Царский зверинец, существовавший еще во времена Ивана Грозного, при Алексее Михайловиче не только пополнился, но и изменился качественно: в него попадали и пойманные в загородных лесах звери, и животные, привезенные из дальних стран в дар русскому царю; кроме того, к зверинцу примыкало несколько птичьих дворов с редкими видами пернатых (павлинами, пеликанами и др.), а также водоплавающими птицами, среди которых особенно много было лебедей. В созданном по указу Алексея Михайловича в Измайлове зверинце (Яков Рейтенфельс в 1672 году определил его как «лес, обнесенный забором и наполненный стадами различных животных») содержались лоси, олени, дикие козы, сайгаки, джейраны, яки («китайские коровы»), зубры, ослы, мулы. Были там и лев с львицей, подаренные персидским шахом, а также тигры, леопарды, барсы, рыси, медведи, волки, лисицы и др. Иностранцы в своих записках часто упоминали увиденных в Измайлове диковинных зверей; в частности, Корб удивлялся невероятной величине содержавшегося там белого медведя. Медведи участвовали в ряде старинных потех — отбивались от собак, боролись с охотником, вооруженным рогатиной, и пр. Поражали воображение иностранцев слоны, обезьяны и другие экзотические животные, попавшие в Россию в качестве подарков русскому правителю.

Измайлово, центром которого был государев двор на насыпном острове, стало любимым местом отдыха всего царского семейства. Особенно радовались возможности совершать прогулки по его садам кремлевские затворницы.

Значение другой загородной усадьбы, Коломенского, резко возросло после постройки в конце 1660-х — начале 1670-х годов великолепного деревянного дворца под руководством стрелецкого головы Семена Петрова и плотничьего старосты Ивана Михайлова (дворец был частично перестроен в 1681 году Саввой Дементьевым «с товарищами»). Если Измайлово царь рассматривал как свою образцовую вотчину, где проводились сельскохозяйственные опыты, выращивался урожай и создавались барочные сады, то Коломенское, использовавшееся ранее для любимой потехи царя — соколиной охоты, было избрано им в качестве парадной резиденции. Сохранившиеся модели и изображения дворца, архивные данные, а также восторженное описание его в стихах, оставленное Симеоном Полоцким, позволяют представить «восьмое чудо света», как назвал его поэт, практически во всех деталях. Коломенский дворец во многом повторял Кремлевский дворец Алексея Михайловича: во внешнем и внутреннем убранстве использовались те же мотивы и аналогичные материалы. Так, роспись потолочной подволоки Столовой палаты копировала любимые царем «небесные беги» в кремлевских покоях. В росписях хором использовались мотивы двуглавого орла, гербов разных государств, трав и цветов, почерпнутые опять-таки из росписей Кремлевского дворца. Резьбу по дереву делали мастера из Нового Иерусалима, повторяя хорошо известные им орнаменты.

Общеизвестно особое пристрастие царя к скульптурам львов разных размеров, выполненным из различных материалов. Алексей Михайлович указывал помещать подобные фигуры везде, где только можно: каменные львы подпирали колонны «Львиных ворот» Потешного дворца в Кремле, а на одной из каменных плит, украшавших ворота, была вырезана сцена: Самсон, сидящий верхом на льве, раздирал ему пасть. Выточенные из дерева львы украшали многие деревянные постройки в царских усадьбах. Скульптуры львов были и в Преображенском, а также, возможно, и в других царских загородных резиденциях. Поэтому неудивительно, что «рыкающие» львы, снабженные механизмом, приводящим в движение их глаза и пасти и имитирующим рычание, были помещены в Коломенском сразу в двух местах: выполненные из меди звери, оклеенные для большей достоверности бараньими шкурами, восседали перед царским троном в деревянном дворце, как бы исполняя некую охранную миссию; четыре или восемь подобных фигур «сторожили» Передние ворота царского двора (весь второй ярус воротной проездной башни был отведен под «органную палатку» — механизм, издававший львиное рычание, выполненный мастером Петром Высоцким).

В росписи царицыных комнат были включены сюжеты из библейской книги Есфири, главная героиня которой, возможно, ассоциировалась с молодой царицей Натальей Нарышкиной. В круглых щитах над крыльцами царских хором помещалось новомодное европейское украшение — аллегорические изображения Европы, Азии и Африки.

Деревянный дворец Алексея Михайловича производил сильное впечатление на царских гостей, в особенности на иностранцев. Послы, посланники и резиденты европейских государств не раз бывали там. Яков Рейтенфельс писал: «Коломенский загородный дворец… кроме прочих украшений, представляет достойнейший обозрения род постройки, хотя и деревянной, так что весь он кажется точно только что вынутым из ларца, благодаря удивительным образом искусно исполненным резным украшениям, блистающим позолотою». Кстати сказать, уникальную горельефную и сквозную ажурную резьбу по дереву на фасадах и в интерьерах коломенского дворца выполняли белорусские мастера: монах Арсений, Клим Михайлов, Давыд Павлов, Андрей Иванов, Герасим Окулов и Федор Микулаев.

По мере изменения интересов государя сменялись и излюбленные места его летнего отдыха. Так, в 1657 и 1660 годах царское семейство провело лето в селе Покровском, а лето 1662 года — уже в Коломенском, в 1666 и 1667 годах — в Преображенском и Воробьеве, которым отдавалось предпочтение и в последние годы жизни государя.

Следующий царь, Федор Алексеевич, также очень любил село Воробьево, где подолгу жил в теплое время года. Оттуда он ездил в другие загородные усадьбы — Коломенское, Преображенское, Покровское, а также в «новое государево село Воскресенское», где в последний год своей жизни начал обустраивать церковь Воскресения Христова и заказал для иконостаса деисусный и праздничный ряды «за тридцать за два рубли».

Измайлово нравилось молодому государю, по-видимому, в первую очередь его замечательными садами. В 1678 году по указу царя там началось строительство примыкавшей к дворцу домовой церкви Иоасафа царевича индийского с восьмиярусным иконостасом. Древняя притча о пустыннике Варлааме и царевиче Иоасафе, созданная в Индии или Центральной Азии, распространилась по всему свету с первых веков христианства, на Руси стала известна еще в XII столетии, а в XVII веке книга была напечатана Симеоном Полоцким в Верхней типографии. В ней повествуется о том, что астрологи предсказали долгожданному наследнику индийского царя Авенира будущность великого христианского подвижника, поэтому идолопоклонник-отец запер сына во дворце, но пустынник Варлаам проник туда под видом купца и рассказал юноше о христианстве. Под влиянием мудреца Варлаама царевич покинул дворец и стал его спутником в пустыни до самой смерти учителя, а спустя 35 лет аскетической жизни закончил свои дни, завещав похоронить себя в построенном им храме вместе с Варлаамом, после чего на могиле пустынников происходили многочисленные чудеса и исцеления. Вероятно, Федор Алексеевич очень любил эту повесть, раз посвятил домовый храм в Измайлове ее персонажу. По-видимому, другие члены царского семейства разделяли его мнение; к примеру, в театре царевны Натальи Алексеевны шла пьеса, написанная по мотивам повести. Не случайно в 1680 году в измайловском храме прозвучали стихи Симеона Полоцкого на сюжет повести о Варлааме и Иоасафе — царский учитель Симеон ассоциировался с мудрецом-пустынником Варлаамом, просветившим царевича Иоасафа, в роли которого, надо полагать, видел себя юный государь.