18 ноября 1918 года в результате переворота в Омске к власти пришел Колчак, ставший Верховным правителем и главнокомандующим всеми вооруженными силами России. Одним из первых в его подчинение вошел атаман Дутов. Он хотел своим примером показать, как должен поступить каждый честный офицер. Однако лидер антибольшевистского сопротивления в Забайкалье генерал Семенов сразу же заявил, что на посту Верховного правителя приемлет только Деникина или Дутова. Но Александр Ильич никогда всерьез не собирался заниматься политикой, считая себя недостаточно для этого способным.

Сохранилось расписание ежедневной работы Дутова. Рабочий день начинался в 8 утра и продолжался не менее 12 часов практически без перерыва. Атаман был доступен для простых людей – любой мог прийти к нему со своими вопросами или проблемами. Независимость, прямота, трезвый образ жизни, постоянная забота о рядовых, пресечение грубого обращения с нижними чинами – все это обеспечило Дутову прочный авторитет среди казаков.

Генерал Дутов не был идеальным человеком, не выделялся особыми способностями, но при этом проявил качества, позволившие ему создать практически из ничего собственную вполне боеспособную армию и вести беспощадную борьбу с большевиками. Современники так описывали Александра Ильича: «Усталость, утомление разлиты в его чертах. Морщины вокруг губ наметились глубже и резче. Только глаза – черные и блестящие – по-прежнему горят железной волей и удалью. Он – выразитель надежд сотен тысяч поверивших ему людей». Сохранилось и еще одно свидетельство о Дутове, правда, прямо противоположное. Барон Будберг однажды высказался о нем как о человеке, везде сующем свой нос. Ничего удивительного в подобной характеристике нет.

Во-первых, помощник Колчака так отзывался обо всех без исключения лидерах Белой борьбы в Сибири, а во-вторых, для многих именно генерал Дутов был символом всего антибольшевистского сопротивления. Не случайно казаки Оренбургского войска писали своему атаману: «Вы необходимы, Ваше имя на устах у всех, Вы своим присутствием еще более вдохновите нас на борьбу». Ведь те, кто должен был возглавлять борьбу с Третьим интернационалом, занимались «бумажной политикой», как называли это современники.

Осень 1919 года считается самым страшным периодом в истории Гражданской войны в России. Ожесточение охватило всю страну и не могло не отразиться на действиях атамана. По свидетельству современника, Дутов так объяснял собственную жестокость и террор: «Когда на карту ставится существование целого огромного государства, я не остановлюсь и перед расстрелами. Это не месть, а лишь крайнее средство воздействия, и тут для меня все равны». Интересно, что в то же самое время в правительстве Колчака царила твердая уверенность, что дни большевизма сочтены и Дутов совершенно напрасно отдает под трибунал провинившихся офицеров. Дескать, есть дела и поважнее, к примеру, организация системы управления в стране и подготовка Всероссийского представительного собрания. Нельзя не упомянуть и знаменитые переговоры о будущем территориальном устройстве государства с казахскими и башкирскими автономистами. Предполагалось разделить страну на округа. Атаману предстояло руководить Южно-Уральским краем, в который кроме Оренбуржья включались Башкирия, а также западная и северная части современного Казахстана. Дутов направил на имя адмирала Колчака записку со своими предложениями о порядке взаимоотношений с национальными окраинами. Этот документ свидетельствует о глубоком знании атаманом истории региона, особенностей национальной культуры и способов их использования в политике центральной власти. Сам же генерал по этому поводу лишь скромно заметил: «Я люблю Россию, в частности свой Оренбургский край, в этом вся моя платформа. Если бы большевики и анархисты нашли действительный путь спасения и возрождения страны, я был бы в их рядах; мне дорога Родина, и патриоты, какой бы партии они ни принадлежали, меня поймут, как и я их».

Однако руководить Южно-Уральским краем генералу не довелось. 12 сентября 1919 года Верховный правитель России адмирал Колчак назначил Дутова командующим разгромленной красными Оренбургской армией, которая безостановочно отступала по голой, безлюдной степи, испытывая недостаток продовольствия. Одному из своих офицеров атаман тогда сказал: «Россия умирает. Мы присутствуем при ее последнем вздохе». Уже в эмиграции уцелевшие достаточно точно назвали то время «голодным». Резали и ели лошадей. У местного населения покупали продукты, фураж, одежду, сани, но и этого не хватало для многотысячной людской массы. Тяжелобольных оставляли умирать в населенных пунктах, погибших не успевали хоронить и обременяли этим печальным обрядом местных жителей. В армии свирепствовал тиф, который к середине октября выкосил почти половину личного состава. По самым примерным подсчетам, во время «голодного похода» погибло свыше 10 000 человек. В своем последнем приказе по армии Дутов писал:

В марте 1920 года частям Дутова пришлось покинуть родину и отступить в Китай через ледниковый перевал, расположенный на высоте 5800 метров. Обессилевшие люди и кони шли без запаса еды и фуража, следуя по горным карнизам, случалось, срывались в пропасть. Самого атамана перед границей спустили на канате с отвесной скалы почти без сознания. Отряд был интернирован в Суйдине и расположился в казармах русского консульства. Дутов не терял надежды возобновить борьбу с большевиками и пытался объединить под своим началом всех бывших белых воинов. За деятельностью генерала с тревогой следили в Москве. Лидеров Третьего интернационала пугало наличие значительных организованных и закаленных годами борьбы антибольшевистских сил вблизи границ советской России. Было принято решение ликвидировать Дутова. Выполнение этой щекотливой миссии возложили на Реввоенсовет Туркестанского фронта. Под видом единомышленника к атаману проник советский агент Махмут Хаджаиров. И 6 февраля 1921 года он застрелил Дутова в его квартире. Два казака из охраны генерала получили смертельные ранения. «Если суждено быть убитым, то никакие караулы не помогут», – любил повторять атаман. Так и вышло. Подпоручик Серафим Рождественский писал в своих воспоминаниях: