После присоединения Крыма к России многие татары стали покидать полуостров и переселяться в Турцию. Для освоения края были нужны рабочие руки, поэтому наряду с официальным разрешением и выдачей всем желающим соответствующих документов (паспортов) администрация стремилась удержать как можно больше жителей на занимаемой территории. Отмечаемый отток населения имел и еще одну важную причину, связанную со специфическим источником пополнения количества жителей в прежние времена — каждый год в Крым приводили пленных христиан, так называемый ясырь. Так, например, в результате набега Бахти Гирея летом 1717 г. татары разорили Пензенский, Саратовский, Саранский, Верхний и Нижний Ломовские уезды и взяли в плен около 18 000 человек. Крым в XVIII столетии был крупнейшей перевалочной базой работорговли, и там использовался рабский труд пленников. Естественно, когда этот специфический демографический источник был истреблен, количество населения на полуострове уменьшилось. Крымские мурзы очень возмущались тем, что по распоряжению Потемкина должны были освободить христианских пленников. Население полуострова начало уменьшаться еще до присоединения его к России. Это было связано с военными потерями, чумой, свирепствовавшей во время войны, и, наконец, с «замешательствами» после отделения Крымского ханства от Оттоманской империи. Жители разных национальностей, в том числе и татары, в трудные времена искали пристанища в России или Турции, перебирались за Кубань.

Переселение из внутренних областей России и приглашение на жительство иностранцев началось несколько позднее, а пока, заботясь о сохранении спокойствия в Крыму, Потемкин писал Суворову 1 июля: «По присоединении ныне народа татарскаго к державе Е[я] и[мператорского] в[еличест[ва] крайне нужно дать оному чувствовать все выгоды теперешняго его состояния». В связи с этим князь настоятельно рекомендует: «строго наблюсть, чтобы наши обращались с ними ласково и благосклонно, так как с собратиями своими и с верными Ея величеству подданными. Да не дерзнет никто безпокоить их в местах их пребывания под жестоким за то наказанием; но жесточайшему подвергнется, яко мятежник церковный, кто осмелится пренебречь уважение к священным их местам и нарушить молитвы мусульманов. Некие недоброхоты разсевают между ними, будто они переселены будут невольно в другие страны. Дайте знать народу несообразность таких плевел и уверте их, что сии известия, а равно и о рекрутском с них наборе совсем ложны и неосновательны, и что под высочайшею Е[я] и[мператорского] в[еличест[ва] державою будут они наслаждаться прямым благоденствием и тишиною».

Этот ордер Суворову можно назвать программным заявлением Потемкина в отношении к татарскому населению. Соответствующие указы гарантировали свободу вероисповедания, религиозные центры сохранялись, Потемкин даже восстановил «сороковину» — налог, который население платило мусульманскому духовенству до отмены ее Шагин Гиреем. Работая в Синоде и выступая опекуном «инородцев»-мусульман в Уложенной комиссии, Потемкин сумел понять характерные особенности приверженцев мусульманской веры. Бережное отношение к чужой вере, соблюдение прав татарской знати, привлечение местных жителей при создании органов местного управления — проведение такой политики, определенной Потемкиным, привело к достаточно бесконфликтному вхождению и дальнейшему развитию Крыма в составе Российской империи; это дало возможность с первых дней приступить к районированию и хозяйственному освоению крымских территорий. В то время как в центральных районах Российской империи усиливалось крепостничество, здесь, в пограничной области, укреплялась особая форма помещичьего землевладения, основанная в значительной мере на обычае, который со временем перешел в договорные отношения и вольный наем.

С целью показать крымским татарам, что правительство лояльно и уважительно относится к представителям мусульманской веры, Потемкин в 1785 г. послал таврического чиновника Велшаха-мурзу в Казань, «чтобы видеть образ жизни и благоденственное пребывание татар казанских». В письме к графу И.А. Остерману он просит «ознакомить ево с лучшими из магометан казанских и дать ему способ видеть жизнь и преимущества, которыми пользуются татары внутри России, при свободном отправлении своей религии. Я не сумневаюсь, что житель таврический в бытность свою у вас удостоверится в спокойном и безбедственном пребывании своих единоверцев, и будет иметь объявить при возвращении своем в Тавриду».

При всех призывах к лояльности Потемкин был реальным политиком и понимал, что при сохранении в Крыму большинства татарского населения и оппозиционных сил возможно иное развитие ситуации и сохраняется опасность возмущений и сопротивления, что значительно осложнит ситуацию на юге и положение Российской империи на международной арене. В одном из писем к Екатерине он открыто высказывался: «Сей полуостров еще будет лутче во всем, ежели мы избавимся татар на выход их вон. Много можно обрести способов. Ей-Богу, они не стоят земли, а Кубань для них жилище пристойное».

С чувством выполненного долга Потемкин уже 16 июля 1783 г. пишет императрице о первых предпринятых им шагах по топографическому описанию Крыма, просит о льготах крымским жителям, советует императрице ассигновать средства на содержание мечетей, школ и фонтанов, «дабы угодить магометанам». Особый восторг вызывает у князя необыкновенное плодородие почв: «Теперь только могу доложить, что редко можно найти так плодородную землю: нонешний год не в силах будут всего урожая убрать». Подробное описание Крыма должно было послужить основанием к введению там губернского управления в соответствии с российскими законами.

Сложным и напряженным временем стал для Потемкина 1783 г. Кроме забот о политическом устройстве присоединения Крымского полуострова к Российской империи его мучили жестокие южные лихорадки, подрывавшие и так слабое здоровье князя. Это очень заботило Екатерину, она в каждом письме спрашивала: как он себя чувствует? прошла ли лихорадка? 23 сентября Потемкин сообщал императрице, что поспешил уехать из Кременчуга в Нежин, спасаясь из города, «наполненного лихорадками». «Едва в неделю довезли меня до Нежина, — пишет князь, — и здесь принужден я несколько дней остаться, чтоб собрать остатки ослабевших сил своих и укрепиться на дальнейший путь, которого я уже продолжать не мог. Не знаю, всемилостивейшая государыня, чем кончатся мучения мои, но между тем все дела и войски, всевысочайше мне вверенные, так распоряжены, что не учинил я и не учиню никакого по оным упущения, и коль скоро получу облегчение, то и на службе Вашего императорского величества». Даже в болезни Потемкин заботился о выполнении повелений своей монархини, жил государственными интересами. В ответ обеспокоенная Екатерина просила своего верного и преданного наместника беречь себя: «Бога прошу, да сохранит дни твои и даст тебе силы душевные и телесные. Мне чрезвычайно печально твое состояние… Ничему так не дивлюсь, как в крайней болезни скачешь. Тем болезни умножаешь. Больному покой нужен», — увещевает государыня проявляющего излишнее рвение Потемкина.

Признание Портой присоединения Крыма к России последовало только через восемь с лишним месяцев. До тех пор положение в Крыму было чрезвычайно напряженным. Как видно из ордера Потемкина на имя командовавшего войсками на Крымском полуострове генерала Де Бальмена, опасность со стороны Турции оставалась: «Неизвестно еще, на что решится сия держава, получа известие о присоединении области Крымской к России, а потому и нужно поставить себя во всю военную осторожность ».