В 1939 году проектные работы нал самолетом Ju 88В продолжились. Для испытаний взяли планер от Ju 88А-1. на который установили двигатели Jumo 213 мощностью 1102 кВт/1500 л.с. и комплексную кабину. Однако в воздушном комиссариате решили продолжать выпуск Ju 88А и ограничиться только маленькой серией Ju 88В.

В 1940 году двигатели Jumo 213 заменили на радиальные (двойная звезда) 14- цилиндровые двигатели BMW 801МА мощностью 1176 кВт/1600 л.с.

Более шести месяцев, начиная с сентября 1940 г. бомбардировщики Ju-88 летали ночами бомбить Британию. Эти операции получили известность как «Ночные блитцы». На старт выруливает Ju-88 с четырьмя бомбами SC-250 на внешней подвеске.

Ju-88 с регистрацией «ЕЕ205» и опознавательными знаками RAF на оценочных испытаниях. Самолет был построен как Ju-88А-6 и снабжен устройством для резки тросов аэростатов награждения, за исключением этих устройств самолет полностью идентичен Ju-88 А-5.

Всего построили три прототипа: Ju 88V23 (D-ARYB. в последствии NK+AO), поднявшийся в небо 19 июня 1940 года, представлял собой бомбардировочную версию самолета, Ju 88V24 (D-ASGQ, в последствии NK-AP) – разведывательную версию, а Ju 88V25 (NK+AK) – версию тяжелого истребителя. Прототип V24 облегали 30 июля, а V25 – 26 сентября 1940 года. Эти три машины должны были стать эталонами трех серий: бомбардировщиков Ju 88В-1. разведчиков Ju 88В-2 и тяжелых истребителей Ju 88В-3.

Вооружение самолетов типа Ju 88В-3 (тяжелых истребителей) состояло из трех неподвижно установленных пулеметов MG 17 и пушки Маузер 151/20, также неподвижно закрепленной в правой передней части фюзеляжа. Ju 88В строили на базе фюзеляжа Ju 88А-1 и крыльев Ju 88А-5.

Во время испытаний обнаружилось, что Ju 88В не намного превосходит Ju 88А, поэтому RLM отказался от выпуска этого самолета. Было заказано только десять машин нуль-серии – Ju 88В-0. Эти самолеты строили на базе фюзеляжа Ju 88А-4, отличие заключалось в том, что хвостовая часть фюзеляжа была удлиненна, чтобы сохранить центровку самолета. Все самолеты планировали использовать в качестве разведчиков, поэтому на них не ставили бомбоприцелы, бомбодержатели и воздушные тормоза. В переднем бомбоотсеке оборудовали дополнительный бензобак, а в заднем установили три фотокамеры типа Robot, предназначенных для плоскостной и перспективной аэрофотосъемки. Две камеры разместили в левой части бомбоотсека, а одну – в правой. Вооружение самолета состояло из трех спаренных пулеметов MG 81Z в передней, задней и нижней установках. Самолеты Ju 88В- 0 использовали в разведывательной группе командования Люфтваффе (Aufklaerungsgruppe des Oberbefehlshabers der Luftwaffe), которая в 1940-1941 годах действуя с аэродромов в Мельце и Кракове-Раковицах производила разведывательные полеты над территорией Советского Союза. Самолеты Ju 88В использовали и в качестве опытных образцов, например Ju 88V27 и Ju 88V32.

Бомбардировщики Ju-88 держат курс на Британию. Юнкерсы бомбили туманный Альбион днем и ночью, но с осени 1940 г. командование люфтваффе было вынуждено перейти, главным образом, к ночным налетам. Истребители RAF причинили днем бомбардировщикам слишком большие потери, зато ночных истребителей у англичан практически не имелось.

Бомбардировщики, выполнявшие ночные налеты на Британию, перекрашивали полностью или частично в черный цвет для меньшей заметности. На снимке – Ju- 88А из KG-1.

Ju-88C отличался носовой частью фюзеляжа без остекления. В носу стояла батарея из трех 7,9-мм пулеметов MG-17 и одной 20-мм пушки MG-FF. Еще две пушки с боекомплектом по 120 снарядов на ствол можно было поставить в гондоле – на этом Юнкерсе Ju-88C-6 гондольные пушки установлены. Стволы всех пушек отклонены вниз на 5 градусов.

Самым многочисленным тяжелым истребителем, созданным на базе Ju 88, был самолет Ju 88С.

Основным тяжелым истребителем Люфтваффе был самолет Мессершмитт Bf 110. Опыт польской и французской кампаний показал, что самолет Bf 110 не обладает достаточным радиусом действия. Юнкерс предложил начать выпуск тяжелых истребителей, созданных на базе самолета Ju 88 и оснащенных наступательным вооружением, которое размешалось бы в носовой части фюзеляжа. RLM согласился с постройкой серии прототипов, обозначенных как Ju 88Z (буква Z – это сокращение слова Zerstoerer) в рамках развития конструкции Ju 88.

Первым был переделан в истребитель самолет Ju 88V7 (D-ARNC, GU+AE), который получил вооружение, состоявшее из неподвижно закрепленных в правой части носа трех пулеметов MG 17 и пушки MG FF. Стрельба велась через отверстия в остеклении лобовой части кабины. В корпусе проделали три вентиляционных отверстия, предназначенных для отвода пороховых газов, Бомбодержатели и прицел были сняты, отверстие для прицела заделано, а носовой части стрелковой гондолы придали полный профиль. Облегчение конструкции несущих плоскостей позволило увеличить скорость самолета по сравнению с Ju 88А-1 на 25 км/ч.

В начале 1940 года облетали два следующих прототипа: Ju 88V15 (Ju 88Z-15, DD-1A) и Ju 88V19 (Ju 88Z-19). У обоих самолетов вместо «глаза жука» был обычный цельнометаллический нос. Металлический щиток также закрывал и переднюю часть подфюзеляжной гондолы. Внизу находился эжектор стреляных гильз. В июне 1940 года Ju 88VI9 (Ju 88Z-I9) оснастили дополнительной пушкой MG 151/15 калибра 15 мм. Самолеты Ju 88VI5 и Ju 88V19 кроме того были вооружены пулеметами MG 15, установленными в нижней и задней установках. Один MG 15 разместили в лобовом окне кабины пилота. Для наведения на цель пулеметов, установленных в корпусе использовали зеркальный прицел Revi.

Самолеты из NJG-2, группа базировалась в Голландии. Из Голландии ночные перехватчики летали на охоту в небе Великобритании.

Фоном для Ju-88A-5 из III./KG-30 служит погасший итальянский вулкан Этна. Группу перебросили на Сицилию из Норвегии в рамках подготовки операции вермахта па Балканах. Затем группа опять вернулась в Арктику, где приняла участие в налетах на знаменитые северные конвои.

Версия С-1 так и осталась нереализованным проектом тяжелого истребителя, созданного на базе Ju 88A-I путем простой переделки. Поэтому на самолетах Ju 88С-1, как и на Ju 88V7 должен был сохраниться «глаз жука». На самолеты этой модификации планировали ставить моторы Jumo 211 или радиальные BMW 801МА. Двигатели Jumo устанавливали и на следующую модификацию тяжелого истребителя – Ju 88С-2.