Строительство шло очень быстро под общим руководством стрелецкого полковника Артамона Матвеева, ставшего впоследствии первым советником царя. Он представил в Тайный приказ «Роспись, что надобно на хоромное строение иноземцу Фалентину садовнику в селе Измайлове». Уже упоминавшийся Лутохин был ответственным за строительство «новой каменной риги», а майор Скариков руководил созданием мельниц, прудов, Льняного двора и др. Постоянным приказчиком Измайлова был сокольник Устин Зеленой, но кроме него в вотчине был экстренный главный управляющий — до 1666 года голова московских стрельцов Василий Пушечников, а после него Лутохин.

Вскоре в Измайлове рядом с царским дворцом начались перестройка старых зданий и возведение новых. Покровский собор, деревянная шатровая церковь, в 1671–1679 годах стал каменным пятиглавым храмом с мощными барабанами и главами, с крыльцами, крытыми на деревянный манер «бочками». В декорировании храма широко использовались полихромные изразцы («павлиний глаз» и другие узоры желто-зеленых тонов), ставшие в XVII столетии одним из самых популярных украшений церковного зодчества. На стенах и барабанах глав Покровского собора можно видеть прекрасные образцы «ценинного» искусства знаменитых мастеров Игната Иванова и Степана Полубеса.

Налаженное при Алексее Михайловиче в Измайлове стекольное производство просуществовало до 1709 года. Сохранились изделия измайловского завода, которые производят прекрасное впечатление. Еще в 1656–1657 годах царь поручил своему торговому агенту англичанину Ивану Гебдону «вывести к Москве из Веницеи золы лутчей, в чем скляничные всякие суды делать на хрустальной цвет», прислать «земли, в чем делается веницейское стекло» и «мастеров склянишных самых добрых». Алексей Михайлович, как всегда, долго запрягал, но быстро ехал: только в 1668 году после возведения плотины на реке Серебрянке он приказал строить стекольный завод, который начал функционировать уже в 1669-м. Вначале там работало всего семь человек под руководством мастеров Бориса Иванова и Григория Васильева, но на следующий год приехали «веницейцы» Ловис Моэт, Ян Арципухор, Питер Балтус, Индрик Лерин — немцы, освоившие приемы венецианского стеклоделия, которые теперь начали передавать русским ученикам.

Главной задачей стекольного завода был выпуск изделий «про обиход великого государя». На заводе изготавливались кувшины для воды и цветов, различные «ставцы», ведерки, кружки, кубки, лампадки, подсвечники, чернильницы, мухоловки, сковородки, трости, аптекарские «скляницы», детская «потешная» посуда и др. Разнообразие форм изделий дополнялось разнообразием фактур: «чешуйчатая, витая, сетчетая, клетчатая». Отдельные предметы, в особенности те, которые предназначались для царских подарков, украшались гравировкой и позолотой. В штате завода числились гравировальный мастер Матиас Ульман и «золотописец» Дмитрий Степанов. Опись измайловского стекольного завода, сделанная в 1687 году, дает представление о масштабах производства и ассортименте продукции: «…зеленого стекла… 6 блюд, тарелка, 6 чернильниц. Белого стекла Измайловского… 430 стаканов высоких, крупночешуйчатых, 362 стакана высоких гладких и полосатых, 470 стаканов плоских, 194 стакана плоских гладких… 30 рюмок, 16 чарок, 13 лампад, 9 кадочек, 2 кувшина высоких, 14 стаканов с кровлею, 13 чаш больших, 18 яблок больших, 7 стаканов больших высоких, 13 братинок, 2 фляги, 23 стеклянцы уринных… 9 блюд полосатых, 15 блюд средних, 3 стакана клетчатых…» К тому времени продукция стекольного завода уже вышла на рынок — продавалась в Москве в специальной лавке.

Кроме стекольного завода в Измайлове функционировали также чугунолитейный и полотняный.

Измайловская усадьба должна была выполнять не только хозяйственные задачи, но и «потешные». «Огородным делом» в Измайлове заведовали подьячие М. Ватолин и Ю. Никифоров. Сады были разных видов, размеров и месторасположения. На самом усадебном дворе также имелся сад-огород на террасах, спускавшихся к воде. В зверинцах и охотничьих дворах разводили дичь для царской охоты, содержали царских оленей; в лесах, окружавших усадьбу, устраивали псовые охоты на волка, зайца и кабана. В прудах на притоках реки Серебрянки разводили павлинов, царских лебедей, китайских гусей, уток и других редких птиц. На чертежах пруды изображены как искусно организованные водные пространства с узорчатыми очертаниями. Возможно, при их создании учитывалось, что ими будут любоваться с высоких башен. Некоторые исследователи называют пруды «водными садами». Так, территория при Круглом озере была разгорожена на пять секторов-вольеров, соединяющихся между собой воротами. Каждый сектор имел свой маленький круглый прудик, вокруг которого стояло пять теремков для водоплавающей птицы, скорее всего лебедей, которых в Измайлове насчитывалось несколько сотен. Другой пруд (его местоположение пока не определено) имел в центре островок, рядом находились четыре вольера для птиц, имевшие симметричные строгие очертания.

Написанный собственноручно Алексеем Михайловичем «Чин освящения огородов в Измайлове» доказывает, что даже такой прозаический объект, как поля и «огороды» (сады), был сочтен достаточным поводом для творческой энергии писателя-царя. Сам обряд, продуманный до мелочей, должен был совершаться втайне — отнюдь не из-за скромности масштаба мероприятия, а в связи с глубоким мистическим смыслом, вкладываемым в него царем. Общеизвестно, что глубокие христианские убеждения Тишайшего прекрасно уживались с его суеверием. Царь приказал окропить измайловские поля водой, которую должны были прислать из Троице-Сергиева монастыря. Алексей Михайлович послал туда грамоту: «И ты бы, богомолец наш, сотворил и прислал тайно, никому же поведавше сию тайну, священного масла великого четвертка в сосуде и воды с ног больнишних братий, умыв сам тайно, и воды ис колодезу Сергия чудотворца, отпев молебен у колодезя, три ведра за своею печатью». Царь продумал и осуществил весь обряд освящения: четыре священника по четырем углам сада «святили воду» и «кропили крестообразно», «после того по 10 человек с водою тою, что с ног, кропили в трех местех, а в четвертом 5 человек с вениками…». Царь собственноручно начертил на листе бумаги четыре квадрата с группами людей, совершающих обряд.

Существует архитектурный проект времен Алексея Михайловича, называемый «Потешные палаты с садом», который, возможно, был частично осуществлен в Измайлове. Примечательно, что помимо садов с плодовыми деревьями, кустарниками, душистыми травами и цветами, а также сада-«вавилона»[21] планировалось создание четырех Потешных палат и дворов. Одни палаты предназначались для гостевого летнего дворца, другие планировалось использовать как смотровую площадку для обозрения «вавилона» и окрестностей (в одном из этих парадных многоэтажных сооружений мог предполагаться и театральный зал), третье здание предназначалось для содержания птиц, наконец, последнее здание на плане соответствовало конюшне. И хотя сохранившиеся описи Измайлова 1701 года не содержат упоминаний о Потешных дворах с садом-«вавилоном», сама масштабная затея, предусматривавшая различные формы развлечения царя и придворных, многое говорит об интересах Алексея Михайловича.