В конце 1946 года Эйтингон получил новое задание руководства разведки. Он был направлен в китайскую провинцию Синьцзян (Восточный Туркестан) для оказания помощи китайским коммуни­стам в установлении полного контроля над этой провинцией. Дело осложнялось тем, что дубань (правитель) Синьцзяна Шен Шицяй получил в свое время от Советского Союза крупную партию воору­жения, включая авиацию, для борьбы против японских интервентов. Но, когда китайские коммунисты очистили север страны от японцев, Шен Шицяй переметнулся на сторону Чан Кайши. В Синьцзяне раз­вернулось мощное сепаратистское движение мусульман-уйгуров, которым оказывали активную поддержку британская разведка и режим Чан Кайши. На помощь органам безопасности компартии Китая в подавлении сепаратистского движения и прибыл Эйтингон. Совместно с китайскими коммунистами ему удалось создать дивер­сионные группы, общее руководство которыми осуществлял Герой Советского Союза Николай Прокопюк. Эти группы эффективно противодействовали мятежникам. В итоге к 1949 году, когда Наум Эйтингон был уже в Москве, уйгурские сепаратисты потерпели полное поражение.

В 1947 году генерал-майор Эйтингон был вновь назначен заме­стителем П.А. Судоплатова, возглавлявшего отдел по диверсионной работе за границей. В послевоенные годы ему пришлось принимать активное участие в разработке и реализации оперативных мероприя­тий, в частности, по ликвидации литовских националистических бандформирований.

Следует отметить, что в конце 1940-х годов в Прибалтийских ре­спубликах, освобожденных Красной Армией от немецко-фашистских оккупантов, было неспокойно. Здесь орудовали банды национали­стов, которые получали широкую помощь, в том числе военную, от спецслужб Великобритании и C1LLA. В Литве активно действовала так называемая Литовская освободительная армия, руководимая Верховным комитетом освобождения Литвы. С 1944 по 1956 год литовские «лесные братья» убили 25 тысяч человек, 23 тысячи из которых были их соотечественниками. В эту республику неодно­кратно выезжал Эйтингон. Под его руководством литовские чекисты разработали и реализовали ряд успешных агентурных комбинаций по образцу операций «Трест» и «Синдикат».

В конце 1940-х годов британская разведка МИ-6 разработала долгосрочную операцию «Лиотэ», направленную на разложение населения стран социализма, в первую очередь — СССР. Автором операции «Лиотэ» был заместитель директора МИ-6 полковник Валентайн Вивьен. Для подрывной работы против СССР на терри­тории Западной Украины и в Прибалтике в рамках МИ-6 был создан специальный отдел «Нора» во главе с британским подданным рус­ского происхождения Маккибином. Помимо засылки в Прибалтику и Западную Украину вооруженных агентов английских спецслужб из числа местных националистов, включая военных преступников, находившихся в международном розыске, а также поставок оружия и взрывчатки действовавшим там бандам террористов, отдел «Нора» занимался ведением «черной пропаганды» на Советский Союз с использованием аэростатов и воздушных шаров, начиненных ли­стовками, а также организацией пропагандистских радиопередач на каналах Би-би-си.

В частности, в конце 1940-х годов отдел «Нора» осуществил за­броску на территорию Западной Украины и в Литву организаторов националистического подполья Матвейко, Лукши и Охримовича. С помощью британских спецслужб в Западную Украину был также переброшен бывший гауптштурмфюрер СС Шухевич. Однако совет­ская внешняя разведка через свои возможности в британских спец­службах получила сведения на Шухевича и Йозаса Лукшу. С февраля 1951 года поиск Лукши в Литве осуществляли две специальные оперативные группы, в состав которых входили командированные из Москвы подчиненные Наума Эйтингона. Это агентурно-оперативное мероприятие продолжалось несколько лет. Генерал-майору Эйтингону пришлось трижды выезжать в Литву, чтобы на месте руководить ходом операции. В конце концов чекистам удалось заманить Йозаса Лукшу в засаду и уничтожить его.

В отчете руководству МТБ СССР от 19 января 1953 года ми­нистр госбезопасности Литвы генерал-лейтенант Петр Кондаков докладывал:

«Особенно положительные результаты в ликвидации бандитизма были достигнуты после применения таких форм агентурной работы, как создание агентурно-боевых групп, направленных против банд, оперативное использование тайно задержанных бандитов и их вербовка нашей спецагентурой в качестве легендированных пред­ставителей банд, штабов и центров сопротивления... В результате нам удалось взять под агентурный контроль самые серьезные орга­низационные бандитские единицы, уничтожить организационную структуру оставшихся формирований, парализовать их активную террористическую деятельность».

18 апреля 1953 года министр госбезопасности Литвы сообщал в МТБ СССР, что чекисты его министерства за неполных четыре меся­ца этого года провели 240 агентурно-оперативных комбинаций, за­хватили 72 руководителя националистического подполья, из которых 18 были перевербованы, 23 националиста использованы для других оперативных целей, а остальные арестованы для предания суду.

После ликвидации бандформирований и уничтожения входив­ших в них военных преступников вооруженная борьба в республиках, занимавших западные территории СССР, постепенно приобрела характер законспирированного противоборства между спецслужбами националистов и стоявшими за ними МИ-6 и ЦРУ США и советской контрразведкой.

Помимо борьбы с националистами в Литве Эйтингону пришлось решать в те годы много других важных задач.

В сентябре 1950 года отдел, возглавляемый П.А. Судоплатовым, был преобразован в Бюро № 1 МГБ СССР. Эйтингон был утвержден заместителем Судоплатова. В его обязанности входила организация боевых операций против стратегических объектов вероятного про­тивника в случае возникновения новой войны, включая американ­ские ядерные объекты на территории Европы. Эйтингон занимался созданием строго законспирированных боевых агентурных групп за рубежом, закладкой тайников с оружием для этих групп, с тем чтобы в случае нападения на СССР Соединенных Штатов, которые планировали открытую агрессию против стран социализма, выве­сти из строя стратегические объекты на территории стран НАТО, организовать диверсии против военных складов и на транспортных коммуникациях.

Однако занимаемое Эйтингоном высокое положение и значитель­ные успехи в работе не смогли уберечь его от серьезных неприят­ностей. К началу 1950-х годов обстановка в самом МГБ значительно осложнилась. Еще в 1947 году было принято негласное решение руководства МГБ не принимать на офицерские должности в органы госбезопасности лиц еврейской национальности. Михаил Рюмин, ставший заместителем министра госбезопасности по следственной работе в результате разоблачения им так называемого «сионистского заговора в МГБ», состряпал очередное дело, на сей раз — «врачей-вредителей», которые якобы хотели убить Сталина.

В 1951 году, когда Эйтингон находился в командировке в Литве, была арестована его родная сестра, работавшая врачом. Ее приго­ворили к 10 годам тюремного заключения «за отказ лечить русских пациентов и содействие сионистскому заговору».

В сентябре 1951 года, возвратившись из очередной командиров­ки в Литву, оказался за решеткой и сам Наум Эйтингон. Ему было предъявлено обвинение в том, что он обучал врачей-заговорщиков ведению террористических действий против Сталина и членов со­ветского правительства. Санкцию на его арест дал сам Сталин.