Летом 1646 г. из Якутска на побережье Ламского моря был послан отряд казаков, состоявший из 40 человек, в числе которых был и Алексей Филиппов. Возглавил отряд десятник Семен Шелковник. В качестве проводника с отрядом шел ламский (охотский) предводитель эвенского племени «аломунский князец Чюна», который ранее приходил на Оймякон и был доставлен в Якутск, где дал ценные показания о р. Охоте.

Путь отряда в основных чертах повторил маршрут Московитина. Перевалив хребет Джугджур, отряд по небольшой речке Сикше спустился к Улье. Казаки срубили зимовье прямо в устье Сикши, название которой связано с обилием на ее берегах ягод шикши, или вороники. До побережья Ламского моря отряд добрался по Улье только весной. В ее устье к Шелковнику примкнули казаки Ермила Васильева, оставленные там Поярковым. От устья Ульи казаки перешли к устью р. Охоты (эвены называли реку Ахоть) и там, сломив сопротивление местных эвенов, в трех километрах от устья поставили острог, где объединенный отряд в составе 54 человек перезимовал.

Вот это зимовье в устье Охоты и стало впоследствии центром, откуда шло освоение всего побережья. И это было не случайно. Устье Охоты расположено в середине низменного участка побережья. В первой половине XVII в. именно этот район был более всего заселен местными племенами. Известно и то, что этот район был богат рыбой. Фактически, это была ключевая позиция на побережье Ламского моря. И вот по мере того, как возрастало экономическое и политическое значение Охотска, как центра огромного края, все чаще и море стали называть Охотским, что и закрепилось в конце концов на географических картах.

В июне 1648 г. отряд из 26 казаков под начальством Ермила Васильева и Алексея Филиппова на построенных в устье Охоты двух кочах вышел в море и направился на восток. Кочи подошли к устью р. Ини и зашли в лагуну, в которую впадает река. Там им пришлось выдержать нападение ламутов. Пять дней провели казаки на Ине, но, заметив, что эвены вновь собираются напасть на их лагерь, ушли в море.

В море суда попали в шторм и поврежденные кочи выбросило на полосу галечникового берега. Когда шторм несколько утих, то казаки, починив суда, снова вышли в море. Они прошли далее на восток мимо Каменного мыса (полуостров Лисянского) и далее за сутки добрались до бухты Мотыклейской (у западного берега Тауйской губы, на побережье которой сейчас расположен г. Магадан). Казаки наблюдали вдалеке острова Спафарьева, Талан и др.

В устье р. Мотыклеи (вернее, их две — Большая и Малая) казаки прожили три года. И здесь мотыклейские эвены отказались добровольно платить ясак. Начались стычки, в ходе которых казаки захватывали аманатов, чтобы заставить эвенов платить ясак.

15 апреля 1649 г. эвены подожгли зимовье, но казаки и на этот раз вышли победителями и захватили много ламутского оружия. Казаки временами голодали, так как эвены мешали им ловить рыбу, надеясь избавиться от пришельцев. Только 15 июля 1651 г. Алексей Филиппов с товарищами возвратились на Охоту.

А там мирные отношения с эвенами налаживались с трудом. Семен Шелковник направил гонца в Якутск и просил прислать на помощь человек 100 казаков, обещая, что если начнут эвены платить ясак, то в «ясачном сборе будет прибыль многая». Новый отряд казаков во главе с Семеном Епишевым был послан на Охоту в июле 1650 г., но добраться до Охотского зимовья посланные сумели только 3 июня 1651 г. Когда кочи Епишева подошли к устью реки, то, по его словам, их встретило до тысячи эвенов, которые преградили казакам путь в реку. Епишев прорвался в Охоту и нашел в фактически осажденном зимовье 20 казаков, исхудалых и больных цингой. Среди них уже не было Семена Шелковника, который скончался еще в 1648 г.

Семен Епишев научил цинготных больных, как приготавливать хвойный настой, принял от целовальника отряда Шелковника собранную за четыре года в качестве ясака «мягкую казну» и продолжил переговоры с «лучшими мужиками» эвенов о добровольной сдаче ясака в дальнейшем. Все это сопровождалось новыми стычками во время походов казаков вверх по рекам Охоте и Кухтую для сбора ясака.

В марте 1652 г. Епишев отправил в Якутск весь собранный ясак, выделив для сопровождения «мягкой казны» отряд из 22 казаков. В его состав вошел и Алексей Филиппов. Там он сообщил о своем морском походе — втором (после казаков Москвитина) документально доказанном плаваниии русских вдоль северного побережья Охотского моря.

А главное, Филипповым была составлена и представлена властям «Роспись от Охоты реки морем итти подле землю до Ини и до Мотыхлея реки и каковы где места, и сколько где ходу, и где каковы реки и ручьи пали в море, и где морской зверь ложится и на которых островах» — первая лоция северного побережья Охотского моря, в которой были описаны берега на протяжении 500 км— от р. Охоты до Тауйской губы (30, с.22). Именно в ней было впервые отмечено наличие у устья небольших рек этого региона перекрывающих их песчаных кос («кошек»). По этой лоции можно определить скорость движения казацких судов на веслах: кочи проходили «своею силою» за день 20–25 км.

В лоции было указано, богата или бедна река рыбой, есть ли на реке туземные становища, и, что особо важно, расположение моржовых лежбищ: «От речки Маши виден моржовый мыс Мотосу, а на нем — лежбища моржей на протяжении двух верст… Много моржей на островах против устья Мотыклеи» (30, с.53).

Филиппов отметил, что на Охотском море возможен «звериный зубной промысел», то есть добыча моржовых клыков. В конце концов промысел «рыбьего зуба» на побережье Охотского моря начался в полной мере. Сейчас можно отметить только печальный факт: в водах Охотского моря не сохранилось ни одного моржа, все они уничтожены из-за добычи ценных клыков. Теперь моржи обитают на Тихом океане лишь у берегов Чукотки, да и там их осталось совсем немного.

Трудно складывалась судьба русского острога на Охоте. В 1655 г. на замену Епишеву был направлен из Якутска боярский сын Андрей Булыгин. Когда он со своим отрядом добрался до устья Ульи, то, к своему удивлению, именно там встретил Епишева. Оказалось, что эвены все же сожгли Охотский острожек и служилые люди все перебрались на Улью. Булыгину пришлось с боем пробиваться вновь на Охоту и ставить там новый острог. В течение всего своего пребывания на Охоте до 1659 г. он продолжал укреплять и защищать этот важный опорный пункт Руси на тихоокеанских берегах.

Вскоре началось изучение и самого северного участка побережья Охотского моря. Из Анадыря в конце зимы 1651 г. отправился на лыжах и нартах на юг к р. Пенжине, впадающей в Пенжинскую губу Охотского моря, отряд известного землепроходца Михаила Васильевича Стадухина. В бассейне Пенжины казаки встретили новый для русских народ — коряков («коряцких людей»). 5 апреля 1651 г. отряд достиг устья р. Алкея (теперь Оклана), правого притока Пенжины. Там стояло укрепленное корякское селение, и казаки овладели им. С большим трудом добывая лес, Стадухин и его казаки построили лодки (вероятнее всего, байдары), годные для плавания по морю. Местные коряки сообщили им, что за морем есть р. Гижига, где и лес есть, и соболя много.

От устья Пенжины Стадухин отправился на р. Гижигу, впадающую в Гижигинскую губу того же моря. Там он поставил острог и перезимовал, отбивая все время нападения воинственных коряков. Правда, до него на Гижиге уже побывал во главе отряда из 35 казаков Иван Абрамович Баранов. Именно последний прошел по притоку Колымы р. Омолон до ее верховьев и перевалил в долину реки, принадлежавшую уже бассейну Гижиги, и по ней спустился к морю. Таким образом, Баранов открыл путь, связывавший Колыму с побережьем Охотского моря.