Работая в Генеральном штабе под руководством В.Г. Куликова и Н.В. Огаркова, Ахромеев много сделал для повышения качества стратегического планирования, оперативности и организованности в управлении войсками (силами) и в целом боевой готовности Вооруженных сил.

Став в 1984 году начальником Генерального штаба, он особенно много внимания уделял повышению эффективности оперативной подготовки, качества учений и маневров, в том числе опытных и исследовательских, заботился об органическом соединении оперативной подготовки и военно-научной работы. За исследование и разработку новых систем автоматизированного управления Вооруженными силами он был удостоен Ленинской премии.

Аттестуя в 1978 году своего заместителя, начальник Генерального штаба Вооруженных сил СССР Огарков писал, что Ахромеев хорошо знает состояние и перспективы развития Вооруженных сил вероятного противника, что этот волевой, решительный генерал ответственности и трудностей в работе не боится.

В должности первого заместителя начальника Генерального штаба Ахромееву пришлось больше всего заниматься делами Афганистана, где он вместе с Маршалом Советского Союза С.Л. Соколовым в короткие сроки выполнил сложнейшую работу по подготовке и вводу войск 40-й армии в Афганистан, оказанию помощи в строительстве афганской республиканской армии, координации военных действий советских и правительственных войск. Он, как всегда, неутомимо работал в высших органах военного управления, плодотворно сотрудничал с нашими дипломатами во главе с Ф.А. Табеевым, часто бывал в самых напряженных зонах боевых действий, проявляя мужество и личную храбрость. По итогам работы в Афганистане Ахромееву было присвоено звание Героя Советского Союза.

У каждого военачальника есть особенности. Ахромеев был сторонником незыблемости армейских устоев, у него была своего рода аллергия ко всякого рода реформаторским подходам, порою даже когда от них уже нельзя было уклониться. На этой почве возникали и определенные противоречия, но в конечном счете он мог и соглашаться, когда новые предложения были жизненными и обоснованными.

Должность начальника Генерального штаба, кроме руководства Вооруженными силами, требовала также большого внимания к военно-политическим делам. С середины 1980-х годов начинался новый этап в жизни нашей страны, небывало активизировались переговорные процессы по сокращению вооружений и международному контролю за военной сферой деятельности. Работа в этой области отнимала много времени, рождала множество конфликтных ситуаций во взаимодействии с Министерством иностранных дел, высшими партийными и правительственными органами, вызывала постоянное нервное напряжение.

Ахромеев вначале с энтузиазмом поддержал некоторые начинания нового генерального секретаря ЦК КПСС М.С. Горбачева, направленные на оздоровление международной обстановки и укрепление стратегической стабильности. Даже когда мы, его соратники, выражали свое несогласие с установками типа: «Война теперь уже не является продолжением политики». Или когда международными договорами ограничивалась деятельность сухопутных войск, но вне всякого контроля оставались военно-морские силы, где США имели огромное преимущество.

Сергей Федорович, будучи человеком дисциплинированным, исполнительным, считал возможным мириться с некоторыми «крайностями» решений нового лидера СССР. Ради того, чтобы не обострять отношений с политическим руководством и сохранить возможность позитивного влияния на него. Он понимал, что многое делается уже неправильно, в ущерб интересам нашей страны, но, будучи сам человеком честным, был уверен, что такими должны быть и другие люди. Маршал Ахромеев наивно полагал, что все это делается по недоразумению, по чьим-то необъективным докладам. Он стремился отрешиться от мысли, что кто-то умышленно действует во вред нашей стране или совершает предательство.

С.Ф. Ахромеев был действительно беспредельно предан Советскому государству и своему народу, верен их традициям. И сколько я его помню, на протяжении многих десятилетий любой разговор на тему о том, что в нашем государстве или Вооруженных силах что-то не ладится, он встречал с протестом и негодованием. В глубине души, возможно, он какое-то неблагополучие сознавал, но было сверх его сил что-то из этого признавать. Такую ортодоксальность не все могут принять. Но несмотря на ее изъяны, все же это более достойно, чем поведение людей, которые колеблются с линией любой партии, приближающейся к власти.

Но по важнейшим вопросам С.Ф. Ахромеев был принципиален и твердо отстаивал интересы страны. Правда, добиться правильных решений не всегда удавалось. Ибо некоторые наиболее важные вопросы решались за кулисами, давали о себе знать всякого рода интриги, и ему не так просто было добиваться принятия и утверждения своих предложений.

Поскольку в последние годы в печати появились обвинения в адрес Ахромеева, будто бы он тоже приложил руку к уничтожению ракет «Ока», которые имели дальность пуска менее 500 км, сошлюсь на такого осведомленного и авторитетного человека, как А.Ф. Добрынин, и его книгу «Сугубо доверительно».

«В апреле 1987 года, — пишет этот заслуженный дипломат, — в Москву приехал госсекретарь США Шульц для переговоров по евроракетам. Горбачев попросил маршала Ахромеева и меня подготовить для него памятную записку с изложенными рекомендациями. Мы это сделали. Ахромеев специально подчеркнул, что Шульц, видимо, будет опять настаивать на сокращении ракет СС-23… и что на это нельзя соглашаться. Ахромеев не случайно настаивал на этом — наши военные знали, что Шеварднадзе был склонен уступить американцам в вопросе о ракетах СС-23 ради достижения быстрейшего компромисса, хотя прямо на Политбюро он так вопрос не ставил, но за кулисами обрабатывал Горбачева.

После длительного разговора Шульц сказал Горбачеву, что он может наконец твердо заявить, что оставшиеся еще спорные вопросы могут быть быстро решены в духе компромисса и что он, Горбачев, может смело приехать в Вашингтон (как это давно планировалось) в ближайшее время для подписания важного соглашения о ликвидации ракет средней дальности, если он согласится включить в соглашение ракеты СС-23. После некоторых колебаний Горбачев, к большому нашему изумлению — Ахромеева и моему, — заявил: “Договорились“. Он пожал руку Шульцу, и они разошлись.

Ахромеев был ошеломлен. Он спросил, не знаю ли я, почему Горбачев в последний момент изменил нашу позицию. Я так же, как и он, был крайне удивлен. Что делать? Решили, что Ахромеев сразу же пойдет к Горбачеву. Через полчаса он вернулся, явно обескураженный. Когда он спросил Горбачева, почему он так неожиданно согласился на уничтожение целого класса наших новых ракет и ничего не получил существенного взамен, Горбачев вначале сказал, что он забыл про предупреждение в нашем меморандуме и что он, видимо, совершил тут ошибку. Ахромеев тут же предложил сообщить Шульцу, благо, он еще не вылетел из Москвы, что произошло недоразумение, и вновь подтвердить нашу старую позицию по этим ракетам. “Ты что, предлагаешь сказать госсекретарю, что я, Генеральный секретарь, некомпетентен в военных вопросах, а после корректировки со стороны советских генералов я теперь меняю свою позицию и отзываю данное уже мною слово?”»