Согласно обещанию, данному царю, весь госпитальный комплекс доктор Бидлоо спроектировал сам. Дело шло быстро, и уже к осени 1707 года вдоль Яузы вытянулись здания госпитальных палат с церковью Воскресения Христова и бурса — общежитие студентов школы. В отдельном здании помещался анатомический театр со зрительскими местами, амфитеатром окружающими со всех сторон прозекторский стол; выстроили также аптеку с лабораторией при ней. На границе госпитального земельного участка с северной стороны вырос дом. Где поселилась семья Бидлоо.

Штат госпиталя состоял из доктора, подлекаря, приказчика госпитального двора, переписчика, попа, дьячка, четырнадцати мастеровых и подсобных рабочих. Главным врачом и ближайшим помощником Бидлоо стал выпускник Лейденского университета Матвей Кланке, аптекарем Карл Эйхлер, в должности подлекаря более тридцати лет прослужил Федор Богданов.

Своих первых пациентов госпиталь Бидлоо принял 21 ноября 1707 года, и тогда же был объявлен набор «охочих людей» для обучения медицине. Изначально предполагалось, что при госпитале будут проходить обучение 50 студентов, но такого числа подходящих людей не нашлось. Отбор у мастера Бидлоо был строг: сам он не знал русского языка, а потому в ученики ему годились только те, кто знал голландский или латынь, а таковых в Москве отыскать было непросто. Столкнувшись с такой проблемой, доктор Николаас заполнил вакансии, навербовав учеников из студентов Славяно-греко-латинской академии, откуда в школу при госпитале охотно пошли дети русских лекарей, желавшие продолжить семейную традицию, а также выходцы из среды сельского священства и солдатские сыновья, перед которыми открывались перспективы совсем необычной карьеры, дававшей твердое общественное положение и хорошие доходы. Такому массовому переходу студентов воспротивился Святейший Синод, которому подчинялась академия, но все решило мнение царя, дозволившего Бидлоо набирать учеников там, где он сочтет нужным.

Составленный доктором курс обучения студентов включал в себя анатомию и хирургию, которые преподавал сам шеф госпиталя, для вящей наглядности проводивший занятия как в операционной, так и анатомическом театре. Это пошло на пользу школе, но погубило репутацию Бидлоо как практика: по городу пополз слушок, что «дохтур Николай режет мертвецов, а куски рассовывает по банкам с зельем», после чего москвичи боялись у него лечиться. Впрочем, положение доктора Николааса было таково, что, даже потеряв суеверных пациентов, он отнюдь не бедствовал, ибо получал большое жалованье от казны.

Ботанике студентов — большей частью применительно к нуждам фармакологии и фармации — обучал Эйхлер. Он же заведовал разбитым при госпитале «аптекарским огородом», где выращивались травы и растения, шедшие на приготовление лекарств, — их свойства и разведение изучались как особый предмет. Но одними только огородными травами Эйхлер не ограничивался и в летнее время выводил учеников в подмосковные леса, где на практике учил искать полезные растения и заготовлять их. Иные лекарства той поры состояли из двух-трех десятков ингредиентов, и студентам ничего не оставалось, как тщательно записывать эти рецепты. Затем эти записи хранились в заветных сундучках годы и годы, переходя в семьях врачей из поколения в поколение, и некоторые из них дошли до наших дней.

Но не одной медициной жила госпитальная школа. Следуя старинной студенческой традиции, доктор Бидлоо создал при ней публичный театр, труппу которого составили его студенты. Спектакли в московском госпитале любили посещать москвичи, и даже сам царь Петр был их зрителем. Пьесы для госпитальной труппы писал один из лучших учеников Бидлоо — Федор Журавский, ставший потом лекарем.

Своих студентов Бидлоо учил очень тщательно и, хотя на него оказывали давление начальствующие в Аптекарском приказе лица, напрочь отказался выпускать недоучек. Первых четверых лекарей он аттестовал только в 1712 году, а всего из первого набора студентов в разное время получили дипломы и поступили на службу в армию и на флот 33 человека, то есть две трети поступивших; из остальных шестеро умерли, восемь сбежали, одного отдали в солдаты «за невоздержание», двоих перевели в другие школы. Есть сведения о том, как сложились судьбы по крайней мере некоторых из выпускников: братья Сатаровы, Максим и Иван, показав большие способности к изучению языков, занимались при Академии наук переводами медицинских трудов. Выпускник Михаила Жировой служил до 1727 года в Рязани, а потом стал лекарем выборгского гарнизона. Никифор Колосов в 1737 году стал врачом лейб-гвардии Семеновского полка.

Московская школа выпускала не только мужчин-врачей — в свое время защитивший докторскую диссертацию по акушерско-гинекологической теме Николаас Бидлоо готовил при своем госпитале также акушерок, которых по традиции продолжали называть «повивальными бабками», хоть ученицы Бидлоо были вовсе не стары.

За знания и умения каждого из своих учеников доктор Бидлоо ручался, и авторитет этого ручательства был столь высок, что и после его смерти, последовавшей 23 марта 1735 года, одно упоминание о том, что претендент на лекарскую должность был учеником Бидлоо, служило лучшей рекомендацией.

С кончиной доктора Бидлоо московский госпиталь и школу передали в ведение другого голландского врача, Антона Тейльса, который в России жил с 1714 года. Так же как и Бидлоо, Тейльс был потомственный врачом — его отец Вильгельм долгое время состоял врачом при голландском посольстве в Константинополе и оказывал услуги российским дипломатам. В качестве переводчика он помогал русскому посланнику барону Шафирову, но окончательно перейти к нему на службу отказался — Вильгельм Тейльс был убежденный республиканец и служить представителю самодержавного монарха не желал по принципиальным соображениям. Впрочем, это не помешало Тейльсу рекомендовать Шафирову своего сына Антона, который окончил медицинский факультет Падуанского университета. При русском посольстве в Константинополе Антон Тейльс прослужил до 1714 года, а затем с рекомендательным письмом от барона Шафирова к государственному канцлеру князю Головкину отправился искать счастья в далекой стране.

Прибыв в Москву, Антон Тейльс был определен на службу доктором при Главной аптеке, и в этой должности состоял до весны 1735 года, когда его сделали главным врачом московского госпиталя на Яузе. Но с обязанностями шефа большого госпиталя Антон Тейльс не справился — за краткий срок он совершенно развалил созданную Бидлоо школу и начисто разругался со студентами, злоупотребляя в учении батогами. Окончательно же его карьеру в качестве главного врача разрушил скандал, который доктор спровоцировал сам.

Случилось это 1 июня 1735 года. В предвечерний час доктор Тейльс отправился на прогулку. Погода стояла чудесная, и на берега Яузы вышло много гуляющих, среди которых сновали торговцы орехами, сладостями и прохладительными напитками. Гуляя по яузскому бережку, доктор вдруг приметил студента госпитальной школы Михаилу Золотарева, который, устроившись возле самой воды, обнимался с какой-то дамой. Окинув взором ближнюю окрестность, доктор обнаружил еще нескольких студиозусов, которые укрывались в прибрежных кущах с «женками», один вид которых указывал на род занятий.

Воспитанный в лоне реформатской церкви, не поощрявшей не только вольностей полов, но и самых невинных развлечений, господин Тейльс был записным моралистом, а потому вскипел гневом. Он поспешил в госпиталь и, кликнув на подмогу госпитальных солдат и нескольких сторожей, устроил облаву, арестовав семерых студентов-развратников. Сохранились имена тех, кто угодил в тенета доктора: Михаил Золотарев, Дмитрий Буйнаков, Иван Бессонов, Дмитрий Шабанов, Федор Второв, Константин Муликов и Иван Коротаев. Под конвоем, вместе с «женками», их повели в полицейскую канцелярию. Дорогой, когда процессия проходила мимо Лефортова дворца, Золотарев сбежал и, кинувшись на дворцовый двор, стал звать на помощь дежуривших там солдат Преображенского полка такими примерно словами: «Братцы! Ни в чем не повинных женщин ведут в полицию! Помогите отбить!»