Первый выпуск школы Бетанкура состоялся в 1804 году. Все выпускники были включены в состав Корпуса инженеров путей сообщения, получив соответствующие своим знаниям степени.

Через два года, 26 июля 1806 года, вышел королевский указ о том, что выпускники Корпуса инженеров путей сообщения после окончания школы будут получать звания адъюнктов первой, второй и третьей степеней с жалованьем девять тысяч реалов в год. Например, в должностные обязанности адъюнкта третьей степени входило поддержание участка дороги длиной в двадцать лиг в надлежащем состоянии.

Главной задачей Корпуса инженеров путей сообщения была подготовка такого количества специалистов, чтобы они уже в ближайшем будущем смогли контролировать все главные дороги Испании.

Адъюнкты третьей степени, хорошо зарекомендовавшие себя, переводились во вторую степень, с жалованьем двенадцать тысяч реалов. Адъюнктам второй степени уже доверяли строительство мостов, каналов, плотин, ведение геодезических измерений… Адъюнкты первой степени имели жалованье в пятнадцать тысяч реалов и могли проводить самостоятельно любые работы.

Однако политическая ситуация в Испании не могла не сказаться на работе Корпуса инженеров путей сообщения. Амьенский мир оказался недолговечным. Через год война разгорелась с новой силой. Карл IV вынужден был подчиниться союзническому договору с Францией и выступить на её стороне. При этом испанский король всячески доказывал Наполеону, что его страна не в состоянии поддержать французского императора военной силой. После долгих переговоров Бонапарт наконец согласился вместо военной помощи принять денежную компенсацию — ежемесячную выплату в размере 6 миллионов ливров.

Всё это не могло не отразиться на финансировании Корпуса инженеров путей сообщения — сметы строительных работ были урезаны в несколько раз. Только что наладивший работу корпус вместе со всей страной переживал большие финансовые трудности. Понимая, что денежные потоки королевства проходят через руки Мануэля Годоя, Бетанкур попытался улучшить с ним отношения. И случай такой представился.

На территории обширного поместья Сото-де-Рома, принадлежавшего королевскому фавориту, необходимо было провести гидравлические работы по укреплению берега реки Хениль. Бетанкур поручил ответственное задание одному из своих лучших учеников — Рафаэлю Баусе. Чтобы избежать будущих наводнений и обезопасить территорию усадьбы, Бауса выполнил земляные работы, построил мост через реку и был крайне удивлён, узнав, что управляющий имением написал Годою письмо, где обвинил его в завышении сметы строительных работ. Ведь смета расходов на укрепление береговой линии была составлена задолго до начала работ.

Бетанкур встал на сторону своего ученика, что привело в неописуемую ярость королевского фаворита. Всей Испании было хорошо известно, какую жадность испытывал этот человек к денежным знакам. Трещина, образовавшаяся между Годоем и Бетанкуром после этого случая, с каждым годом только увеличивалась.

Мануэль Годой, или Мануэлито (так ласково его называл король), передал работы в усадьбе Сото-де-Рома военным инженерам, с большим недоверием относившимся к выпускникам Мадридской школы дорог, каналов и портов.

История со скандалом плохо повлияла на репутацию всего Корпуса инженеров путей сообщения, а о выпускниках Мадридской школы дорог, каналов и портов при королевском дворе заговорили с явным пренебрежением.

«Дон Августин де Бетанкур и дон Мануэль Годой были диаметрально противоположными идиосинкразиями, — писал в своей книге Себастьян Падрон Акоста, — Бетанкур, сдержанный, бесхитростный, чуждый мошенничеству, увлечённый только наукой; Годой, напротив, интриган и сладострастник, предатель не только своего короля, но и родины, заботящийся исключительно о собственном преуспевании и эфемерной славе, поэтому они должны были столкнуться между собой».

В 1835 году граф Торено сообщил в своих записках о Мануэле Годое следующее: «Столь скоро протежировал он людей учёных и уважаемых, сколь унижал их». И это была чистая правда. Однако свободный дух Бетанкура никогда не позволял всесильному временщику унижать себя. Бетанкур вращался в высоких аристократических кругах и знал себе цену. По словам исследователя науки и техники Дмитрия Никольского, «он был близок с Карлосом Хосе Гутьерресом де лос Риос-и-Сармьенто, графом де Фернан Нуньесом и герцогом де Монтельяно, сыном знаменитого испанского дипломата, оказавшего неоценимую поддержку молодому учёному в годы его учебы во Франции. Дружил с французского периода с молодым Франсиско де Валенсия-и-Аранда, графом де Кае а Валенсия. Но особо тесная, интимная дружба связывала его с одним из первых грандов королевства, доном Педро Алькантара де Толедо-и-Сальм-Сальм, носящим титул герцога Инфантадо, — аристократом, входившим в число двенадцати самых знатных вельмож, ведших свой род от вестготских королей, имеющих привилегии надеть шляпу раньше, чем ответить королю, и говорить друг другу ты».

Герцог Инфантадо в то время был приближённым наследного принца Фернандо, будущего короля Испании Фернандо VII (1814—1823), и разделял с ним кровную ненависть к Годою, любовнику его матери. Так что Бетанкур был в самом центре дворцовых интриг и легко мог оказаться не только в тюремном застенке, но и на эшафоте.

Одна из причин, по которой Бетанкур покинул Испанию, — это конфликт с Годоем. Через четырнадцать лет после смерти Бетанкура, в 1838 году, уже в эмиграции во Франции, Мануэль Годой в своих воспоминаниях напишет, что Августин де Бетанкур был «прославленным инженером», сделавшим очень много полезного для своей родины.

В 1804 году у Бетанкура родился сын, названный Альфонсо, а тремя годами раньше дочь Матильда. Анна Джордейн рожала с завидной регулярностью, но из всех детей выжили только четверо. Бетанкур обожал их всех, но всё-таки особенно дорога ему была Каролина — её он любил чуточку больше, чем остальных.

В 1805 году Бетанкур снова встретился с русским посланником Иваном Матвеевичем Муравьевым-Апостолом, и тот повторил ему сделанное ещё несколько лет назад предложение графа Румянцева о получении высокой должности в Санкт-Петербурге. Бетанкур снова отказался от заманчивой возможности на очень выгодных условиях поехать в Россию. Втайне он ещё надеялся, что сможет уехать на Кубу и там, подальше от королевского двора, переждать какое-то время, пока в Испании кончится смута.