Оставшийся в живых лейтенант Литке показал, что он сменил барона Кноринга в четыре часа утра, менее чем за десять минут до взрыва. По заступлении он получил доклад, что старший офицер находится в крюйт-камере и наблюдает за проводимыми там работами.

Артиллерийский кондуктор Федоров, которого тоже удалось спасти, рассказал, что он участвовал вместе с другими матросами в переноске ящиков с гранатами из крюйт-камеры в кают-компанию. Окончив носить, он пошел спросить, не нужно ли еще чего-нибудь перенести, и на входе в крюйт-камеру встретил кондуктора Савельева. Тот сказал, что больше ничего переносить не нужно и что сам он идет доложить ревизору о наведенном в крюйт-камере порядке. Едва Федоров спустился в машинное отделение, как раздался взрыв. Поэтому Федоров полагает, что в момент взрыва в крюйт-камере мог находиться только один Савельев.

По показаниям нескольких матросов, незадолго до взрыва лейтенант Дистерло спросил старшего офицера, закончена ли работа в крюйт-камере. И когда тот ответил отрицательно, мрачно заметил: «Пора бы кончить!» После чего старший офицер спустился вниз, и почти сразу последовал взрыв. Однако другие утверждали, что старший офицер лейтенант Розенберг к этому времени находился уже на шканцах с командиром. Единства в этих показаниях не было. В одном, однако, и офицеры, и матросы были единодушны: в течение всего кругосветного плавания в крюйт-камере поддерживался должный порядок и никто не нарушал правил пребывания в ней.

Внезапно внимание следователей привлекла фраза унтер-офицера Федорова о давнем конфликте между кондуктором Савельевым и бывшим в ту пору еще старшим офицером лейтенантом Дистерло. Дело было еще во время стоянки клипера в Хакодате. Тогда Дистерло распорядился положить фанаты в крюйт-камеру, а Савельев воспротивился этому и сказал, что там хранить боеприпасы не положено. На что Дистерло, топнув ногой, крикнул: «Пошел прочь!» При этом Федоров добавил, что так Дистерло вел себя всегда, когда выслушивал доклады матросов.

В ходе дальнейшего опроса было выявлено, что на борту «Пластуна» находилось гораздо больше пороха, чем те шесть пудов, о которых доложил командиру отряда лейтенант Дистерло. По свидетельству матроса Килека, во время пребывания в Николаевске на борт клипера было получено дополнительно четыре бочонка пороха, которые так и остались стоять в проходе крюйт-камеры. Это же подтвердили и некоторые другие матросы из числа спасенных.

Лейтенант Литке выдвинул версию, что во время передвижения ящиков в крюйт-камере матросы могли случайно надавить ящиком на одну из ударных трубок, та лопнула и воспламенила рассыпанный по палубе порох.

Чтобы проверить версию Литке, комиссия была вынуждена провести несколько экспериментов и в результате пришла к выводу, что подобный ход событий слишком маловероятен, ибо случайно раздавить трубку ящиком просто невозможно.

Именно тогда впервые была высказана мысль о преднамеренном подрыве корабля. При последующем опросе возможность отвергли все члены экипажа «Пластуна», кроме одного. Этим одним был унтер-офицер Федоров. Он сказал, что после долгих раздумий пришел к выводу, что взрыв был вызван умышленными действиями содержателя крюйт-камеры кондуктора Савельева. По словам Федорова, Савельев был очень озлоблен на командира. Обращение с командой со стороны командования клипера вообще было весьма плохим, но особенно доставалось именно Савельеву. Его буквально ненавидели и командир, и старший офицер. Дело доходило до того, что они его часто даже били.

Дальнейшие расспросы повергли следователей в изумление: как оказалось, на борту «Пластуна» издевательство над матросами носило постоянный и самый изуверский характер. Того же Савельева по приказанию старшего офицера однажды, заломив руки назад, привязали на несколько часов к бушприту. В другой раз он был нещадно выпорот линьками только за то, что в кубрике была обнаружена валявшаяся матросская шинель. По словам Федорова, и на этот раз он слышал приказание старшего офицера Савельеву после окончания работ в крюйт-камере идти на бак, где уже приготовлены линьки для его порки (факт подготовки к экзекуции подтвердил и матрос Алексеев). Вообще Савельев, по словам Федорова, был смирный и тихий, но, выпив, становился дерзким и смелым. По выходе клипера из Николаевска Савельев якобы выкупил у матроса Макарова на несколько месяцев вперед ежедневную винную порцию и начал пить. Оставшийся в живых Макаров факт продажи своей винной порции подтвердил. По мнению Федорова, был Савельев пьян и в последний день своей жизни. Однако мичман Кноринг заявил, что Савельев не мог быть пьяным в день катастрофы, иначе он бы это непременно заметил и ключей от крюйт-камеры ему никогда бы не выдал.

Все спасшиеся матросы отзывались о Савельеве положительно, считали его хорошим матросом, хотя и несколько медлительным, говорили, что он не способен не только кого-либо обидеть, но даже отругать. Тот факт, что кондуктор начал пить, все единодушно относили на счет постоянных издевательств над ним.

Когда матросы поняли, что могут без утайки рассказать обо всем, что творилось на «Пластуне», перед следователями предстала безотрадная картина. Виноватым мог оказаться любой. За самые мелкие прегрешения давали по пятьдесят линьков, за плевок на палубу – сто. Матросы вспомнили случай, когда у баталёра не оказалось уксуса. На вопрос старшего офицера: «Почему отсутствует уксус?» – тот ответил: «Когда я просился у вас съехать на берег и все закупить, вы меня не отпустили». Ответ был воспринят как дерзость, и несчастный баталёр получил 328 линьков. С показаниями матросов был не согласен спасенный мичман Березин, утверждавший, что ничего подобного на «Пластуне» не было. Однако следователи отнеслись к показанию мичмана с известным недоверием.

Восемнадцать человек показали, что командир со старшим офицером ежедневно били Савельева по лицу, ставили на ванты, сажали на бак, пороли линьками. Боцман Ларионов признал, что по приказанию командира он самолично не один раз бил Савельева линьками.

О всех других офицерах, кроме командира и старшего офицера, матросы отзывались только положительно.

На этом комиссия свою работу завершила. Дело о гибели клипера грозило перерасти в разбирательство о порядках, царящих на кораблях российского флота, и о бесправном положении матросов. Подобное разбирательство уже выходило за рамки компетенции комиссии. В «заключительном мнении», поданном генерал-адмиралу, комиссия отметила возможность версии с раздавленными ударными трубками. Что касается версии сознательного подрыва крюйт-камеры кондуктором Савельевым, то комиссия записала по этому поводу следующее:

«…Савельев был человек ленивый, беспечный и не совсем трезвый. Строгость же командира и старшего офицера нередко доходила до того, что, кроме телесных наказаний, ставили его на ванты, привязывали к бушприту и били по лицу, так что редкий день мог пройти ему без обиды. Понятно, что такая жизнь в продолжении трех лет могла довести человека до отчаяния; перед самым же взрывом старший офицер приказал ему идти на бак для наказания по окончании работ. Савельев же с некоторого времени предавался излишнему употреблению вина и, как должно полагать, в утешение от испытываемого им взыскания в этот день также выпил двойную порцию рому; и хотя после этого прошло уже пять часов, но, работая в душной и тесной крюйт-камере, доведенный побоями и угрозами до крайности, он, под влиянием предстоявшего наказания, мог, при своей бесхарактерности и малодушии, в минуту досады решиться положить всему конец – лишить себя жизни вместе со всеми сослуживцами на клипере. Нельзя, однако же, не заметить, что большинство сослуживцев его отвергает возможность этого умысла, предполагаемого только кондуктором Федоровым».