Во время траурного обряда случился инцидент между патриархом Иоакимом и царским духовником Андреем Савиновым. Еще при жизни государя поведение его духовного отца, служившего в Благовещенском соборе, вызывало нарекания начальства. Его обвиняли в сожительстве с чужой женой, пьянстве, нарушении поста, глумлении и прочих вещах. Патриарх обращался с жалобами на Савинова к самому монарху, однажды посадил царского духовника на цепь в темнице, и даже Алексей Михайлович не смог уговорить святейшего помиловать беспутного священнослужителя. При положении тела скончавшегося самодержца в гроб в руки ему положено было вложить «прощальную грамоту», что входило в обязанности царского духовника. Однако патриарх лично сделал это, за что и получил от Савинова поток оскорблений. 14 марта 1676 года Иоаким созвал церковный собор, осудивший протопопа за все его прегрешения; он был лишен сана и сослан в Кожеезерский монастырь.

В день царских похорон придворный поэт Симеон Полоцкий вручил новому монарху «утешительную книжицу». Это уже была не первая книга «плачей» по усопшим. Еще в 1669 году поэт сочинил и передал Алексею Михайловичу «Френы, или Плачи всех санов и чинов православно российского царства» на смерть царицы Марии Ильиничны. Первым был помещен плач от имени самого царя, далее шли плачи «лик чад царских», царевен, чина духовного («пресветлаго сингклита»), «православного воинства», всех градов державы, «всех странных и пришлых», нищих, вдовиц и сирот, «Церкви ратующей» и др. На каждый плач отвечало утешение от имени веры, надежды, любви, премудрости, воздержания, мира, заступления, Церкви торжествующей: «Остави слезы, престани рыдати, царю вернейший, время плачю стати». Типично барочная форма диалога и прения завершалась «Словом последняго целования» от имени почившей царицы, обращающейся по очереди ко всем плачущим, а также любимым Симеоном лабиринтом с заключенными в него словами «Вечная память».

Однако в новом произведении «Глас последний» Симеон не просто воспроизводил «плачи» и «утешения» от разных лиц, а взял на себя смелость воссоздать духовное завещание умершего Алексея Михайловича сыну. Глас «со заветом отчим» исходил от самого умершего, который обращался также и к патриарху Иоакиму, «всему пресветлому царскому дому и ко всем саном духовным и мирским». Царь оставлял наследнику 80 «велений» и требовал, чтобы они были исполнены, «аще хощеши благословен быти». Главное веление:

Особо отмечалась необходимость чтения исторических книг — «от них бо мощно, что бе в мире знати». Кроме того, мудрость следовало получать от «старцев добронравных» (к каковым, безусловно, Симеон причислял и себя). Многие наставления типичны для средневековых поучений, в них встречаются пословицы и поговорки («то бо пожнеши, еже посееши»; «семы (семена. — Л.Ч.) суть мысли, стебли же слова, классы (колосья. — Л.Ч.) суть дела, се жатва готова»), призывы творить добро, быть честным и милосердным и т. д. Эти стихи были столь популярны среди придворных, что их копировали и хранили в своих домашних библиотеках, как это сделал, в частности, фаворит царевны Софьи князь В. В. Голицын.

Практически всю жизнь болевший Федор Алексеевич, в отличие от отца, даже не успел свыкнуться с мыслью о неизбежности смерти и, кажется, пытался обмануть ее, торопясь со второй женитьбой. В праздник Пасхи 16 апреля 1682 года он совершил торжественный выход к заутрене в Успенский собор и после этого слег. Царевна Софья, пренебрегая обычаями, взялась сама ухаживать за братом, постоянно приходя в царские покои. Через 11 дней Федор отошел в мир иной, как записано в разрядной книге, «грехов ради всего московского государства». Именно так воспринималась смерть «ангела», успевшего, несмотря на молодость и болезненность, провести важнейшую реформу — отменить местничество — и наметившего целый ряд крупных преобразований. Перед смертью царь исповедался и причастился, исполнив тем самым чин «правильной» смерти.

Похороны состоялись по традиции на следующий день, 28 апреля. За гробом несли на санях вдову-царицу Марфу Матвеевну. Поскольку наследником престола успели объявить десятилетнего царевича Петра, то и он в сопровождении матери участвовал в похоронах. Причем после того, как установили гроб на уготованном месте в Архангельском соборе, Наталья Кирилловна поспешила увести сына, так что они не присутствовали на отпевании. Впоследствии ее упрекали за это старшие царевны Анна и Татьяна Михайловны — хотя они сами и не могли участвовать в похоронах, но получили всю информацию от племянницы, царевны Софьи, посмевшей присоединиться к процессии. Она вместе с пятнадцатилетней вдовой-царицей присутствовала на отпевании до конца, а по выходе из собора громко плакала и причитала, что покойного брата «извели злые люди».

Сильвестр Медведев, сменивший в качестве придворного поэта своего учителя Симеона Полоцкого, умершего в 1680 году, отозвался на кончину Федора утешительными виршами. Видно, что написаны они были не в день смерти, а значительно позднее, когда царевна Софья уже взяла власть в свои руки. Произведение, озаглавленное «Плач и утешение двудесятьма и двема виршами, по числу лет его царского пресветлого величества, яже поживе в мире описано», явно повторяло по структуре «утешительные книжицы» Симеона Полоцкого. Плач начинал символизирующий Россию двуглавый орел, утверждавший, что ему будет очень трудно жить без Федора. В утешение орлу говорилось, что вместо себя царь оставил двух братьев, а главное — царевну Софью, «тезоимениту Мудрости». Затем шли плачи по чину. Сначала вдова-царица Марфа, от имени которой сообщалось, что ей «ничего не мило, ни бисер, ни серебро», получала в ответ утешение от имени самого покойного супруга, который мудро рассуждал о том, что всего лишь переселился в царство вечное и что не надо печалиться о его короткой жизни: живи он долго, больше увидел бы скорби:

Далее помещены плачи теток-царевен Анны и Татьяны, сестер Евдокии, Марфы, Софьи, Екатерины, Марии, Натальи и Феодосии. Им также отвечал утешениями сам умерший царь, сравнивавший девять царевен с девятью ангелами, и призывавший петь не печальную, а радостную песнь, поскольку им в утешение на престоле остались два брата. Если орел российский начинал плачи, то завершал их скорбный глас всей Великой, Малой и Белой России, в котором перечислялись добродетели усопшего царя; в качестве утешения звучали слова, что России, как и Федору у престола Всевышнего, суждена жизнь вечная. Завершалось всё произведение эпитафией:

Царские и княжеские гробницы (всего 46) располагались по периметру Архангельского собора. Первым здесь был погребен великий князь Иван Калита в 1340 году, а последним — Иван Алексеевич в 1696-м. По распоряжению Михаила Федоровича в 1636–1637 годах старые надгробия были заменены новыми кирпичными с резными белокаменными стенками. В 1638 году над погребением царевича Дмитрия возвели белокаменную сень, украшенную резьбой, и окружили ее литой бронзовой решеткой. Бронзовые футляры, которые сегодня можно увидеть над соборными погребениями, были установлены значительно позже, в 1903 году.