Однако на практике ситуация очень часто складывалась иначе, поскольку в работе профсоюзных органов продолжала господствовать военно-коммунистическая ментальность, убежденность профсоюзных активистов в том, что в период социалистического строительства никаких забастовок быть не должно, поскольку они являются предательством по отношению к государству диктатуры пролетариата. В одном из появившихся в середине 1920-х гг. документов ВЦСПС так и заявлялось, что "на государственных предприятиях в Советской стране стачка как нормальный метод разрешения конфликтов неприменима". "Штрейкбрехерство" официальных профсоюзных органов в условиях трудовых конфликтов, а то и просто их бездействие даже в тех вопросах, в решение которых профсоюзы могли вмешиваться, не опасаясь окрика сверху, разложение и некомпетентность профсоюзных функционеров, другие негативные моменты профстроительства вызывали растущее раздражение рабочих. В исключительных случаях дело доходило до угроз организовать свои альтернативные, независимые пролетарские организации, которые бы играли "роль зашиты цехового рабочего и правильно бы оценивали его труд". Особенно распространены подобные настроения, судя по сохранившимся документам партийных архивов, были среди металлистов. Однако иногда свою организованность могли продемонстрировать и рабочие других профессий. Согласно данным ОГПУ в середине 1920-х гг. подобная инициатива возникла среди текстильщиков Большой Кохонской мануфактуры в Иваново-Вознесенской губернии. Рабочие этого предприятия обвиняли свой фабком в бюрократизме, а его членов — в пьянстве, в результате на общем собрании один из выступавших "от имени рабочих и при поддержке собрания заявил, что фабком не нужен, ибо он не работает, если фабком не примет надлежащих мер, то рабочие будут вынуждены создать стачечный комитет".

Важнейшей причиной, по которой профессиональные объединения рабочих выступали против протестных акций на госпредприятиях, можно считать то положение, которое профсоюзы занимали в советской политической системе. Профсоюзы, с легкой руки Зиновьева, были провозглашены "школой коммунизма", но что это должно означать, разобраться толком большевики так и не сумели. Дело фактически ограничилось проводимой в период Гражданской войны политикой огосударствления профсоюзов и подчинения их руководящей роли коммунистической партии. В нэповские годы происходит частичное разгосударствление рабочих организаций, но партийный контроль над их деятельностью не ослабевает. А в конце 1920-х гг. начинается очередная волна по ограничению относительной "независимости" профсоюзов, которая была связана с разгромом т. н. "правого уклона в ВКП (б)", среди лидеров которых находился председатель ВЦСПС М.П. Томский и многие другие старые профсоюзные кадры. Тем самым негативное отношение профсоюзов к забастовкам и другим массовым акциям протеста рабочего класса отражало отрицательное отношение к протестным выступлениям рабочих со стороны партийной верхушки. В этой связи интересно остановиться еще на одной стороне рабочего протестного активизма того времени — несмотря на критическое восприятие рабочего протеста партийным руководством, многие рядовые коммунисты нередко примыкали к боровшимся за свои интересы рабочим, а то и возглавляли их. Проблема участия рядовых коммунистов вопреки воле руководящих органов партии в трудовых конфликтах, вызванных теневыми сторонами нэповской действительности, заслуживает того, чтобы на ней остановиться несколько подробней. Без ее освещения невозможно будет в дальнейшем нарисовать объективную картину не только рабочего протеста нэповского времени, но и природы самой большевистской партии.

Выступления коммунистов, комсомольцев и кандидатов в ВКП (б) постоянно с неодобрением и тревогой фиксировались различными местными партийными, профсоюзными и правоохранительными органами, что красноречиво свидетельствовало о распространенности явления. Имеются данные о присоединении коммунистов к протестным выступлениям рабочих на Иркутском кожзаводе № 2: "участие коммунистов и комсомольцев в некоторых забастовках и волынках" было характерным среди металлистов и текстильщиков и т. д. В частности, на заводе им. Рыкова в Орловской губ. "коммунисты поддерживали недовольство рабочих новыми нормами и низкими расценками", а на заводе "Красное Сормово" "часть партийцев даже подстрекала рабочих к стачкам". На фабрике быв. Циндель в Москве "коммунисты восстанавливали беспартийную рабочую массу против перехода на 3 сторонки". Наряду с активным протестом немалое распространение получают и пассивные формы протеста со стороны рабочих-коммунистов. Среди прочего, это нашло выражение в массовом выходе из рядов РКП (б) рабочих. Характерным показателем состояния умов рядовых коммунистов может считаться крупный промышленный и пролетарский район — Нижегородская губерния. По сообщению местной партийной контрольной комиссии, 1925 г. стал временем массового отхода от партии коммунистов и кандидатов, принятых в нее в ходе 1-го и 2-го Ленинских призывов. Особенное массовый отток отмечался в тех парторганизациях, которые прежде пользовались наибольшей поддержкой среди рабочих — Канавинской, Сормовской и Выскунской. Объясняя наметившуюся негативную тенденцию бегства из рядов партии, губернская контрольная комиссия ВКП (б) в начале 1926 г. докладывала: "Подъем духа миновал, прошла опасность быть сокращенными — перестали ходить на собрания, платить членские взносы, несмотря на попытки со стороны бюро ячеек привлечь их к общей работе, и некоторые товарищи на запросы ячейки о причинах выхода из партии отвечали, что их в партию приняли против их желания по коллективному списку и настойчиво требуют исключения. Комсомольцы же из числа переданных в партию преимущественно в возрасте 17 лет при объяснении причин выхода заявляли, что ходить на собрания, в школу надоело, хочется гулять. Небольшая часть кандидатов выходит по личным заявлениям, мотивируя болезнью, семейными обстоятельствами и тяжелыми материальными условиями".

Размах и разнообразие форм протестных настроений среди рабочих-коммунистов заставляли обратить на них повышенное внимание руководства партии. В 1925 г. заведующий Информационным отделом ЦК РКП (б), видный большевистский функционер Л.Б. Рошаль, подготовил аналитическую записку "О поведении коммунистов, работающую на предприятиях, во время конфликтов", содержащую обобщающую информацию за январь — июль 1925 г. В документе имеется немало эпизодов, рисующих напряженность, а часто и драматизм происходящих по всей стране трудовых конфликтов. "В целом ряде предприятий, — с горечью признавал Рошаль, — отдельные коммунисты являлись инициаторами и руководителями забастовок". Среди прочих выделяется сообщение о стачке на Новоткацкой фабрике Глуховской мануфактуры (Московская губ.), во время которой повышенную активность проявляли именно коммунисты, снимавшие с работы остальных рабочих. Один из кандидатов в партию, Бердников, даже ударил по руке железным челноком ткачиху, не желавшую оставлять станок. Он же на устроенном общефабричном митинге выкрикивал в адрес директора: "Пулю ему в лоб", "В куль и на тачку" и т. п. Призывы вывозить на тачке членов администрации звучали во время забастовки на фабрике "Красное Знамя" Егорьевско-Раменского треста. Другой значимый эпизод произошел в Калужской губернии на заводе им. Петровского, где "в забастовке принимали активное участие все члены заводской ячейки". Оказались вовлечены в стачку почти все члены партийной организации шлифовального цеха во время беспорядков на Хрустальном заводе им. Бухарина во Владимирской губернии. От старших товарищей не отставали и комсомольцы, от которых исходила инициатива забастовки на заводе "Профинтерн". Аналогичный случай имел место в Вотской области — на Ижевском заводе "забастовкой группы рабочих "Лесопилки" руководил член РЛКСМ".