Право Совнаркома закрывать буржуазные газеты в условиях гражданской войны, начавшейся после октябрьского переворота, отстаивали Аванесов, Троцкий и Ленин. Они солидарно выступали о том, что только ограничения на оппозиционную печать могут лишить буржуазию тех преимуществ, которые ей дают деньги. Малкин и Карелин от левых эсеров доказывали, что «большевистские максималисты» исповедуют «готтентотскую мораль», еще недавно требуя свободы печати для себя, но отказывая в этом своим оппонентам. По их мнению, социализм нельзя ввести штыками, он должен опираться на жертвенную поддержку рабочих и крестьян, а не на репрессии: «вы обесцениваете социалистическое движение, вы лишаете его внутренней и моральной силы» – упрекали они Ленина и Троцкого.

Однако 34 голосами против 24 прошла большевистская резолюция, оставлявшая за СНК право на закрытие газет. Принятие такого решения подтолкнуло левых эсеров сделать заявление о том, что они выходят из ВРК, из Штаба и со всех ответственных постов. Вслед за ними, Ногин сделал заявление от имени группы народных комиссаров о том, что СНК встал на путь «сохранения чисто большевистского правительства средствами политического террора», за который умеренные большевики не хотят нести ответственности, а потому выходят из правительства. Это заявление произвело эффект разорвавшейся бомбы, ведь за пределами большевистского руководства не было до сих пор известно ничего о глубине раздиравших его противоречий. Теперь же раскол стал очевидным. Также как и то, что по целому ряду вопросов оппозиция в большевистской партии сходилась во взглядах с левыми эсерами, последними кто еще мог войти в коалицию с большевиками.

Левые эсеры попробовали развить наступление и зачитали официальный запрос на имя Ленина, в котором поставили два вопроса: «на каком основании проекты декретов и иных актов не представляются на рассмотрение ЦИК» и «намерено ли правительство отказаться от произвольно установленного ими совершенно недопустимого порядка – декретирования законов». «Так – пишет Александр Рабинович – инициатива Ларина очень скоро переросла во второй острый институциональный конфликт между ВЦИК и Совнаркомом по поводу властных полномочий, а также в прямую конфронтацию по этому вопросу между умеренными большевиками и левыми эсерами, с одной стороны, и большевиками-ленинцами – с другой».

Ленин ответил, что левым эсерам было предложено войти состав Совнаркома, и получить доступ к выработке практической политики, но они отказались. Троцкий добавил, что дело не должно сводиться к вопросу о формальной подотчетности правительства перед ВЦИК, что в отличие от буржуазного парламента, «у нас нет формальных гарантий, но у нас есть реальная возможность проявления своей власти. Вы можете в любой момент отозвать Народных Комиссаров. Вы можете фактически тем самым осуществить свой контроль». Таким образом, Ленин и Троцкий предлагали свести вопрос об ответственности правительства к вопросу о доверии ему. А уступки требованиям левых эсеров увязывали с их вхождением в правительственную коалицию с большевиками.

Впрочем, были и конкретные уступки. Например, Ленин признался, что «о приказе Муравьева Совет Народных Комиссаров узнал лишь из газет», и фактически признал законным отмену этого приказа ВЦИКом.

В итоге, очень незначительным большинством (25 против 23, затем при поименном голосовании 29 против 23) была принята резолюция, предложенная Урицким, и признававшая за СНК право «издавать без предварительного обсуждения ЦИК неотложные декреты в рамках общей программы Всероссийского Съезда Советов» и оставлявшая за ВЦИК «общий контроль над деятельностью Совета Народных Комиссаров и возможность сменять правительство или отдельных членов его». Представители внутрипартийной оппозиции в РСДРП(б) не голосовали или как, например Рязанов, воздержались. Когда в конце заседания Ленин вновь предложил одному из левоэсеровских лидеров, А. Колегаеву стать наркомом земледелия, Малкин ответил, что «наша фракция могла бы принять это предложение» при нескольких условиях, включая немедленное аннулирование декрета о печати и прекращение политики репрессий. Цена компромисса была обозначена.

С другой стороны, внутрипартийная оппозиция в самой большевистской партии дала настоящий бой по вопросу о коалиции с умеренными социалистами, но сформулировать общей платформы по вопросу о репрессивной политике, по декрету о печати и в отношении подотчетности СНК перед ВЦИК так и не смогла. Критика партийного руководства по этим вопросам оставалась как бы второстепенной, на ней сосредотачивались лишь отдельные деятели.

Помимо Рязанова и Ларина, среди них нужно назвать Лозовского, который на совещании большевистской фракции ЦИК выступил с очень эмоциональной речью, в которой он предварял каждый пункт обвинения рефреном: «Во имя партийной дисциплины, я не могу молчать». Лозовский обвинил руководящую группу ЦК в потворстве репрессиям (Приказ № 1 и т. д.), в подавлении инакомыслия (декрет о печати), в безответственности правительства. Но ни Каменев, ни Ногин, ни Рыков, ни Зиновьев, ни тем более Шляпников по всем этим вопросам ленинское руководство не критиковали.

Разгром внутрипартийной оппозиции в РСДРП(б) на время снизил накал внутрипартийной дискуссии. С другой стороны, большевистское руководство пошло навстречу некоторым требованиям внепартийной оппозиции. Так, уже 8 ноября Совнарком официально вынес на обсуждение ВЦИК целый ряд важнейших вопросов. Перед делегатами выступили с отчетом народные комиссары Луначарский, Троцкий, Менжинский, на голосование были вынесены важнейшие правительственные акты. Это стало явной уступкой в отношении требования восстановить реальную подотчетность правительства перед ВЦИК. Практика контроля ВЦИК над действиями правительства получила и дальнейшее продолжение. Причем, большевики учитывали и интересы других фракций, особенно, левых эсеров. Так, 9 ноября был удовлетворен протест ПЛСР по поводу того, что Известия опубликовали только список кандидатов в Учредительное собрание от большевиков.

Ленин подчеркивал, что его правительство отвечает перед Центральным исполнительным Комитетом и открыто для конструктивной критики. «Здесь не может быть речи о том, можно или нельзя позволить себе резкой критики, эта критика составляет долг революционера и Народные Комиссары не считают себя непогрешимыми» – говорил он 10 ноября. Когда левые эсеры предложили принять резолюцию о том, что мирные переговоры с немцами есть прерогатива ЦИК, Володарский возразил, что «Мы знаем, что Совет Народных Комиссаров не делает ни одного шага против воли ЦИК», а потому принятие таких резолюций излишне. На каждом заседании обсуждались проекты ключевых реформ, будь это отмена сословий, декрет о суде или смещение верховного главнокомандующего. Демонстративная лояльность СНК по отношению ко ВЦИКу во многом сняла противоречия. Даже Каменев и Ленин – главные оппоненты в недавнем внутрипартийном конфликте достигали на заседаниях ВЦИКа компромиссы друг с другом.

Важнейшей вехой в истории взаимоотношений Совнаркома и высших советских органов стало создание объединенного ВЦИК рабочих, крестьянских и солдатских депутатов. Это стало возможным после проведения Второго (чрезвычайного) Всероссийского съезда крестьянских депутатов, который открылся в Петрограде 11 ноября.

История Второго крестьянского съезда сложна и запутана. С самого начала он созывался в условиях острого раскола между левыми и правыми эсерами, двумя наиболее влиятельными среди крестьян партиями. На открытии съезда присутствовало около 260 делегатов с решающим голосом при кворуме в 790. К 18 ноября число участников выросло до 330. Принимая упреки в нелегитимности съезда, Мария Спиридонова заявила, что «мы не можем назвать себя правомочным съездом; но мы можем назваться чрезвычайным и перейти со слов к действиям».