Существовали и приграничные трения между правительствами России и Афганистана. Перед самым приездом Корнилова в бригаду русскими войсками был отбит у афганцев важный стратегический пункт на берегу Аму-Дарьи – город Термез, древняя столица Бактрии. Прямо против Термеза, на другом берегу Аму, находился Мазари-Шариф, центр Афганского Гиндукуша. Здесь, у входа на перевалы Гиндукуша, для прикрытия путей через Бамьян на Кабул афганцы поспешно строили крепость Дейдади и целую сеть мелких опорных пунктов. «Мне, – позже вспоминал генерал Ионов, – страстно хотелось выяснить характер работ, предпринятых афганцами и, по возможности, характеристики воздвигнутых ими укреплений. Однако крепость находилась в 50 верстах от берега в глубине афганской территории, афганцы были бдительны и неумолимы к нашим разведчикам и сведений об укреплениях мы не имели».

По прибытии Корнилова Ионов посетовал ему на недоступность Дейдади для русской разведки. Лавр Георгиевич воспринял слова начальника как сигнал к действиям. После очередной неудачной попытки добыть информацию, используя разведчиков из «туземцев», он под каким-то предлогом просил у Иванова разрешения на три дня в отпуск.

Понимая несовершенство традиционных способов сбора разведывательной информации через завербованных афганцев и таджиков, которые нередко являлись двойными агентами, Корнилов решил самостоятельно предпринять рискованное путешествие.

Л. Г. Корнилов во время выполнения разведывательных заданий.

В январе 1899 года Лавр Георгиевич с двумя спутниками-афганцами, предварительно выбрив голову, подстриг усы, высоко подогнав стремена, он на утлом плоту из надутых козьих бурдюков за несколько верст от Термеза переправился на афганский берег. Высадился маленький отряд у небольшого торгового городка Чушка-Гузарь, где пересел на лошадей, купленных в ближайшем селении. На рассвете Корнилову и его спутникам удалось достичь крепости, но разглядеть ее в утреннем полумраке было невозможно. Но, подъезжая к крепости, Лавр Георгиевич заметил у самой крепостной стены чайхану, где сидели караульные афганские солдаты. Корнилов, испытывая судьбу, повел своих спутников внутрь и приказал подать завтрак. Он решает ждать до полного рассвета, чтобы лучше изучить профиль крепости.

Уже совсем рассвело, когда к ним подъехал афганский офицер, наблюдавший за крепостным районом. Корнилов объяснил свой приезд в Дейдади желанием поступить во вновь формируемый эмиром Абдурахманом Туркестанский конный полк. Офицер поверил ему. Корнилов получил возможность не только подъехать к стенам крепости, но и сделать несколько фотографических снимков укреплений. После этого он составил подробный план местности, а также добыл книгу афганского эмира «Джихад».

На третий день после отъезда Корнилова в «отпуск» он вошел в кабинет генерала Ионова в и протянул ему фотографии и чертежи каких-то укреплений.

– Это Дейдади, – объяснил он удивленному генералу. Иванов только развел руками и тут же приказал отправить ценные бумаги и фотографии в Ташкент.

В Российском государственном Военно-историческом архиве, в фонде Генерального штаба, до сих пор хранятся редкие документы – подлинные карты и планы, привезенные Корниловым из Афганистана. Благодаря Лавру Георгиевичу в руках русского командования оказались карты и снимки не только Дейдади, но и планы укреплений Шор-Тепе, крепости Тахтапуль, чертежи афганских воинских казарм, места расположения крепостной артиллерии. В пути следования Корнилов провел съемку дорог от переправ через пограничную реку к Дейдади, привез описание характера укреплений и анализ пропускных возможностей коммуникаций, обзор приграничной северной области Афганистана.

Несколько позже полученные Корниловым материалы легли в основу русских военных приготовлений на границах Туркестана, а разведка крепости Дейдади, как вспоминал генерал И. Романовский, «разбиралась в войсках как пример тщательно спланированной операции, и прибывших на службу в Туркестан офицеров специально знакомили с этой чрезвычайно опасной экспедицией».

Несмотря на то что экспедиция Корнилова завершилась успешно, Лавр Георгиевич был обвинен в том, что предварительно не нашел нужным доложить о своих намерениях начальнику. Также он был обвинен в том, что, отправляясь в разведку, оформил фиктивный отпуск на три дня. Поэтому предпринятая Корниловом разведка в глазах высокого начальства отдавала «авантюрой» в духе романов Майн Рида. На основании этого руководство Главного штаба не утвердило представление командующего округом о награждении «слишком молодого» капитана орденом Владимира 4-й степени, на том основании, что внеочередное награждение возможно только за «военные заслуги». Более того, «Корнилову было указано на недопустимость подобных действий впредь, а генералу Ионову объявили выговор за то, что рискует способными офицерами».

И все же заслуги Л. Г. Корнилова были отмечены переводом его в августе 1899 года на должность старшего адъютанта штаба Туркестанского округа. Однако штабная служба продолжалась недолго. Обстановка на границе с Афганистаном была весьма напряженной, и снова потребовались его способности разведчика. Поэтому летом 1899 года Корнилов работал над изучением района южнее Кушки – направления на Меймань и Герат. В этом деле ему помогали один казак и несколько туркмен, принятых на русскую военную службу. Также в то время по приказанию командующего Туркестанского военного округа Корнилов часто выезжал в малоизученный регион Патта-Гиссарь и Чубек для осмотра и уточнения пограничной полосы.

В октябре 1899 года Корнилов выехал сначала в Асхабад для участия в разработке оперативных мер на случай войны с Великобританией, а затем получил задание составить стратегический очерк Восточного Туркестана (Кашгарии), в отношении которого на топографических картах Генерального штаба имелось слишком много «белых» пятен.

Начало нового века Корнилов встретил в Кашгаре, у ворот Индии, в самом центре борьбы за сферы влияния между Великобританией и Россией. Несмотря на то что Лавр Георгиевич официально являлся частным лицом, начальство решило, что свои действия он должен согласовывать с российским консулом Н. Ф. Петровским.

Корнилов составил схему почтового сообщения между Ошем и Памиром, написал ряд рапортов, содержащих сведения о положении дел в Кашгарии. Не раз под видом купца Лавр Георгиевич проникал в самые отдаленные места. Итогом работы стала монография «Кашгария, или Восточный Туркестан. Опыт военно-стратегического описания», которая была издана в Ташкенте в 1903 году. Это исследование до сих пор считается одним из наиболее полных описаний данной территории.

В Кашгаре Корнилову впервые пришлось столкнуться с таким явлением, как народный бунт. Под влиянием слухов о «боксерском восстании» в Китае местное население собиралось разгромить иностранные консульства. Узнав об этом, Корнилов заявил в рапорте на имя окружного генерал-квартирмейстера о необходимости ввести русские войска и подавить малейшие беспорядки. Более того, он даже предложил конкретный план действий в виде отдельной войсковой операции. При этом он сослался на опыт подавления Наполеоном восстания роялистов в Париже в октябре 1795 года. Но представители российских властей не только отказались от его услуг, но и составили специальную докладную, назвав в ней Лавра Георгиевича «несостоятельным Буонапартом».