По окончании следствия дела направлялись при квалификации по ч. 1 ст. 58-1 в в военные трибуналы, а по ч.2 той же статьи УК РСФСР и соответствующих статей УК союзных республик — в Особое совещание при НКВД СССР[289].

27 июня 1941 г. устанавливался новый порядок выполнения ранее объявленной инструкции о ссылке в отдаленные северные районы СССР членов семей изменников родины, совершивших побег за границу. Начальники погранотрядов и органов НКВД в отношении граждан СССР, задержанных при попытке нелегального перехода границы, не позднее 10 суток с момента их задержания обязывались передавать материалы задержания в органы НКГБ-УНКГБ по месту их постоянного жительства. Эти документы направлялись для привлечения к уголовной ответственности (по ст. 19-58-1 п. «а» УК РСФСР и соответствующим статьям УК других союзных республик) с последующей высылкой членов семей задержанных перебежчиков.

Наркомам государственной безопасности союзных и автономных республик, начальникам УНКГБ краев и областей расследование по делам членов семей изменников родины предлагалось проводить в 10-дневный срок. Разрешалось привлекать к ответственности только тех членов семей, которые к моменту совершения преступления проживали совместно с изменником родины или находились на его иждивении[290].

В связи с паническими настроениями, связанными с наступлением немецко-фашистской армии, Государственный комитет обороны своим Постановлением о преобразовании органов третьего управления НКО СССР в особые отделы НКВД СССР от 17 июля 1941 г. предоставил особым отделам право ареста дезертиров, а в необходимых случаях и расстрела их на месте, что способствовало стабилизации обстановки на фронте в этот драматический период истории страны.

25 августа 1941 г. до особого указания следственные дела на рассмотрение Особого совещания при НКВД СССР направлялись только по предварительному согласованию с Секретариатом Особого совещания при НКВД СССР. Поэтому НКВД республик и У НКВД краев и областей обязывались представлять Секретариату Особого совещания сведения о количестве следственных дел и проходящих по ним арестованных.

По получении извещения о направлении дел последние предполагалось адресовать в Секретариат Особого совещания при НКВД СССР в Куйбышев[291].

Государственный комитет обороны своим Постановлением № 903сс от 17 ноября 1941 г. разрешил НКВД СССР в отношении всех заключенных, приговоренных к ВМН, содержащихся в тюрьмах в ожидании утверждения приговоров высшими судебными инстанциями, привести приговор в исполнение военным трибуналам округов и республиканских, краевых и областных судебных органов.

Приказом НКВД СССР № 001613 от 21 ноября 1941 г. было объявлено постановление Государственного комитета обороны, в соответствии с которым Особому совещанию при НКВД СССР предоставлялось право с участием Прокурора Союза ССР по возбужденным в органах НКВД делам о контрреволюционных преступлениях и особо опасных преступлениях против порядка управления СССР выносить соответствующие меры наказания вплоть до расстрела.

Наркомам внутренних дел союзных и автономных республик, начальникам краевых и областных управлений НКВД, начальникам транспортных отделов НКВД и начальникам особых отделов округов предписывалось законченные следствием дела по преступлениям, предусмотренным ст. 58-1а, 58-16,58-1в, 58-1 г, 58-2,583,58-4,58-5, 58-6,58-7,58-8,58-9,58-10,58-11,58-12,58-13,58-14, 59-2, 59-3, 59-За, 59-36, 59-4, 59-7, 59-8, 59-9, 59-10, 59-12,59-13 УК РСФСР и соответствующими им статьями уголовных кодексов союзных республик, направлять на рассмотрение Особого совещания при НКВД СССР.

Все представляемые на рассмотрение Особого Совещания дела предписывалось оформлять в строгом соответствии с требованиями Уголовно-процессуального кодекса.

Обвинительные заключения по делам, представленным на рассмотрение Особого совещания, должны были утверждаться наркомами внутренних дел республик, начальниками УНКВД краев, областей, начальниками транспортных отделов, особых отделов (или их заместителями) — по принадлежности и прокурорами республик, краев, областей, округов (или их заместителями) соответственно.

Следственные дела Особому совещанию могли докладывать лично руководители или соответствующие представители НКВД, УНКВД, ТО и ОО НКВД.

Решение Особого совещания в этот период считалось окончательным и обжалованию в кассационном порядке не подлежало.

11 декабря вышеизложенный приказ распространили на оперативно-чекистские отделы лагерей, которые обязывались свои дела представлять в Особое совещание после окончательного утверждения НКВД— УНКВД и прокурора республики, края, области соответственно.

11 декабря действие Приказа НКВД СССР № 001613 от 21 ноября распространилось и на органы 3-го управления Народного комиссариата Военно-морского флота СССР.

25 декабря 1941 г. председателем ГКО И. В. Сталиным был подписан документ, в соответствии с которым НКВД разрешалось после проведения следствия решением Особого совещания при НКВД СССР выселять в отдаленные северные области семьи лиц, служивших в административно-карательных органах германских властей, а также добровольно отступивших вместе с фашистскими войсками. Порядок их выселения оставался такой же, какой существовал в отношении административных высланных[292].

29 января 1942 г. установливался порядок исполнения решений Особого совещания при НКВД СССР о применении высшей меры наказания.

Решения Особого совещания о применении высшей меры наказания приводилось в исполнение не позже чем через 24 часа с момента получения телеграфного распоряжения НКВД СССР. Решение Особого совещания объявлялось осужденному непосредственно перед его исполнением. Ранее лицам, приговоренным к расстрелу, такие решения не объявлялись.

Несмотря на имеющиеся директивные указания и приказы НКВД СССР о необходимости привлечения к ответственности членов семей изменников родины, органы НКВД на местах этой работе не уделяли должного внимания.

30 мая 1942 г. было предложено немедленно развернуть работу по репрессированию членов семей изменников родины, руководствуясь при этом следующим.

Подлежали аресту и ссылке в отдаленные места СССР на срок от трех до пяти лет совершеннолетние члены семей военнослужащих, осужденных Особым совещанием при НКВД СССР или судебными органами за побег за границу (в соответствии со статьей 58-1 в ч. 2 УК РСФСР и соответствующих статей УК других союзных республик); командиры и политработники, во время боя срывавшие с себя знаки отличия и дезертирующие в тыл или сдающиеся в плен врагу (в соответствии с Приказом Ставки Верховного Главного Командования Красной Армии № 270 от 16 августа 1941 г.); гражданские лица, совершившие побег за границу (в соответствии с постановлением Правительства от 7 декабря 1940 г.).