В 1815 году американское каперское судно «Абелино» из Бостона захватило четыре английских торговых судна. Два из них были отправлены в Тунис, два других в Триполи. Тунисский бей и триполитанский паша разрешили командам захваченных кораблей возвратить обратно свою собственность, в нарушение прежних соглашений с Соединенными Штатами и несмотря на протесты американских консулов.

Однако наибольшие проблемы возникали с Алжиром. В 1807 году дей, возмущённый задержкой с поставками морских товаров в счёт дани, приказал захватывать американские торговые корабли. Алжирские пираты захватили три американских судна. Лиру удалось успокоить дея и добиться освобождения девяти американских граждан только после выплаты ему 18 тысяч долларов.

В 1812 году американское судно «Аллеганы» прибыло в Алжир с очередными поставками морских товаров в счёт уплаты дани дею. Однако алжирский правитель оказался недоволен предоставленными товарами и потребовал выплаты дани наличными средствами в размере 27 тысяч долларов. Поскольку Лир не располагал необходимой суммой, дей дал ему три дня и приказал консулу и всем американцам в Алжире покинуть город в это время. Единственная уступка, которой смог добиться Лир — это увеличение срока выплаты до пяти дней. В течение пяти дней Лир выплатил требуемую сумму и вместе с соотечественниками на борту «Аллеганы» покинул Алжир и прибыл в Гибралтар. Однако дей на этом не остановился. Он направил пиратов для охоты за американскими кораблями. Вскоре они захватили судно «Эдвин» из Салема. Алжирцы рассчитывали воспользоваться войной Соединённых Штатов с Англией, захватить большое количество американских кораблей. Однако американцы по той же причине были вынуждены свернуть свою средиземноморскую торговлю, и «Эдвин» оказался единственным призом алжирских пиратов.

В 1814 году консул в Тунисе попытался, без особого успеха, выкупить пленных американцев из команды «Эдвина», хотя он предлагал до трёх тысяч долларов за человека. Столь же неудачными оказались попытки выкупа, предпринятые через шведского консула.

Война с Англией отвлекала американский флот от средиземноморских проблем, однако заключение в 1815 году мирного соглашения позволило изменить ситуацию. 2 февраля 1815 года президент Мэдисон в обращении к Конгрессу предложил объявить войну Алжиру. 2 марта Конгресс одобрил объявление войны.

Флот снарядил две эскадры под командованием ветеранов Триполитанской войны. Одна была сформирована в Бостоне под командованием Бэйнбриджа, другая в Нью-Йорке под командованием Декатура 20 мая эскадра Декатура в составе фрегатов «Гуэрре» (44 орудия), «Македониан» (38 орудий) и «Констеллейшн» (36 орудий), шлюпов «Эпервир» (18 орудий) и «Онтарио» (16 орудий), бригов «Фарефли», «Спарк» и «Фламбо» (каждый по 14 орудий) и шхун «Торч» и «Спит-фаер» (каждая по 12 орудий) вышла в море.

15 июня Декатур достиг Гибралтара Два дня спустя фрегат «Консгеллейшн» встретил в море алжирский 46-пушечный фрегат «Машуда». Декатур немедленно начал погоню. Он подвёл «Гуэрре» на расстояние ружейного выстрела Бой был кратким и кровавым. От ружейного огня алжирцев были ранены несколько американцев. В ответ Декатур дал бортовой залп по корпусу вражеского фрегата Алжирский капитан Хаммид был ранен и сидел на квартердеке, пока одно из американских ядер не разорвало его надвое. Канонады «Гуэрре» разбили борта «Машуды» и заставили замолчать его батареи. Только палубная команда продолжала вести ружейный огонь. «Эпервир» подошёл близко к алжирскому фрегату с кормы и произвёл бортовой залп, принудив врага спустить флаг.

В плен попали 406 алжирцев. Многие из них были ранены. Призовое судно было под конвоем «Македониана» отправлено в Картахену. «Гуэрре» потерял в бою одного моряка убитым и трёх ранеными, и ещё трое погибли и семеро были ранены в результате взрыва орудия.

Командор развил свой успех 19 июня, когда у мыса Палое его эскадра столкнулась с алжирским 22-пушечным бригом «Эстедио», сидевшем на мели. Некоторые из членов экипажа «Эстедио» на лодках достигли берега, одна лодка затонула, около 80 алжирцев попали в плен.

Накануне прибытия к Алжиру Декатур собрал совет капитанов и выразил мнение, что дей проявит благоразумие, однако если этого не произойдёт, эскадре следовало подвергнуть город и береговые укрепления обстрелу. 28 июня эскадра прибыла в Алжир. На следующий день через шведского консула Нордерлинга Декатур изъявил желание провести переговоры с деем. Прибыв на своём флагманском судне под белым флагом, Декатур передал дею письмо президента, датированное 12 апреля, в котором сообщалось об объявлении войны. Президент выражал надежду, что дей выполнит американские условия, в противном случае именно он будет ответственен за возможные негативные последствия. Кроме того, дею было передано письмо Декатура, в котором командор сообщал, что требует установления мирных отношений на равных правах, без выплаты какой-либо дани. Кроме того, Декатур настоял на том, что переговоры должны были быть проведены только на борту «Гуэрре», а любые алжирские корабли, которые попытаются войти или выйти из гавани, будут немедленно потоплены.

30 июня начались переговоры. Американцы выставили следующие условия: полная отмена дани, освобождение всех американских пленников в обмен на алжирских военнопленных, выплата Алжиром компенсации в 10 тысяч долларов за судно «Эдвин» и другую американскую собственность, захваченную алжирскими пиратами. И, наконец, в случае повторных конфликтов с США дей должен был обращаться с американскими пленниками гуманно, а не как с рабами.

Алжирцы решили потянуть время и попросили заключить временное перемирие вместо полноценного мира. Однако это требование было категорически отвергнуто американцами. Декатур дал алжирцам три часа на выполнение американских условий, после чего оставлял за собой право начать боевые действия.

Через три часа американский уполномоченный отправился на берег для получения подписанной копии мирного договора и десяти американских пленников, томившихся в алжирских застенках. И то и другое было передано новому американскому консулу Уильяму Шалеру. Соглашение, заключённое всего через шесть недель после выхода эскадры из Нью-Йорка, являлось выдающимся примером успешного сочетания военной операции и дипломатической миссии.

Тем временем Декатур 8 июля отплыл из Алжира и направился к берегам Сардинии, где пополнил запасы пресной воды, прежде чем направиться в Тунис 26 июля он бросил якорь в Тунисе, где, после консультации с консулом, потребовал выплаты 46 тысяч долларов в качестве компенсации за два британских судна, захваченных американскими каперами и конфискованных деем Бей Туниса Махмуд после краткосрочных переговоров выплатил требуемую сумму. Затем Декатур направился в Триполи, где потребовал выплатить 30 тысяч долларов за конфискованные пашой призы, захваченные американскими каперами. В конечном итоге после переговоров с консулом триполитанцы заплатили 25 тысяч долларов в качестве платы за два конфискованных судна и освободили 10 европейцев, содержавшихся в застенках Триполи. Восемь из них были сицилийцами, двое — датчанами.

9 августа, успешно закончив операцию, Декатур отплыл из Триполи и после посещения Неаполя и нескольких испанских портов прибыл на Гибралтар, а 12 ноября достиг Нью-Йорка. Здесь эскадра была торжественно встречена общественностью. Конгресс выделил в качестве награды морякам призовые выплаты в 100 тысяч долларов за два захваченных судна, хотя по условиям соглашения они были возвращены дею.