В ходе формирования базы решался вопрос о том, кто возглавит базу и, в случае войны, будет нести ответственность за оборону Ханко. Нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов высказывался за обеспечение единства командования. Начальник Генерального штаба Б. М. Шапошников против этой точки зрения не возражал. Более того, после некоторых колебаний он согласился даже на то, чтобы все сухопутные части на полуострове подчинялись командиру военно-морской базы, а через него — командующему КБФ. Решающую роль в данном случае сыграло то обстоятельство, что добирались до полуострова и доставляли туда грузы преимущественно морем. В результате Ханко стала единственной базой ВМФ, где накануне Великой Отечественной войны было создано единое командование.

Отсутствие единого командования и единой организации обороны силами армии и флота привело к оставлению Лиепаи на пятые сутки войны.

Уже в ходе войны Верховное командование пришло к тому, что оборону военно-морских баз возглавляли флотские начальники, которым подчинялись и армейские части. Оборону Одессы с августа 1941 г. возглавил командир ОВМБ контр-адмирал Г. В. Жуков. Командующий КБФ вице-адмирал В. Ф. Трибуц руководил обороной Главной базы флота Таллина. Оборону Севастополя с ноября 1941 г. возглавил командующий Черноморским флотом вице-адмирал Ф. С. Октябрьский.

Командиром базы и начальником гарнизона был назначен капитан 1-го ранга Сергей Филиппович Белоусов, до того командир линкора «Марат». В июне 1940 г. его сменил генерал-майор береговой службы Алексей Борисович Елисеев.

Спустя всего два дня после приказа Наркома — 22 марта на полуостров на самолетах прибыли командир базы капитан 1-го ранга С. Ф. Белоусов, начальник тыла КБФ капитан 1-го ранга М. И. Москаленко, представители погранохраны и ряд других должностных лиц. Прибывшие командиры осмотрели территорию, где им предстояло создавать новую ВМБ.

Город Ханко был расположен на восточном берегу полуострова. Он состоял в основном из чистеньких кварталов одноэтажных деревянных домиков, окруженных кустами шиповника, елями и дубами. В центре города два-три каменных здания. Рядом с городом большой парк, пляж, кабинки для купания. На горе, над парком и россыпью одноэтажных домиков города господствовали два строения, описанные во всех лоциях, используемые мореплавателями как ориентиры: продолговатое красное здание кирхи с остроконечной колокольней и граненая водонапорная башня с часами на вершине.

Дома в городе были покинуты прежними жителями и еще не обжиты новыми жильцами.

Командир базы поселился в красивом двухэтажном доме, стоявшем на высотке отдельно от окружавших его зданий. Этот дом использовался и как гостиница. В других домах разместились отделы и службы базы, гражданские учреждения, а также семьи командного и начальствующего состава. Штаб базы располагался на привокзальной площади в трехэтажном каменном доме. Командный пункт базы оборудовали в подвале этого дома. В бывшей ратуше разместился Дом Флота, в кирхе — армейский клуб. Улицам и площадям города дали новые названия: площадь Первого мая, улицы Суворова, Кирова, летчика Борисова, Бульварная…

На набережной, над бухтой стоял обелиск в честь немецкого генерала фон дер Гольца — командира германской Балтийской дивизии, высадившейся на Ханко в 1917 г. Уже после начала войны моряки снесли этот обелиск.

У побережья Ханко имелись три рейда: Восточный на юго-запад от города; Малый к северу от линии Густавсверн — Густав-Адольф; Большой — к востоку от островов Густавсверн и Руссаре. Доступные для самых больших кораблей и судов, они могли вместить целый флот. Гавани порта были оборудованы железнодорожными ветками и кранами, а набережные облицованы гранитом.

На Большом рейде, закрытом от ветров, одновременно могла стоять целая эскадра. Якорная стоянка была хорошей. Подходы имели типичный шхерный характер с сильно изрезанной береговой чертой.

С первых же дней выяснились недостатки новой базы. Во-первых, все снабжение, в том числе продовольствие, надо везти издалека или получать от финнов. Согласно специальному соглашению финское правительство брало на себя обязательство ежедневно обеспечивать гарнизон военно-морской базы Ханко молоком, мясом и другими продуктами в счет межгосударственных расчетов. Во-вторых, доступ к базе оказался очень сложным. Существовало несколько путей: морской — по Финскому заливу, замерзающему зимой; по суше — поездом через всю Финляндию до ее юго-западной оконечности; воздушный — самолетами через Палдиски. В-третьих, границы базы ограничивали выбор более выгодных в тактическом отношении позиций и рубежей.

Для транспортировки людей и грузов на полуостров первоначально, пока залив был скован льдом, предназначались многомоторные бомбардировщики ТБ-3, которые заранее были переброшены на аэродром вблизи Палдиски. Первый самолет отправился на Ханко 22 марта с первым сводным отрядом из военных моряков и солдат. Вплоть до середины апреля 1940 г. Палдиски был промежуточной базой для переброски войск на полуостров.

2 апреля из Ленинграда к Ханко вышел первый караван судов с личным составом береговых батарей, стрелковых и других частей (около 7 тыс. бойцов и командиров), материальной частью артиллерии, танками и другим имуществом. В переходе участвовали транспорты «Днепр», «Вторая пятилетка», «Волголес», «Луначарский», «Эльтон», вспомогательный ледокол «Трувор». Флагманом шел ледокол «Ермак». Но даже с его помощью транспорты пробились к полуострову лишь 22 апреля.

Зима стояла суровая. Лед на заливе толстый, торосистый, пробиваться сквозь него с караваном судов было трудно. В пути, случалось, караван останавливался, и тогда, чтобы не терять время зря, командир 335-го полка приказывал командирам батальонов выводить роты на лед и проводить с бойцами строевые и тактические занятия.

Проделав многомильный путь через весь Финский залив, транспорты доставили на Ханко войска, технику, а также большое количество различных грузов и боеприпасов.

За первым караваном последовали другие транспорты. Грузы на Ханко доставлялись морем и по железной дороге от Выборга. С весны 1940 г. на Ханко регулярно заходили пассажирские суда Совторгфлота, совершавшие рейсы по маршруту Ленинград — Ханко — Таллин — Ленинград.

Состояние железнодорожной сети оценивалось как неудовлетворительное. Железные дороги не обеспечивали прохождения тяжелых грузов из СССР. Приказом начальника Главного морского штаба от 19 июня 1940 г. на Ханко сформировали управление военной железной дорогой. Уже в июле 1940 г. открылось прямое железнодорожное сообщение между Ханко и Выборгом.

Шоссейные дороги пришли в негодность и требовали капитального ремонта, грунтовые нуждались в гравийном покрытии.

Для возведения оборонительных сооружений на Ханко были направлены строительные и саперные части. Главный Военный Совет ВМФ 28 июля 1940 г. утвердил план военно-строительных работ по военно-морской базе Ханко. Для его выполнения был создан третий особый строительный отдел ОСО-3 (начальник — Г. С. Дубровский). В его подчинение передали 93-й и 94-й отдельные строительные батальоны, 296-ю и 101-ю отдельные строительные роты, 219-й отдельный саперный батальон и ряд других подразделений.