В 1890–1893 годах Сергей и его жена редактировали и издавали в Киеве еженедельный журнал «По морю и суше», который стал продолжением петербургского журнала, издававшегося Еленой Гродзкой до замужества. Издание не было коммерчески успешным, к тому же у Сергея и Елены не раз возникали трения с цензурой, и в конце концов журнал был продан и перенесен новым владельцем в Одессу, где несколько лет выполнял функции печатного органа для моряков. На Николая литературные занятия Сергея, его демократические взгляды, критическое отношение к буржуазному образу жизни и морали оказали чрезвычайно большое воздействие. Более того, Сергей впоследствии снабжал своего младшего брата-студента нелегальной литературой. Кроме того, Николай испытывал восхищение от того, что брат обладает способностями, которые ему самому не даны, — помимо того что Сергей был полиглотом, он писал стихи, увлекался математикой.

В тринадцать лет, согласно семейной традиции, Николай был определен во Владимирский Киевский кадетский корпус — сразу во второй класс. Около шести сотен воспитанников корпуса жили в нем на полном пансионе, носили специальную форму, а окончившие кадетский корпус могли без экзаменов поступать в высшие учебные заведения — не только военные, но и университеты. Впрочем, с точки зрения родителей Николая, после кадетского корпуса следовало поступать в Пажеский и делать военную карьеру. Получилось же совсем иначе. Казарменная жизнь с жесткой дисциплиной, несмотря на данное Бердяеву в виде исключения разрешение возвращаться по вечерам домой, была непростым испытанием для необычного юноши, не знавшего раньше насилия над собой ни в чем и уже в подростковом возрасте читавшего серьезные философские и исторические книги, романы Толстого и Достоевского и труды Гегеля и Шопенгауэра. Но эти таланты вряд ли были востребованы в кадетском корпусе. Да и особого расположения к себе со стороны других кадетов он не почувствовал: разрешение не ночевать в корпусе, нелюбовь к совместным играм, великосветское происхождение, которым большинство кадетов похвастаться не могли, болезненность — все это не способствовало его популярности. У него не появилось в корпусе друзей. Единственным другом в это время был его тезка — Мукалов, с которым он познакомился еще до своей кадетской жизни. Судя по всему, Мукалов был старше Ни, ему благоволил и отец Бердяева (возможно, как потенциальному защитнику своего позднего сына), который даже оплачивал какую-то часть его образования. Мукалов, ставший затем моряком советского коммерческого флота, остался другом Бердяева на долгие годы: уже находясь в ссылке, Николай Константинович Мукалов навещал Бердяева в Париже, а Бердяев ездил в Лондон, чтобы увидеться с ним.

Позднее Бердяев писал о времени военного обучения: «Я не любил корпуса, не любил военщины, все мне было не мило. Когда я поступил во второй класс кадетского корпуса и попал во время перемены между уроками в толпу товарищей кадетов, я почувствовал себя совершенно несчастным и потерянным. Я никогда не любил общества мальчиков-сверстников и избегал вращаться в их обществе… Общество мальчиков мне всегда казалось очень грубым, разговоры низменными и глупыми… Кадеты же мне показались особенно грубыми, неразвитыми, пошлыми… В коллективной атмосфере военного учебного заведения я был резким индивидуалистом, очень отъединенным от других». Успеваемостью он тоже не блистал: математика и диктанты давались с трудом, его годовые баллы были средних по группе, а по Закону Божьему подросток как-то получил «единицу» по 12-балльной системе. Это стало небывалым случаем в корпусе! На лето Николаю частенько назначали «обязательные работы» по какому-то предмету, например по алгебре. Отличными оценки были только по рисованию, которым Николай искренне увлекся. Родители вынуждены были нанять для своего сына домашнего репетитора, чтобы он не слишком сильно отставал в учебе от других кадетов. Позанимавшись с подопечным, репетитор первоначально хотел отказаться от уроков — как он объяснил родителям, из-за абсолютной неспособности мальчика к обучению. Но в это же самое время «неспособный» 14-летний Николай самостоятельно штудировал «Философию духа» Гегеля, увлекался Шопенгауэром, зачитывался Вольтером, а в семнадцать освоил «Критику чистого разума» Канта и «Логику» Милля!

Практически все занятия, бывшие в почете среди кадетов, вызывали у Николая плохо скрываемое отвращение или скуку: он не любил гимнастику и физические упражнения, плохо танцевал и отчаянно скучал на балах, ненавидел маршировки, ему был абсолютно чужд коллективизм, возведенный в ранг бесспорной ценности в кадетской среде. Тем не менее Бердяев провел в кадетском корпусе в общей сложности около пяти лет, каждый год с нетерпением ожидая летних «вакаций» — свободного времени, когда можно было читать без оглядки на установленный в корпусе распорядок дня, не думать о необходимости маршировок и ежедневных занятий. Когда по логике событий уже был близок его перевод для дальнейшего образования в Пажеский корпус в Петербург, Николай уговорил родителей разрешить ему оставить корпус. Он смог убедить родных, что военная стезя — не для него. Оглядываясь на свою жизнь уже из Парижа, Бердяев замечал: «У меня была антипатия к военным и всему военному, я всю жизнь приходил в плохое настроение, когда на улице встречал военного. Я с уважением относился к военным во время войны, но не любил их во время мира». Утверждение по меньшей степени противоречивое: уважать во время войны и не любить в мирной жизни — довольно легкомысленная позиция. Но Бердяева не пугали противоречия, они всегда были его сутью.

Выйдя в 1891 году из кадетского корпуса, Бердяев начал наверстывать упущенное, так как на семейном совете было решено, что он самостоятельно подготовится к экзаменам на аттестат зрелости для поступления в университет. Задача была непростой: Бердяев, интеллектуально развитый не по годам, никогда не отличался особыми успехами в учебе, ему с трудом давалось «регулярное» образование, он умел отдаваться лишь тому, что занимало его ум, но оставался совершенно неспособным к пассивной зубрежке и заучиванию того, что его не волновало. Особые трудности вызвало изучение латыни и древнегреческого, которые не входили в программу кадетского корпуса. Поэтому к сдаче экзаменов экстерном он готовился не один год, а аттестат был получен им лишь со второй попытки. Большинство дисциплин он при этом смог сдать только на «три» (французский язык, сданный на «отлично», стал исключением), а средний балл аттестата у Николая получился лишь 3,5. В это же время, как следствие пережитого нервного стресса, у Николая появился тик, не исчезнувший до конца жизни: его лицо передергивалось, голова отбрасывалась назад, рот непроизвольно раскрывался, язык вываливался, причем контролировать эти приступы Николай не мог. Впрочем, все, знавшие Бердяева, отмечали его внешнюю привлекательность, а некоторые даже называли его красивым: приобретенный тик не портил общего впечатления, когда знакомые Бердяева привыкали к этим непроизвольным судорогам. Говорят, именно поэтому Бердяев любил сигары: зажатые в углу рта, они делали тик не столь заметным. Что же касается экзаменов, то усилия Николая увенчались успехом: в 1894 году он поступил в Киевский университет Святого Владимира, первоначально — на физико-математический факультет.

К этому времени уже сформировался серьезный интерес Бердяева к философии. Как он сам не раз подчеркивал, его мироощущение было трагичным. Прежде всего это выражалось в неприятии «неправды жизни», отталкивании от данности. Будучи уже пожилым человеком, Бердяев писал: «Мою любовь к метафизике, характерную для всего моего существования, можно объяснить моим коренным и изначальным отталкиванием от обыденности, от принуждающей меня эмпирической действительности… Я всегда верил в освобождающий характер философского познания». В молодости увлечение философскими вопросами было связано и с попыткой нравственного объяснения и оправдания конечности человеческого бытия, недаром Артур Шопенгауэр, пессимистическими работами которого Николай очень увлекался в юности, писал: «Едва ли люди стали бы философствовать, если бы не было смерти». Как многие люди в юности, Николай попытался найти свой ответ на вопросы: зачем я живу? в чем смысл моего существования? Но на вопрос о смысле жизни не существует простого ответа. Можно дать ответ примитивный, поверхностный, как говорил Ницше — «усыпляющий», «чтобы не прийти в себя», но простого ответа нет. Бердяев очень рано почувствовал это, понял, что поиски смысла уже осмысленны («искание смысла уже дает смысл жизни, и я посвящу свою жизнь этому исканию»), и связывал он эти поиски с философией. Особое воздействие на его духовное формирование оказали работы Канта и Шопенгауэра. Тем не менее факультет Бердяев выбрал естественный, обоснованно считая, что профессиональная философия и философия как образ мысли и образ жизни — вещи совершенно разные. Да и не было в Киевском университете в это время философского факультета (хотя вся история университета начиналась именно с него): в 1850 году философский факультет был разделен на историко-филологический и физико-математический, и «чистой» философии в университете не осталось.