Не столько укреплённый, сколько успокоенный разумным, согласным с ним приговором думных бояр, он провозглашает Магнуса королём и повелевает воеводам готовить поход, но не большой, всеми полками, как предполагалось по прежнему приговору тех же думных бояр, а вспомогательный, малый, в помощь новому ливонскому королю, а вести большую войну, очищать своё королевство от польских, литовских и шведских захватчиков отныне входит в обязанность самого самодержца Ливонии. В те же дни он спешит проводить и польских послов с перемирными грамотами, чтобы Речь Посполитая к началу Магнусова похода оставалась недвижна. Накануне отъезда Ян Кротошевский обращается к царю и великому князю ещё с одной просьбой, несколько странной, не совсем даже приличной: вишь ты, в посольстве имеется богемец Рокита, по вере своей лютеран, учёнейший человек, так вот этот Рокита испрашивает дозволения явиться перед лицо царя и великого князя и говорить с ним о вере. С таким предложением пристойней обращаться к митрополиту, к кому-либо из епископов или архимандритов. Предложение говорить о вере с самим государем, представляющим светскую власть, не может не вызывать подозрения. Из какой надобности хлопочет Рокита, человек безвестный, приблудный, каким-то образом затесавшийся к польским послам? В самом ли деле так образован, любознателен и умён, что жаждет познать неиссякаемый свет православия? Или польским и литовским панам желательно знать, перед избранием-то его в свои короли, каково московский царь и великий князь жалует или не жалует иноверных?

В своём одиночестве истосковавшийся по живому учёному слову, всегда одержимый жаждой узнать что-нибудь новое, готовый к мирной беседе и к горячему диспуту, Иоанн соглашается видеть Рокиту и говорить о вере с приверженцем лютеранства. Рокита предстаёт перед ним и произносит изготовленную загодя речь. Однако он совершает непростительную ошибку, свойственную всем европейцам не только того до крайности нетерпимого времени. Воспитанный на ожесточённой распре, на самой неприличной и беззастенчивой брани, так свойственной религиозной вражде и резне, Рокита принимается бранить православие, тогда как миролюбиво настроенный Иоанн ждёт от него спокойного, обстоятельного изложения лютеранского символа веры. Мало того, что Иоанн никому ни при каких обстоятельствах не позволяет оскорблять православие, он терпеть не может эти поверхностные умы, которые неспособны изобрести сносного довода как в опровержение чужой веры, так и в защиту своей. Натурально, он тотчас вскипает, становится несдержан и резок и с громким криком прогоняет Рокиту вон из царских палат. Под этот крик польские послы и покидают Москву. Однако гнев и презрение продолжают душить Иоанна. В спину Роките он швыряет послание, полное брани как на самого Лютера, которого он именует Лютым, играя словами, так и на всё лютеранство.

Итак, все неотложные распоряжения сделаны, он точно отодвигает в сторону дела польские и ливонские и возвращается к другому, запутанному, сложному, тяжёлому новгородскому делу. Впоследствии услужливые перебежчики станут повествовать, будто он дни и ночи проводит в застенках, где тяжко пытают немыслимыми пытками тех, на кого даны показания об участии в заговоре, лично участвует в пытках и в истреблении пленных поляков, которых польский посол отказался обменять на икону, даже лично убивает несколько человек, разумеется, умалчивая о том, что Иоанн никогда меча в руках не держал, что ни разу в жизни не принял участия хотя бы в самом малом сражении, где только и учатся убивать и приобретают к кровопролитию страсть, и что все эти дни возвращения в Александрову слободу он занят переговорами с польским посольством, знакомится с десятками, с сотнями документов, которые обличают польскую сторону в преднамеренной недобросовестности, ломает голову над тем, какой ответ дать шведскому королю, от чего зависит война или мир на северо-западных рубежах, опять-таки вокруг Великого Новгорода и Пскова, следит за турками и татарами и учреждает Ливонское королевство, которое тоже отнимает и много времени, и много энергии, и обстоятельных соображений, там ведь тоже война. В действительности дознание ведёт дьяк Разбойного приказа Василий Щелкалов, младший из братьев, который по долгу службы заведует местами заточения, заплечных дел мастерами и палачами, то есть и в новгородском деле исполняет свои прямые обязанности, которые являются непременной принадлежностью государственной власти и ни у кого не могут вызывать ни возражений, ни нареканий, ни осуждений. Проводятся очные ставки с архиепископом Пименом и служилыми людьми архиепископского двора. Из московских участников заговора и воровства удаётся обличить очень немногих, большинство заговорщиков и воров разными путями уходит от следствия, о чём с подозрительной быстротой становится известно польскому королю. Проводятся аресты, Афанасий Вяземский пытается скрыться, тем обличая себя, в течение нескольких дней он хоронится в доме лейб-медика Лензея, однако его убежище обнаруживают, берут оружничего под стражу, предают торговой казни повелением Иоанна, то есть бьют на площади железными палками, и отправляют в расположенный на Волге Городецкий посад, где бывший любимец царя и великого князя, по уверению Штадена, вскорости умирает, разумеется, в непереносимо тяжёлых железных оковах. В деле дознания новые подозрения падают на одного из братьев Серебряных-Оболенских. Намереваясь взять под стражу князя Петра, опричники окружают его укреплённый двор, стоящий в земской части Москвы. По всей видимости, опытный воевода оказывает сопротивление. В этом не может быть ничего удивительного, поскольку каждый из подручных князей и бояр держит при себе полный двор вооружённых людей. Далее события разворачиваются привычным путём: опричники врываются за ограду, ломают, крушат, отрубают голову князю Петру, заодно убивают его племянника Александра Ярославова-Оболенского, может быть, кое-кого из служилых людей, прибежавших «на оборонь», и с их смертью в земской Боярской думе не остаётся ни одного представителя этого обширного рода, когда-то введённого в неё интригами Адашева и Сильвестра.

В середине июля 1570 года собирается освящённый собор. Архиепископ Пимен и духовные лица из его окружения предаются суду митрополита, епископов, игуменов и архимандритов. Суд, состоящий из высшего духовенства, признает доказанной вину новгородского владыки и его приспешников. Пимена постановлением суда лишают сана и заточают в венёвский Никольский монастырь, где он умирает спустя год и два месяца без шести дней, как выражается новгородская летопись. Сана лишают и рязанского епископа Филофея. Двадцать пятого июля начинаются казни. Опись Посольского приказа, сделанная в 1626 году, продолжает перечень дел, впоследствии затерявшихся во мраке истории:

«Да тут же приговор государя, царя и великого князя Иоанна Васильевича всеа Русии о тех изменниках, ково казнить смертию, и как государь, царь и великий князь Иоанн Васильевич всеа Русии и царевич Иван Иванович выезжали в Китай-город на полое место сами и велели там изменникам вины их вычести перед собою и их казнити. А подлиннова дела ис чего тот статейный список написан не сыскано. А приговор и государев выезд в Китай-город и список, за дьячьею пометою, кто как казнён, ветхи гораздо и изодрались. А большой статейный список ветх же...»

Местом казни назначается Поганая лужа, как именуется рыночная площадь в Китай-городе. Площадь оцепляет конная стража. На площадь выводят около трёхсот человек, вина которых признается судом. Позднее в подлой Литве немец Шлихтинг измышляет по этому поводу, будто московский народ, объятый ужасом, разбегается, окрестные улицы пустеют, тогда как царь и великий князь, вооружённый до зубов и в броне, разъезжает по площади, оцепленной стражей, но тем не менее каким-то фантастическим образом опустелой, лично уговаривает укротить страх и призывает подойти поближе попрятавшихся по домам и подвалам посадских людей, и далее наёмный клеветник, который без зазрения совести служит врагам Московского царства, несёт уже вовсе несуразную дичь, будто бы приводя признание самого Иоанна, «что, правда, в душе у него было намерение погубить всех жителей города, но он сложил уже с них свой гнев», то есть должны зарубить себе на носу польские и литовские шляхтичи, возжелавшие именно московского царя и великого князя принять к себе в короли, что этот варвар, этот дикарь, московский медведь сам оповестил немца Шлихтинга, что возжелал было ни много ни мало и, уж разумеется, ни с того ни с сего, без ума истребить всю Москву, да вдруг передумал, завидя, что жители города испугались одного его грозного вида, так глядите, шляхетство и панство, он и вас этак-то задумает всех истребить, выродок, зверь, не принимайте его к себе в короли, не миритесь, подите на него священной войной, петая-перепетая, но всё ещё не допетая подлая песнь всех изгоев и перебежчиков.