Первой крупной операцией Специального штаба «Крым» стала поддержка наступления 11-й армии на Феодосию. «Мессершмитты» из JG77 вели бои с истребителями, а бомбардировщики и штурмовики атаковали скопления советских войск, артиллерийские батареи и взлетно-посадочные полосы. Кроме того, постоянным авиаударам стала подвергаться гавань Феодосии, другие порты на Черноморском и Азовском побережьях, а также пути снабжения через Керченский пролив.

Так, 16 января в 9.00 в Херсоне стартовали бомбардировщики III./KG27, а в 11.00 уже из Кировограда взлетели самолеты I./KG27. При этом первые атаковали порт Феодосии, а вторые – позиции советских войск вокруг него. Над целью по «Хейнкелям» велся сильный зенитный огонь, в результате которого Не-111 «1G+FL» из 3-й эскадрильи получил повреждения, но сумел вернуться на базу с раненым бортмехаником, а вот унтер-офицеру Вальтеру Шаллесу из 9-й эскадрильи пришлось сажать свой «1G+AT» на брюхо недалеко от линии фронта[8]. 2-я эскадрилья бомбила прибрежную дорогу, с малой высоты сбрасывая на колонны советских войск осколочные бомбы. Советских истребителей в воздухе замечено не было, по «Хейнкелям» велся только артиллерийский и ружейный огонь.

Тем временем советский флот продолжал нести потери. На рассвете 16 января, покидая порт после ночной разгрузки, на донной мине подорвался и затонул пароход «Жан Жорес» водоизмещением 3972 тонны. Погибло 40 моряков.

17-го числа налеты на Феодосию продолжились. В частности, 5 Не-111 из II./KG27 снова выступали в роли штурмовиков, с бреющего полета сбрасывая осколочные бомбы и ведя огонь из пулеметов. При этом ответным огнем с земли на одном из самолетов был тяжело ранен штурман лейтенант Лоренц.

В этот же день одиночный бомбардировщик фельдфебеля Хазелбаха из того же подразделения вел вооруженную разведку в районе юго-восточнее Курска. При этом «Хейнкель» не только собрал ценные разведданные для 6-й армии, но и периодически сбрасывал бомбы на обнаруженные советские войска и транспортные средства в нескольких населенных пунктах и в открытом поле. Следующие два дня самолеты KG27 бомбили железную дорогу, ведущую в Керчь, а также сам город.

Тем временем уже 18 января немцы снова заняли Феодосию. После этого войска Манштейна достигли Парпачского хребта, где советские войска успели создать сильную линию обороны. Для прорыва укреплений требовалась их непрерывная бомбардировка в течение многих дней.

Однако как раз в это время в 400 километрах к северу возник новый кризис. Советские войска форсировали реку Северский Донец по обе стороны от города Изюма. Вскоре им удалось расширить захваченный плацдарм на 80 километров в глубину и на столько же по фронту.

В связи с этим генерал-оберст Лёр приказал сконцентрировать все имеющиеся самолеты против советского прорыва, в полосе действий 17-й армии. Командованию Специального штаба «Крым» пришлось временно передать полученные подразделения для выполнения этой задачи. I. и III./KG27 в течение месяца не появлялись над Черным морем, также полностью переключившись на район Изюма. А вернувшаяся из Германии II./KG27 майора Гюнцеля была переброшена на аэродром Коровье Село, где включилась в операцию по снабжению немецких войск, окруженных в районе Холма и Демянска.

В результате непрерывных бомбардировок люфтваффе наступление в районе Изюма было вскоре остановлено. Советские войска смогли вбить небольшой клин в немецкую оборону, однако дальше продвинуться не смогли. Зато в Крыму 51-й и 54-й армиям удалось прочно закрепиться на Парпачском хребте. И бои здесь приняли позиционный характер.

Между тем Грайм принимал активные меры для улучшения авиационной инфраструктуры вверенного ему участка. Была постепенно налажена доставка топлива, боеприпасов, запасных частей и другого необходимого. Операциям над Крымом и Черным морем по-прежнему мешала плохая связь, нехватка наземного персонала и радиостанций. Кроме того, существующие аэродромы на Крымском полуострове не были приспособлены для крупномасштабных операций. Строительных материалов и оборудования не хватало также для строительства импровизированных взлетных полос. В результате бомбардировщикам приходилось действовать из Херсона и Николаева. Это приводило к увеличению полетного расстояния до цели и снижению бомбовой нагрузки. Ко всему прочему большую часть января и февраля во всем регионе стояла пасмурная погода и туманы, дополняемые сильными ветрами и метелями.

Многие из имевшихся подразделений не были надлежащим образом подготовлены для поставленных задач. К примеру, летчики I./KG100, ранее выполнявшие роль цельфиндеров, не имели навыков по сбросу донных мин и не умели атаковать корабли в открытом море. Из-за проблем с поставками не хватало подходящих бомб и взрывателей. Пилоты III./KG51 тоже были обучены тактике авиаударов по кораблям, но группе также не хватало бомб. К тому же ей приходилось действовать с неподготовленного и находящегося в плохом состоянии аэродрома Саки. В результате пикирующие бомбардировщики вынуждены были действовать только мелкими группами с большой периодичностью. Отсутствие специализированного навигационного оборудования и надлежащим образом оборудованных аэродромов с навигационными маяками, огнями, обозначавшими границы летного поля и т. д., также сорвало планы массированных ночных налетов на гавань Севастополя.

11 февраля по личному приказу рейхсмаршала Геринга Специальный штаб «Крым» был распущен. Подразделения, взятые из V авиакорпуса, вернулись в его подчинение. А два месяца спустя штаб корпуса стал ядром для формирования Авиационного командования «Ост», которое возглавил все тот же фон Грайм. За короткое время своего существования Специальный штаб «Крым» отчитался об уничтожении 67 самолетов, из которых 23 были сбиты в воздухе. А также о потоплении и тяжелом повреждении кораблей общим водоизмещением 25 000 тонн. Также бомбардировками были причинены значительные повреждения порту Керчи и Камыш-Буруна. Из наземных целей уничтоженными числились 335 автомобилей и конных повозок, 14 артиллерийских батарей (в том числе 3 зенитные), 14 железнодорожных поездов, 7 локомотивов, 10 бензовозов, один склад снабжения и т. д.[9]

Геринг также передал оставшиеся в Крыму подразделения в подчинение Авиационному командованию «Зюд» во главе с Вольфгангом Вилдом. Последний рьяно взялся за дело. Основными задачами авиации, которые Вилд согласовал с Эрихом Манштейном, являлись: постоянная бомбардировка Парпачских позиций, Керчи и предотвращение новых десантов на полуостров.

Бомбардировщики ежедневно бомбили бункеры и полевые укрепления, а также прифронтовые коммуникации. Самолеты-разведчики осуществляли постоянное наблюдение за всем Крымским побережьем и просторами Черного моря. При этом летающие лодки и гидросамолеты действовали в прибрежных районах, а «Юнкерсы» Ju-88D летали от северного побережья Азовского моря до Турции. Вилд также приказал осуществлять систематические налеты на Севастополь, Керчь, Камыш-Бурун, Анапу, Туапсе и Новороссийск.