Семейные отношения у Ширшова к тому времени стали сложными и запутанными. Первая его жена с сыном Роальдом и вторая – с дочкой Лерой вернулись в Москву из эвакуации. Третья жена с дочкой Мариной жили с ним. Приходилось налаживать и эту сторону жизни. Но он и не предполагал, какие испытания ждут впереди.

Когда в 1946 году Сталин снял с должности начальника Главсевморпути И.Д. Папанина, Ширшов пригласил его к себе в институт начальником отдела научного флота. При этом надо помнить, что до того Папанин Ширшова особо не жаловал, считая «шмидтовцем», как и Э.Т. Кренкеля. Тем не менее, Пётр Петрович первым протянул руку помощи своему опальному начальнику, хотя это грозило ему крупными неприятностями.

С помощью своего первого заместителя А.А. Афанасьева, возглавлявшего советскую делегацию в Тройственной комиссии по разделу немецкого флота, Ширшов добился выделения институту изъятого в счёт репараций быстроходного грузового судна, ставшего первенцем советского научного флота. По его заданию в «Ленпроекте» разработали схему переоборудования трофейного банановоза «Марс» и отправили его на судоремонтный завод в ГДР. Здесь он превратился в научно-исследовательское судно «Витязь». По итогам первых его рейсов в 1949–1950 годах девяти сотрудникам Института океанологии присудили Государственную премию. Свою фамилию Ширшов из списка вычеркнул.

Дальше в жизни наркома наступил трагический период. О нём, как ни странно, нет ничего в полярной и биографической литературе. Как будто ничего особенного и не было. И это практически до конца века. Только благодаря младшей дочери Ширшова, Марине Петровне, бывшему заместителю по Наркомату морского флота А. А. Афанасьеву и бывшему помощнику Е.Н. Сузюмову кое-что стало известно в последние годы. Правда, в экземпляре, подаренному Г.Д. Буркову, тогда президенту Московской ассоциации полярников, Сузюмов приписал от руки: «К сожалению, при подготовке к печати рукопись была сокращена на треть, главным образом – последние главы». Кому это надо было – выяснить не удалось, так как Сузюмов вскоре после этого скончался.

Предоставим слово А.А. Афанасьеву:

«Однажды произошла катастрофа. Как-то утром Ширшов на работу не явился. Я звонил ему на квартиру, на дачу – никто к телефону не подходил. Подумал: «Наверное, заболел».

Во время обеденного перерыва внезапно в кабинет буквально ввалился нервно взбудораженный, с трясущимися руками Пётр Петрович. Глухо рыдая, упал на кожаный диван и залился следами.

– Что случилось? – подбежал я к нему.

Он продолжал рыдать, его начал трясти озноб…

– Страшно, непостижимо, невероятно, не могу поверить. Мою жену сегодня ночью на даче арестовали сотрудники НКВД…После её ареста мне было предложено прямо ехать в Парткомиссию ЦК, к её председателю Шкирятову. Он с ходу предложил мне написать заявление, что я отказываюсь от своей жены в связи в её арестом за спекуляцию, иначе меня исключат из партии и снимут с работы… Я знаю, что она невиновна, буду бороться и ждать её». (Афанасьев, 2003).

Целый год нарком не знал, где его красавица-жена. Целый год он бился головой о глухую стену. «Мы найдем ему другую жену» – было решение самой высокой инстанции – Сталина. Ширшову показали протоколы допроса, где жена признавалась, что была английской шпионкой и специально осталась в 1941 году в Москве, чтобы дождаться немцев.

Вновь слово А.А. Афанасьеву:

«Продолжу рассказ о Петре Петровиче Ширшове. При встрече с ним я был крайне поражён его состоянием: он сильно похудел, постарел, имел вид тяжело больного человека. Нервы совершенно сдали, рассказывая, он часто кусал губы. Увидев меня, Ширшов искренне обрадовался. Мы обнялись, как старые друзья, товарищи.

– Наконец, дождался тебя. Рад передать тебе Министерство морского флота. Я тяжело болен, Саша, и больше у меня нет сил, – сказал он только. – Уйду в науку, там мне будет спокойнее. Может, восстановлю здоровье.

– Поделись, легче станет. Что тебя продолжает волновать? Что слышно о жене? Как дочурка? Здорова, растёт?

– Абсолютно ничего узнать о жене не смог, хотя только для этого остался на должности министра, считая, что, может быть, Берия, видя мои переживания и состояние, рано или поздно вернёт её мне. Просил его, писал о помиловании Сталину. Но безрезультатно – он не пожелал видеть меня. Дочурка растёт, славный ребёнок. Ждёт маму…

Пётр Петрович помолчал немного, а потом, подойдя вплотную ко мне, тихо и с большой горечью добавил:

– Саша, мне очень тяжело, я смертельно болен. У меня рак – я скоро уйду из жизни. Что будет с женой, дочуркой – не представляю.

Он быстро подошёл к столу, вынул таблетки, высыпал в ладонь несколько и проглотил, запивая минеральной водой». (Афанасьев, 2003).

Таким образом, в 1947 году Ширшова сняли с поста министра морского флота. Сняли за жену, от которой он не захотел отрекаться. Хотя официально инкриминировали развал работы, плохой подбор кадров и прочее. Пётр Петрович остался только директором созданного им Института океанологии.

После представления А.А. Афанасьева в качестве министра членам коллегии Минморфлота, Берия пожелал пообщаться с Ширшовым:

«Пётр Петрович! Вам надо встряхнуться, взять себя в руки. В жизни всё проходит. Может быть, ко мне консультантом работать пойдёте? А то в науке совсем скиснете, – ободряюще сказал Берия.

Ширшов сразу преобразился, воспрянул духом, глаза широко раскрылись, загорелись, он как-то сразу ожил, в глазах появилась надежда.

– Да, да, Лаврентий Павлович, я к вам с удовольствием пойду, оправдаю ваше доверие, – торопливо, не сводя глаз с Берии, ответил Ширшов». (Афанасьев, 2003).

Афанасьев был удивлён согласием Ширшова, однако тот объяснил свой поступок желанием скорее узнать, где его жена. Но на новой работе ничего о супруге не выяснил, болезнь прогрессировала, он перестал выходить из квартиры, считал, что все его забыли.

Выполняя просьбу Петра Петровича, Афанасьев узнал, где находится на поселении его жена, и помог добраться туда её матери. По возвращении та со слезами рассказала, что Евгения сильно простудилась и умерла у неё на руках. Перед смертью она призналась, что на одном из приёмов в Кремле её, молодую и красивую актрису, увидел и стал домогаться Берия. Получив отпор, велел Абакумову сфабриковать дело и арестовать непокорную.

…Но жизнь продолжалась. Богатый практический опыт Ширшова привёл его к мысли о необходимости создания фундаментального научного труда по транспортно-географической характеристике Арктики. Он сам с увлечением взялся за эту работу, привлекая к сбору материалов сотрудников Института океанологии, Арктического института, Минморфлота. За несколько дней до своей кончины он продиктовал секретарю первые страницы этой монографии.

Большую научно-организационную работу вёл Ширшов в Академии наук. Он возглавлял ряд комиссий, которые разрабатывали важные проблемы наук о Земле. Можно назвать Океанографическую комиссию, Тихоокеанский национальный комитет, Гидробиологическое общество. В 1949 году его избрали заместителем академика-секретаря Отделения геолого-географических наук АН СССР.