Бейбарс вступил на трон в ноябре 1260 года; через несколько недель в честь этого события в Каире состоялось торжественное шествие. Сподвижники Бейбарса (хашдашия) из придворной мамлюкской гвардии ас-Салиха Аййуба оставались его главной опорой на протяжении всего царствования, он оказывал им всяческое покровительство. Вместе с тем Бей– барс создал и свою собственную гвардию – «захирия».

Особым предметом забот Бейбарса после его вступления на престол была Сирия. Хотя Сирия и присоединилась к мамлюкскому султанату после победы мамлюков над монголами, в ней сохранялись сепаратистские настроения. Так, в Алеппо были сильны позиции мамлюкской гвардии двух последних Аййубидов. Она скинула назначенного Кутузом правителя Ала ад-Дина Али и выдвинула на этот пост человека из своей среды. Но намерение алеппских мамлюков установить независимый от Каира режим в Северной Сирии не осуществилось из-за новых попыток монголов вторгнуться в страну. Алеппо и Хама не устояли против монголов и были в очередной раз захвачены завоевателями; правда, мамлюки вскоре сумели вытеснить их из страны. Затем в Алеппо, как в калейдоскопе, менялись правители, пока в конце концов Бейбарс не сумел окончательно подчинить себе этот город. Понимая неизбежность будущей борьбы с монголами и крестоносцами, Бейбарс много внимания уделял укреплению своих позиций во всех городах и районах Сирии. В 1263 году он ликвидировал аййубидский эмират в аль-Караке, позже, воспользовавшись смертью не оставившего после себя наследника эмира, овладел Химсом, а затем прибрал к рукам и Дамаск.

После разрушения монголами Багдада и казни халифа альМустасима мусульмане оказались без авторитетного суннитского правителя, который обладал бы законным правом на власть. Бейбарс решил использовать сложившуюся ситуацию для укрепления своего авторитета в исламском мире и в 1261 году провозгласил одного из уцелевших во время вторжения монголов в Багдад членов династий Аббасидов аль-Мустансира (1261) халифом. Этот выбор был одобрен египетскими правоведами. Бейбарс принес новому халифу клятву верности (байа), приказал упоминать его во время пятничной молитвы и чеканить на монетах его имя. В свою очередь, Бейбарс был провозглашен султаном Египта, Сирии и тех провинций на Евфрате, которые оставались в руках Хулагуидов, а также Хиджаза, Йемена и всего, чем он «овладеет в ходе будущих завоеваний».

Это было не только официальным признанием прав Бейбарса на захваченные им земли, но и программой дальнейших завоеваний. В обнародованном документе подчеркивалась обязанность Бейбарса вести священную войну, строить крепости и создавать флот. Бейбарс объявлялся не только правителем Египта и Сирии, но и политическим главой всего исламского мира.

Халифат аль-Мустансира не был продолжительным. Несколькими днями спустя после возведения на престол он во главе небольшого отряда вторгся в Месопотамию с целью вернуть Багдад Аббасидам и двинулся вниз по Евфрату. В 40 километрах от Багдада аль-Мустансир встретил войско монголов и в завязавшемся бою был убит, а его голову победители торжественно пронесли по улицам разрушенного Багдада. После этого один из его родственников был избран в Каире халифом под именем аль-Хаким I (1261 –1302), и потомки аль-Хакима I менялись на троне вплоть до османского завоевания.

Новый халиф оказался для Бейбарса человеком нужным. После смерти хана Мунке в 1259 году между его братьями началась борьба за власть. Сторонник одного из соперников, хан Золотой Орды Берке (умер в 1266 году), был единственным мусульманином среди монгольских ханов, и Бейбарс вступил с ним в союзные отношения. В 1263 году монгольское посольство в Каир, возвратившись к Берке, привезло с собой султанские дары, в том числе свитки Корана, которые, по преданию, были переписаны самим третьим праведным халифом Усманом. Имя Берке стало поминаться в хутбе после имени Бейбарса. В свою очередь, Берке отправил часть монгольских солдат на родину, а другую передал в распоряжение Бейбарса, и тот расселил их в Египте и Сирии. Хотя преемник Берке Менгу-Тимур не был мусульманином, его дружеские отношения с Бейбарсом скреплялись общей враждой к ильханам.

И все-таки Бейбарс вынужден был учитывать исходившую от монголов опасность. Мелкие правители Сирии и Палестины не могли защитить себя от внешней угрозы. Поэтому Бейбарс считал необходимым не только преодолеть их сепаратистские устремления, но и заполучить полный контроль над сиро-палестинскими крепостями. Наибольшее значение имела крепость аль-Карак, которой владел аййубидский правитель аль-Мугис Умар, контролировавший дорогу из Дамаска в Египет и Хиджаз. В 1263 году Бейбарс заманил аль-Мугиса в свою ставку и обвинил в связях с монголами. После этого аль-Мугиса отправили в Египет, а его сыновей вынудили уступить крепость Бейбарсу.

Постоянно держа в уме монгольскую угрозу, Бейбарс не упускал из внимания и крестоносцев, которые владели рядом важных в стратегическом отношении пунктов на побережье Средиземного моря. Он отбил у них крепость Бира, расположенную на левом берегу Евфрата, на пути к монгольским владениям, и таким образом создал бастион для защиты Северной Сирии.

С 1265 по 1271 год армия Бейбарса вела войну с франками, захватывая один укрепленный пункт за другим. Бей– барс занял порт Цезарию, города Яффу и Хайфу. При этом он методично разрушал франкские крепости, и они более не могли служить базами для крестоносцев. К северо-западу от Тивериадского озера он занял города Цфат, Рамлу и Тир, а в 1268 году капитулировало Антиохийское княжество. Эта победа была для мусульман не менее значительной, чем взятие Саладином Иерусалима, ибо Антиохия с начала Крестовых походов неизменно находилась в руках франков. Отряды Бейбарса совершали набеги вплоть до стен Акры. Дабы утвердить власть ислама, Бейбарс приказал снести главную христианскую церковь в Назарете. К концу правления Бейбарса в руках у мамлюков была почти вся Сирия, а во владении крестоносцев оставалась лишь узкая полоса вдоль побережья Средиземного моря.

Политика Бейбарса в отношении христиан была двойственной. С одной стороны, мамлюки вели войну с христианскими государствами в Сирии и Палестине, а с другой – завязывали широкие торговые и дипломатические отношения с Византией и европейскими странами. Бейбарс был умелым дипломатом. Он возобновил старые связи Египта с Константинополем и поддерживал хорошие отношения с монгольскими ханами Золотой Орды. Он отправил послов к сицилийскому королю Манфреду и в Италию, расширил торговые связи с итальянскими городами и Арагоном. Этой торговле не мешали ни поражения крестоносцев в Сирии, ни монгольско-христианский союз.

Умело сочетая дипломатию и военную силу, Бейбарс распространил свое господство на оба берега Красного моря, укрепился в Хиджазе и Йемене, организовал ряд экспедиций в Нубию, Ливию и в страны африканских соседей Египта, всячески поощрял торговлю с Южной и Восточной Азией. Поскольку монголы перерезали традиционные пути паломничества, отныне дорога в Хиджаз, равно как и снабжение священных городов, проходила через Египет. Оставаясь внешне независимыми, правители Хиджаза – потомки Пророка – подпали под власть мамлюкского государства, что увеличило престиж Бейбарса в исламском мире. Он даже присвоил себе титул «Хадим аль-Харамайн» («Слуга двух священных городов»).