом, о кончине патриарха Иосифа. Государя покоробило, что предстоятель повел себя перед смертью не как праведник, а как суетный и корыстолюбивый человек. Особенно поразил царя отказ от исповеди и причащения, которые он считал важнейшими условиями «правильной» смерти. Царь подчеркивал, что Иосифу перед смертью не было ниспослано просветление, он лишь «тупо поновлял» попытки заговорить — «хочет молвить, да не может»; в последние предсмертные минуты ему были какие-то страшные «видения, от коих он почал руками закрыватца и жатца к стенке»: «Походило добре на то, как хто ково бьет, а ково бьют — так тот закрывается». Заметим тут же, что сам Алексей Михайлович за три часа до своей кончины исповедался и принял причастие.

Первые цари династии Романовых умирали по-разному. Михаил Федорович, сильно болевший в последние годы, приучил своих придворных, что хворь его может продолжаться до бесконечности, поэтому смерть его была неожиданной. По Москве поползли слухи, что царя «опоили», «окормили» отравой или сгубила «кручина» по поводу отказа королевича Вальдемара перейти в православие и жениться на царевне Ирине. Придворные врачи говорили иное — 27 апреля 1645 года на консилиуме они пришли к выводу, что «желудок и печень и селезенка… безсильны. И от того понемногу кровь воденеет и холод бывает, да от того же цынга и иные мокроты родятся». В качестве лечения пациенту были прописаны разогретое рейнское вино с травами, «чтоб слизь… вывести», и эликсир для потоотделения. Целый месяц царь лечился подобным образом, однако ноги продолжали опухать, а «ветер и колотье возле ребер» усилились. Анализ мочи снова показал, что «печень и селезенка заперты… от многово сиденья… от холодных питей и от меланхолии, сиречь кручины». Затем поднялось давление, царь жаловался на шум в ушах и головные боли. Когда давление понизили, государь почувствовал себя лучше и решил 12 июля, в день своих именин, пойти на литургию в Благовещенский собор в придел Михаила Малеина, чтобы помолиться своему тезоименитому святому. В церкви он потерял сознание и был отнесен в свои покои. События развивались очень быстро: царь был «едва жив», вечером к нему позвали жену, сына, патриарха, боярина Морозова и других ближних людей, которым он якобы сказал: «Уже бо отхожу от вас», — затем благословил Алексея на царство и напомнил патриарху о помазании нового государя. Затем прошло соборование, ночью Михаил Федорович «отъиде… яко неким сладким сном успе». Позднее в «Повесть о преставлении Михаила Федоровича» был (вероятно, по приказу Морозова) вставлен эпизод, в котором умирающий царь обратился к «дядьке» царевича с просьбой по-прежнему опекать и заботиться о сыне — это должно было дать боярину дополнительные права.