Вспоминает Е. М. Сузюмов:

«В 1949 году я был приглашён на работу в Институт океанологии по рекомендации В. Г. Богорова на должность учёного секретаря и проработал там два года в непосредственном подчинении у Петра Петровича. Хотя он и был очень загружен на высоком государственном посту, но находил время регулярно бывать в институте, не выпуская бразды правления из своих рук… Поражали его эрудиция, умение видеть не только очередные, но и более отдалённые перспективные задачи морской науки и определять пути их осуществления.

Это был в высшей степени интеллигентный человек большого личного обаяния, ровный в общении со всеми, независимо от их должности, с высокими требованиями к себе и подчиненным. Не помню, чтобы он когда-нибудь повысил голос на кого-либо, но каждое его слово воспринималось как неукоснительная директива. В его кабинете на видном месте висел портрет Фритьофа Нансена». (Сузюмов, 1981).

Ширшова всё больше интересует экономическая сторона развития Севера. Пётр Петрович вникает в проблемы ледовой разведки, флота, способного работать во льдах Арктики, комплектации караванов судов, идущих Северным морским путём, размышляет над строительством меридиональных железных дорог от Транссиба к судоходным участкам рек Лены, Индигирки и Яны.

Ширшов становится председателем Бюро по транспорту при Совмине СССР, теперь в его ведении находится и Минморфлот, и Главсевморпуть. В Институте океанологии, директором которого он остаётся, организуется сектор Севера с уклоном в экономические исследования. Сектор занялся разработкой детального плана транспортного освоения Крайнего Севера с учётом применения различных видов транспорта. Дело это было новым и неизбежно влекло ошибки и издержки. Так, в вину Петру Петровичу ставят поддержку идеи строительства крупного морского порта в мелководной бухте устья реки Оби (за противодействие этому проекту сняли А.А. Афанасьева). Порт был построен, но никакого значения в развитии арктических перевозок не сыграл.

Отдавая работе большую часть времени, Ширшов не забывал о семье, о доме. Младшая дочь Марина вспоминает, что летом он часто сажал её и сводного брата Роальда в байдарку и прямо от Дома на набережной пускался в плавание по Москве-реке.

«А ещё он строил настоящие парусники. Правда, они были длиной около полутора метров. Но он делал всё сам, начиная от чертежей и до спуска на воду. В его комнате стоял маленький токарный станок, и была масса инструментов. Даже пушки, выточенные из бронзы, стреляли порохом. А командой были маленькие мишки. Где он их доставал – не знаю. Сейчас сохранился только один корабль, сделанный отцом. Он находится в Музее мирового океана в Калининграде, на борту его любимого «Витязя». (Ширшова, 2003).

Пётр Петрович собрал обширную библиотеку. Больше всего он любил старинные книги, особенно про морские путешествия и по искусству, старинные карты. Свободно читал по-английски, хуже по-немецки. Собирал изображения Будды.

Примерно в это время Ширшов знакомится в Большом театре с молодой учительницей Н.И. Деевой. Малолетней дочери Марине нужен был уход, у самого Петра Петровича здоровье заметно сдало, нервная система расшаталась. Кроме того, он просто влюбился и решает жениться. Эта женщина скрасила последние его годы.

Вспоминает А.А. Афанасьев:

«Признаюсь честно, я был страшно удивлён согласием Ширшова на предложение Берии идти работать к нему в аппарат Совмина… Забегая вперед, скажу, что болезнь сломила его, он перестал выходить из квартиры, на новой работе ничего о жене не узнал… Позднее я навестил Ширшова в его квартире. Он уже не вставал, встретил меня очень тепло, пожаловался, что все его забыли.

Разговорились. Пётр Петрович поведал, что решил жениться.

– Я многое передумал, готовясь к уходу из жизни. Кто же будет воспитывать дочурку? Я встретил молодую преподавательницу английского языка, которая учит ребёнка. Я предложил ей расписаться со мной. После моей смерти она получит мою академическую пенсию, ну и всё, что у меня: эту большую квартиру, обстановку и так далее. Взамен должна удочерить мою дочурку и воспитывать её до совершеннолетия». (Афанасьев, 2003).

Болел Ширшов долго и тяжело. Это был рак, диагноз поставили слишком поздно. Боли дикие, до потери сознания. Много раз его увозили с работы в больницу на «скорой». Болезнь то прогрессировала, то отступала. Сделали три операции, но всё бесполезно.

Через всю свою жизнь пронёс П.П. Ширшов неугасимую любовь к Арктике. Даже в период своей опалы он послал в Правительство докладную записку, в которой изложил меры, необходимые для более эффективного транспортного освоения Крайнего Севера. Тогда по его предложению была организована Межведомственная Арктическая комиссия, а Пётр Петрович назначен председателем. К её работе привлекли широкий круг министерств и ведомств, научных и проектных институтов. Комиссия разработала программу комплексных исследований Арктики, определила планы для каждой из привлечённых организаций. Пётр Петрович и здесь показал себя смелым и решительным руководителем, внесшим системный подход в дело исследования и освоения Севера.

Уже будучи тяжело больным, он продолжал трудиться. Часто Ширшова навещали на дому и в больнице сослуживцы, учёные, специалисты, с которыми он обсуждал злободневные вопросы, давал соответствующие поручения. Его помощница и секретарь А.А. Павлова вспоминала:

«Я ежедневно приходила к нему в больницу и стенографировала под его диктовку часа по два. Случалось так, что во время диктовки у него начинались сильные боли, и на какие-то минуты он терял сознание. Тогда я вызывала медсестру, она делала укол, и через полчаса он снова начинал диктовать. Так продолжалось до тех пор, пока врачи, убедившись, что его болезнь неизлечима, не выполнили его желание и не выписали домой. По-прежнему я приходила к нему, и он диктовал мне часа по два, чтобы на следующий день я могла принести ему уже отпечатанный материал». (Сузюмов, 1981).

В 1952 году его отдали домой, как безнадёжного. Был установлен пост медсестёр, но основная тяжесть по уходу за этим измождённым человеком легла на плечи жены, Нины Ивановны, и дочери Марины. Несмотря на весь трагизм происходящего, Пётр Петрович постоянно думал о работе. Последнюю записку Сталину «О развитии транспорта на Крайнем Севере», напечатанную под диктовку, он подписал за два дня до смерти.

Умер Ширшов 17 февраля 1953 года, едва переступив порог сорокалетия. Похоронен на Новодевичьем кладбище Москвы, первым из четвёрки папанинцев. Теперь они все лежат там, неподалеку друг от друга. Здесь же и могила О.Ю. Шмидта, их первого руководителя и «крёстного отца».

Из воспоминаний друзей и коллег о Петре Петровиче Ширшове

О.Ю. Шмидт: «Гидробиолог и биолог П.П. Ширшов – мой товарищ по экспедициям на ледокольном пароходе «Сибиряков» и пароходе «Челюскин», где он показал себя не только выдающимся научным работником, но и замечательным стойким человеком». («Вопросы географии», 1976).

Е.К. Фёдоров: «Пётр Петрович охотно выполнял любые обязанности, тщательно к ним готовился. Это было необходимо, чтобы в науке по своей специальности и в смежных науках быть на должном уровне и чтобы другие возлагавшиеся на него побочные поручения выполнить также наилучшим образом. Гидробиолог по специальности, он взял на себя много других работ – и гидрометеорологию, и многие стороны географических исследований. Готовил себя и к тому, чтобы быть поваром. Серьёзно учился быть врачом и лечил нас, когда это было нужно, и мы ему доверяли». («Летопись Севера», 1979).