В начале 1937 г. МГШ предложил новую, 10-летнюю кораблестроительную программу, в первой части которой, известной как "Третья программма по замене", предусматривался заказ 13 лодок, а во второй — "Четвертой программе по замене", принятой Парламентом в конце 1939 г. — 35. Реализация "Третьей программы по замене" шла следующим образом: по бюджету на 1937/38 гг. заказали два флагмана соединений типа А1 (I-9 и I-10), пять больших (крейсерских) лодок типа C1 (I-16, I-18, I-20, I-22 и I-24) и четыре большие патрульные лодки тиna B1 (I-15, I-17, I-19 и I-23), кроме того, как уже говорилось выше, были выделены средства на постройку экспериментальной № 71 программы "Флот 8–8". По бюджету на 1938/39 гг. строились две большие патрульные лодки (I-21 и I-26). Проект типа А1 разработали на базе больших патрульных лодок J3. В отличие от прототипа, контейнер для хранения самолета на них размещался перед боевой рубкой и был жестко связан с прочным корпусом. Его размеры позволяли хранить в собранном состоянии (со сложенными крыльями) гидросамолет "Йокосука" Е14Y1. Пневматическая катапульта располагалась в носовой оконечности, а 140-мм орудие — в корме. Боевая рубка имела большие размеры и развитые средства связи. На ее громоздком ограждении размещались 1,5-м дальномер и две спаренные установки 25-мм зенитных автоматов. Благодаря большим размерам и экономичным главным механизмам, корабли обладали увеличенными, по сравнению с J3, дальностью плавния и автономностью. Проект больших патрульных ПЛ типа B1, в принципе, повторял проект А1, но рубка и ее ограждение имели меньшие размеры. На лодках нападения типа С1, в отличии B1, отсутствовало авиационное вооружение, имелось восемь 533-мм ТА (против шести на B1), а 140-мм орудие располагалось перед ограждением рубки.

Из 35 ПЛ "Четвертой программы по замене" 1939 г. до декабря 1941 г. успели заложить только 25 кораблей. По бюджету на 1939/40 гг. приступили к постройке штабной лодки типа A1 (I-11), четырех большие патрульные лодки типа B1 (I-25, I-28, I-29 и I-30). В рамках этой же программы строились ПЛ нападения типа KD7. Первые две из них (I-76 и I-77) заложили в сентябре 1937 г., т. е. задолго до официального заказа. Формально на эти корабли, как и на две однотипные (I-78 и I-79), средства выделили из бюджета на 1939/40 гг. На следующий год заказали I-27, I-31, I-32, I-33, I-34, I-35, I-36 и I-37 — типа B1, I-80, I-81, I-82, I-83, I-84 и I-85 — типа KD7. Наконец, по бюджету на 1941/42 гг. заложили два последних корабля типа B1 (I-38 и I-39). Среди ПЛ "Четвертой программы" особого внимания заслуживает тип KD7. По своей конструкции он практически полностью повторял серию KD6B, но имел ряд "упрощенных" конструкций. В частности, были установлены менее мощные главные механизмы, с чисто технологической целью изменена форма легкого корпуса и ограждения рубки, в некоторых общекорабельных системах использованы дешевые стали и материалы. Корабли получили меньшие запасы топлива, торпед и пресной воды. Теоретически, жертвуя определенными элементами лодок типа KD6B, МГШ надеялся сократить сроки их постройки, но на практике, головной корабль серии KD7 (I-76) ввели в строй (4.08.1942 г.) спустя пять лет после закладки, что объяснялось большим числом технических дефектов.

В начале 1941 г., ссылаясь на возможную войну с США, морской министр добился от Парламента утверждения так называемой "Срочной военной программы" 1941 г. Она предусматривала постройку девяти средних лодок типа K6, которые являлись развитием K5. В отличие от прототипа, они имели увеличенные размеры корпуса, более мощные главные механизмы, автономность 40 суток (против 30) и дальность плавания 11000 миль 11-узловым ходом (против 8000 миль) при том же составе вооружения. Осенью 1941 г. по бюджету на 1941/42 rг. приступили к постройке четырех кораблей данного типа (Ro-35, Ro-36, Ro-37 и Ro-38).

30.12.1941 г. Парламент утвердил[1] "Срочную Военную программу", в соответствии с которой заказали шесть крейсерских лодок типа B2 (с I-40 по I-45), шесть ПЛ нападения (атаки) типа C2 (с I-46 по I-51) и четыре средние типа KS (с Ro-100 по Ro-103). Все эти корабли, за исключением последних, так или иначе повторяли уже отработанные промышленностью проекты. Тип KS являлся "упрощенным" вариантом типа K5. При тех же формах легкого корпуса и меньших размерах, KS оснастили маломощными дизелями, обеспечивавшими скорость хода в надводном положении не больше 14,5 узлов. Число 533-мм ТА сократили до четырех. ПЛ данного типа предназначались для действий в прибрежных водах. Из 16 кораблей "Срочной Военной программы" 1941 г. в строй ввели только 13, заказы на I-49, I-50 и I-51 были аннулированы в ноябре 1942 г.

31.12.1941 г. Императорская ставка утвердила "Дополнительную программу", в соответствии с которой планировали построить 47 лодок. Из них семь (I-54, I-56, I-58, I-62, I-64, I-65 и I-66) являлись крейсерскими типа B3, пять (I-52, I-53, I-55, I-57 и I-59) ПЛ нападения (атаки) типа С3, четыре (I-12, I-13, I-14 и I-15) — лодками управления (ретрансляторами) типа А2, три (I-351, I-352 и I-353) — лодками поддержки авиации типа SH и 30 (с Ro-35 по Ro-55 и с Ro-70 по Ro-78) — средними типа K6. Наибольший интерес представляли ПЛ управления типа А2. По конструкции они полностью повторяли штабные корабли типа А1, но имели менее мощные главные механизмы, большую автономность и соответствующие приборы связи. Когда выяснилось, что ПЛ могут управляться только с береговых командных пунктов, потребность в данных кораблях отпала и по первоначальному проекту достроили только I-12. Три других корабля в конце 1942 г. (еще до момента закладки) решили переоборудовать в авианосцы типа АМ, предназначенные для атаки побережья США при помощи высокоскоростных бомбардировщиков. ПЛ поддержки авиации предназначались для обеспечения летающих лодок топливом и боеприпасами на большом удалении от их баз (аэродромов). Из кораблей, заказаннных по "Допопнительной программе", до момента капитуляции Японии удалось ввести в строй только 29 (три — типа СЗ, три — типа B3, одна — типа А1, два — типа АМ, два — типа SH и 18 — типа K6).

В середине марта 1942 г. МГШ в рамках "Пятой программы по замене кораблей" 1942 г. предложил Императорской ставке построить 55 лодок различных типов. Из них с № 5141 по № 5180 являлись ПЛ нападения (атаки) типов C3 и С4, № 730, № 731 и № 732 ПЛ поддержки авиации типа SH, с № 700 и № 701 штабными типа А1, I-400 (№ 714) — подводным авианосцем типа STo и с № 715 по № 723 — средними ПЛ типа K6. Среди этих кораблей оригинальностью конструкции выделялась I-400. Она являлась самой большой лодкой периода Второй Мировой войны и предназначалась (как и тип AM) для атаки побережья США при помощи высокоскоростных бомбардировщиков. Главной ее конструктивной особенностью являлся прочный корпус, представляющий собой горизонтально положенную восьмерку. Остальные ПЛ так или иначе повторяли уже отработанные проекты. 3аказы на них МГШ аннулировал в 1943-44 гг., отдав приоритет строительству транспортных и высокоскоростных ПЛ. Встрой вошла лишь одна I-400. Аналогичная судьба постигла корабли переработанной "Пятой программы по замене кораблей" 1942 г., принятой Парламентом после поражения в сражении за атолл Мидуэй.