По мере того, как Ежов все глубже и глубже вникал в дела охранного ведомства, желание взять бразды правления в свои руки и показать, как нужно работать по-настоящему, овладевало им все сильнее. Однако Ягода весьма болезненно реагировал на попытки секретаря ЦК вмешиваться в оперативную деятельность наркомата, и их отношения становились все более напряженными, тем более что Ежов не упускал возможности проинформировать Сталина о тех или иных служебных упущениях своего то ли коллеги, то ли соперника. Впоследствии референт Ежова В. Е. Цесарский так описывал их взаимоотношения на протяжении 1936 года:

История, о которой упомянул В. Е. Цесарский в конце своего рассказа, началась в середине июля 1936 г., когда на имя Ежова поступило заявление от начальника Управления НКВД по Воронежской области С. С. Дукельского. Тот сообщал, что на протяжении 1933–1935 гг. неоднократно обращался к Ягоде с конкретными предложениями по перестройке работы НКВД, с тем чтобы наркомат мог более качественно выполнять возложенные на него обязанности. Речь шла о целесообразности отраслевого принципа построения органов госбезопасности (промышленный отдел, сельскохозяйственный отдел и т. д.), об упразднении районных отделений, создание которых привело к неоправданному распылению сил, об отказе от массовой осведомительской сети (8-10 тысяч осведомителей на область), с тем чтобы создать меньшую по численности, но более эффективную агентурную сеть и т. д.

Ягода от всех этих предложений отмахивался, предлагая Дукельскому больше внимания уделять своим прямым служебным обязанностям, и тогда тот решил довести свои идеи до сведения Ежова.

Ознакомившись с докладной запиской Дукельского и побеседовав затем с ее автором, Ежов, по-видимому, попытался выяснить мнение Ягоды по поводу содержащихся в ней предложений. Возможно, только тогда Ягода и узнал, что один из подчиненных через его голову выходит на секретаря ЦК и обсуждает с ним вопросы, выходящие далеко за пределы своей компетенции.

11 сентября 1936 г. вызванный в Москву Дукельский получил нагоняй от Ягоды и предложение перейти «по собственному желанию» в одно из неоперативных подразделений НКВД: переселенческий отдел, пожарную охрану, Управление шоссейных дорог или другое по его выбору. Однако Дукельский отверг это предложение и заявил, что при таком к нему отношении он предпочел бы вообще уйти из НКВД и перейти в один из гражданских наркоматов. Закончилось все тем, что Ягода приказал ему вернуться в Воронеж и, не приступая к работе, ожидать решения своего вопроса.

В Воронеж Дукельский вернулся, но перед этим направил очередную записку на имя Ежова, в которой обрисовал все, с ним случившееся, и попросил принять его. В ходе состоявшегося разговора были затронуты также и общие вопросы деятельности НКВД, при этом Дукельский высказал мнение, что некоторые работники центрального аппарата искусственно тормозили изобличение «троцкистской банды». В подтверждение своих слов он сослался на известный ему случай с бывшим агентом Зафраном, который в свое время пытался разоблачить троцкистских заговорщиков, в частности расстрелянного недавно Е. А. Дрейцера, но дело это было тогда замято, а самого Зафрана отправили в лагерь как провокатора.

Л. Б. Зафран, о котором идет речь, в свои тридцать лет имел уже за плечами довольно богатую биографию. До 1926 года он проживал в Польше, затем перешел советскую границу, был арестован как польский перебежчик и после соответствующей проверки направлен на жительство в г. Ирбит Свердловской области. Здесь он примкнул к одной из подпольных троцкистских групп, снова был арестован, но после заявления о разрыве с оппозицией освобожден. В 1930 г. переехал в Нижний Тагил и устроился на работу заместителем директора местного молокоовощтреста. В том же году нижнетагильским окружным отделом ОГПУ был завербован как осведомитель, однако ссыльные троцкисты, деятельность которых он должен был освещать, довольно быстро его расшифровали.

Сменив еще пару мест работы, Зафран в конце 1933 г. был переведен в Москву и назначен заместителем начальника снабжения одного из подразделений Метростроя. По линии же своей негласной деятельности он был прикреплен к Полномочному представительству ОГПУ по Московской области, и вскоре местные чекисты начали получать от нового агента очень интересные, хотя и неправдоподобные сведения о якобы выявленных им подпольных контрреволюционных организациях. В частности, речь шла о Е. А. Дрейцере, под началом которого Зафран в 1932–1933 гг. работал на строительстве Забайкальского металлургического комбината, и некоторых его «сообщниках», о существовании руководящего троцкистского центра, связанного с Троцким, о получении от Троцкого директив по террору, о причастности к деятельности троцкистского центра И. Н. Смирнова, К. Б. Радека и других известных в прошлом троцкистов.

Некоторых из упоминаемых Зафраном лиц чекисты арестовали, но затем об этой истории стало известно в Секретно-политическом отделе ОГПУ, где пришли к выводу, что Зафран все придумал. В июле 1934 г. Особым совещанием при НКВД СССР за предоставление заведомо ложных сведений органам следствия он был приговорен к пяти годам исправительно-трудовых лагерей.

После убийства С. М. Кирова Зафран из лагеря бежал, явился в Управление НКВД по Московской области и потребовал своей реабилитации, поскольку теперь, как он считал, все должны были убедиться в правдивости его «сигналов». Возможно, если бы его доносы касались зиновьевцев, все бы так и вышло, но он докладывал о троцкистах, а их тогда в убийстве Кирова никто еще не обвинял. Поэтому заместитель начальника московского УНКВД А. П. Радзивиловский, к которому беглец обратился за содействием, решил, что до тех пор, пока все не прояснится, лучше будет ему посидеть в тюрьме. Из тюрьмы Зафран писал в Комиссию партийного контроля, прокуратуру и лично Сталину. В конце концов дело попало к заместителю Ежова по Комиссии партийного контроля М. Ф. Шкирятову, который распорядился доставить Зафрана к нему, и после состоявшейся беседы тот был освобожден и даже получил путевку в один из санаториев. Отдохнув, Зафран с новыми силами принялся за старое и через некоторое время был снова арестован по обвинению в создании в провокационных целях контрреволюционной троцкистской группы. Однако на дворе уже стоял 1936 год, борьба с «троцкистским подпольем» набирала обороты, так что вскоре он был освобожден, и на этот раз уже окончательно.