Между тем в Москве начинаются волнения по поводу чисто догматического вопроса о времени так называемого пресуществления Святых Даров, которому Иоаким придает исключительное значение и потому, что волнения совпали с появлением в России иезуитов, и потому, что среди высшего духовенства и боярства многие склоняются к католицизму. Такова позиция Симеона Полоцкого, воспитателя всех царских детей, и ближайшего советника царевны Софьи Сильвестра Медведева.

Чтобы пресечь ненавистные ему влияния, кир Иоаким обращается за поддержкой к восточным патриархам. Именно в это время в Москву впервые присылается «Православное поведание» Петра Могилы. На стороне патриарха в споре принимают участие братья Лихуды, выписанные им для занятий в Славяно-греко-латинской академии, образованной из греческой школы, которую Иоаким открывает при поддержке царя Федора Алексеевича в 1679 году. Через десять лет основанная на догматических расхождениях вражда приведет Сильвестра Медведева к мысли о необходимости убить святейшего. Но дело Шакловитого закончилось не только осуждением Медведева — оно дало возможность Иоакиму добиться высылки из Москвы иезуитов.

И неожиданная подробность. В своей заново устроенной на Патриаршем дворе церкви Двенадцати Апостолов Иоаким приказывает поставить вверху иконостаса Распятие с предстоящими — прием, вскоре распространившийся по всей России, хотя сам по себе он свидетельствовал о западном влиянии.

Иоаким оказывается настолько дальновидным, что для отстаивания ортодоксального православия начинает готовить высокообразованных проповедников и учителей. Расчетливый во всех расходах, он никогда не считается с деньгами в отношении Академии и Богоявленской школы при Печатном дворе — двух основных учебных заведений. Обычно два раза в год он посещает их с щедрой раздачей денежных поощрений ученикам и педагогам. В январе 1684 года 168 младших учеников получают по денежному калачу, двадцать три старших по двуденежному, «да ученикам первым и над прочити надсматривальщиком, названном старостам Силке Семенову 2 рубля, Власку Абрамову да Андрюшке Осипову по рублю». В январе 1687 года преподаватели братья Лихуды, Софроний и Аникий, получают по пяти золотых, «да учеником боярина князь Юрья Михайловича Одоевского, детям его, князь Михаилу, да князь Петру, да кравчего Бориса Алексеевича Голицына сыну его князь Алексею, да дьяка Василья Посникова, сыну его Петру, по золотому одинокому».

Бояр и дьяков особенно привлекала в Академии возможность привить своим детям не только глубокие знания, но и высокое ораторское искусство, одинаково необходимое и на дипломатическом поприще, и в заметно менявшейся придворной жизни. При Иоакиме становится обычаем произнесение перед патриархом рацеи или орации, иначе — праздничных на определенную тему речей. Рацеи произносились учениками при каждом удобном случае, на одном празднике с ними могли выступать пять — семь человек.

И снова кир Иоаким использует свои незаурядные организаторские способности. Он не ограничивается ораторскими навыками учителей и отдельных учеников, но устраивает специальное обучение своих певчих мальчиков этому сложному искусству. Курс занятий поручается и проводится с большим успехом Карионом Истоминым, автором известного букваря. Но, по-видимому, с его питомцами небезуспешно состязаются и воспитанники Софрония Лихуда. Известно, что в конце декабря 1687 года тот приходит к кир Иоакиму «и с ним ученики его Греческого языка реторического, грамматического и книжного Греческого и Словенского учения, и в Крестовой полате перед Святейшим и освященным собором Христа славили пением Греческого согласия и говорили Гречески и Словенски о Христове воплощении от божественных писаний многая речи и орацыи святейшему патриарху с поздравлением. В это время орацейщиков было семь человек».

Кажется, даже Никон не проявлял такой жестокости в борьбе с расколом, как кир Иоаким. На соборе 1681 года признается необходимой совместная борьба светских и церковных властей с разрастающейся «духовной смутой». Патриарх требует отсылать раскольников в городской суд, силой отбирать старопечатные книги и заменять их тщательно исправленными — при Иоакиме издаются в исправленной редакции Шестоднев, Требник, Псалтырь, Минея общая, Откоих, Часослов, — следить за продажей тетрадей с выписками из Священного Писания, чтобы в них не содержалось хулы на церковную власть.

Иоаким сам участвует в прениях с раскольниками в Грановитой палате 5 июля 1682 года, громя Никиту Пустосвята. И до сих пор остается невыясненным до конца авторство «Увета духовного» — интереснейшего труда, написанного по поводу бунта 1682 года в ответ на поданную тогда челобитную. Указанное на «Увете» имя Иоакима ставится некоторыми исследователями под сомнение, поскольку трудно себе представить, чтобы патриарх один мог его сочинить всего за пятьдесят дней. Но если даже в составлении участвовали блестящий полемист архиепископ Холмогорский Афанасий и Карион Истомин, первенствующую роль Иоакима отрицать невозможно. Ведь почти одновременно он выпускает никем не оспариваемые свои оригинальные труды «Поучение ко православным христианам» (1682), «Об избавлении церкви от отступников» (1683), «Слово против Никиты Пустосвята» (1684).

Он так до конца своих дней и продолжает добиваться исключительности положения Московской церкви. В 1687 году Киевская митрополия с согласия восточных патриархов подчиняется патриарху Московскому. В год окончания правления царевны Софьи Иоаким собирает на собор все московское духовенство и архиереев, которыми сурово осуждаются «папежники». Святейший собирается выпустить новый обращенный против иноверцев сборник, но смерть становится на пути его замысла. Православным во укрепление их веры Иоаким оставляет и образ Божьей Матери и Всех Скорбящих Радости, им открытый, им же превращенный в образ особого почитания и надежды.

Историки утверждают, что эта тема появляется в нашей иконописи не раньше XVII века, точнее — во времена правления церковью Иоакима. Такое раньше трудно себе представить — Царица Небесная, окруженная обыкновенными людьми, страдающими недугами и житейскими скорбями. «Алчущих кормилице», «нагих одеяние», «больных исцеление», «сирым помощница», «одиноким утешение», «жезл старости» — строки канона Богородице, расписанные по всему полю иконы, позволяли каждому молящемуся найти свою беду и увериться в помощи свыше.

…Двор на Большой Ордынке, на окраине Кадашевской слободы. Сестра Евфимия, пораженная неизлечимым недугом. Пророческий сон патриарха, увидевшего Богородицу, обещавшую исцеление Евфимии. Икона тут же была заказана по описанию Иоакима иконописцам Оружейной палаты. Первый молебен, отслуженный у нового образа, совершил чудо: многие годы лишенная ног, Евфимия встала и пошла. По совету Савеловы соорудили на своей земле храм во имя Божьей Матери Всех Скорбящих Радости, как стала называться икона. Толпы страждущих устремились к Чудотворной. Иначе ее стали называть патриаршим образом. Образом Иоакима Савелова.

Спустя почти сто лет на месте обветшавшей и разобранной церкви встает трапезная и колокольня, построенные, как можно предположить, В. И. Баженовым. Внимание прославленного зодчего к приходской церкви объяснялось просто. Через дорогу от нее находился двор родственников его жены, купцов Долговых. Она и сегодня украшает улицу, выстроенная по проекту того же Баженова, долговская городская усадьба с главным домом, окруженная тремя флигелями и торжественной оградой с воротами.