Василия Шуйского поляки держали в тесной камере над воротами замка. К нему не допускали ни братьев, ни русских слуг. Дмитрий Шуйский жил в каменном нижнем помещении. 12 сентября 1612 г. Василий умер, пять дней спустя умер его брат Дмитрий. Поляки объявили, что князья Шуйские умерли естественной смертью. Однако факты говорят об умышленном убийстве братьев. Василию Шуйскому едва исполнилось 60 лет, а Дмитрий был на несколько лет его моложе. Тела покойных похоронили тайно, и никто не знал, где находятся их могилы.

Младшего брата Ивана поляки пощадили, он говорил позже: «Мне вместо смерти наияснейший король жизнь дал». Ивана Шуйского ждала судьба таинственного узника. Он должен был забыть свое имя и происхождение. Отныне он звался Иваном Левиным. Расходы на его содержание составляли три рубля в месяц, имевшиеся при нем дорогие вещи были отобраны в королевскую казну.

Слухи об убийстве братьев Шуйских достигли России. Московские летописцы нисколько не сомневались, что братья Шуйские погибли в Литве «нужной» (насильственной) смертью.

В 1619 г. князь Иван Иванович Шуйский при обмене пленных возвратился в Россию. Там он вступил в брак с княжной Марфой Владимировной Долгоруковой, родной сестрой первой жены царя Михаила Федоровича. Увы, его брак, как и у его братьев Василия и Дмитрия, был бездетным. Иван занимал довольно видное место при дворе и заведовал Московским судным приказом. За что-то он получил прозвище Пуговка. Умер И. И. Шуйский в 1638 г. На нем пресекся знатный род Шуйских.

Останки царя Василия, его жены и брата в 1620 г. были перевезены в Варшаву и торжественно погребены в католической часовне. На месте этой часовни игрою случая в XIX веке была построена православная церковь. В 1635 г. после заключения Поляновского мира король Владислав отослал останки Василия, его жены и брата в Москву Там Василий и Дмитрий Шуйские были окончательно погребены в усыпальнице московских правителей — Архангельском соборе.

Взятие Смоленска и триумф короля в Варшаве убедили подавляющее большинство панства, что Москва окончательно покорена. Коронный вице-канцлер Феликс Крыский заявил в Варшаве: «Глава государства и все государство, государь и его столица, армия и ее начальники — все в руках короля».

Однако победа не только не способствовала усилению королевской власти в Польше, наоборот, участники недавно подавленного рокоша Гербут, Стадницкий и другие начали готовить очередной мятеж. Они вошли в переписку с Гавриилом Баторием, племянником знаменитого польского короля Стефана Батория, и пригласили его занять польский престол.

Между тем польский гарнизон в Москве оказался в очень сложном положении. Поляки и их сторонники типа Федора Андронова окончательно разграбили царскую казну. Денег и драгоценностей было в избытке, но их нельзя было есть. Как писал Конрад Буссов, сидевший в Кремле вместе с поляками, «из спеси солдаты заряжали свои мушкеты жемчужинами величиною с горошину и с боб и стреляли ими в русских… Польские солдаты полагали, что если только они будут носить шелковые одежды и пышности ради наденут на себя золото, драгоценные камни и жемчуг, то голод не коснется их. Хотя золото и драгоценные камни имеют замечательные свойства, когда их обрабатывают chimica artr [химически], но все-таки они не могут насытить голодный желудок. Через три месяца [после прихода Ляпунова] нельзя было получить за деньги ни хлеба, ни пива. Мера пива стоила 1/2 польского гульдена, то есть 15 медных грошей, плохая корова — 50 флоринов (за такую раньше платили 2 флорина), а караваи хлеба стали совсем маленькие. До сожженных погребов и дворов, где было достаточно провианта, да еще много было закопано, они уже не могли добраться, ибо Ляпунов отнял у поляков Белый город. Благодаря этому московитские казаки забрали из сожженных погребов весь оставшийся провиант, а нашим пришлось облизываться. Если же они тоже хотели чем-нибудь поживиться, то должны были доставать это с опасностью для жизни, да и то иногда не могли ничего найти».

Ополчение Ляпунова не имело сил для штурма Китай-города и Кремля, имевших мощные каменные укрепления. У ополчения не было достаточного числа осадных орудий, способных разрушить стены. Да и моральный дух войска был слишком низок, чтобы идти на штурм и нести большие потери. Поэтому русские ополченцы решили взять поляков измором, а пока занялись решением политических проблем.

Наиболее важной проблемой было командование ополчением. В нем практически не оказалось знати. Среди руководителей ополчения были два боярина — Дмитрий Трубецкой и Иван Заруцкий, но боярство их было липовое: в бояре их произвел Тушинский вор. Прокопий Ляпунов имел более низкое звание — думный дворянин, но он получил его законным путем. По уму и энергии Ляпунов существенно превосходил обоих «тушинских бояр». После долгих споров решено было сделать главными воеводами ополчения всех троих. Такое решение существенно ослабило ополчение как с военной, так и с политической точки зрения.

В апреле 1611 г. Ляпунов, Заруцкий и Трубецкой привели ополчение к присяге, в которой говорилось: «Стоять заодно с городами против короля, королевича и тех, кто с ними стакнулся; очистить Московское государство от польских и литовских людей; не подчиняться указам бояр с Москвы, а служить государю, который будет избран землей».

В ополчении возник постоянно действующий Земской собор. Собором было выбрано «правительство», которое, естественно, возглавили три главных воеводы ополчения. В противовес бездействующим московским Приказам при ополчении были созданы свои Приказы (нечто вроде современных министерств).

Власть «подмосковного правительства» признали 25 городов, в том числе Нижний Новгород, Ярославль, Владимир, Переславль-Залесский, Ростов, Кострома, Вологда, Калуга и Муром.

К сожалению, ни Земский собор, ни «правительство» не смогли не только предложить достойного кандидата на московский трон, но даже определить порядок избрания царя.

Прокопий Ляпунов оказался в чрезвычайно сложном положении. Он прекрасно понимал, что его, простого рязанского дворянина, никогда не выберут в цари. Выбирать на престол кого-нибудь из бояр, сидевших в Москве, то есть фактических врагов ополчения, не хотели ни Ляпунов, ни большинство ополченцев.

Трубецкой активно лез в цари, но ему тоже не хватало знатности, да еще не было ни ума, ни способностей. К трону рвался и «боярин» Заруцкий. Лихой казак хотел получить шапку Мономаха через постель. Заруцкий поселил свою «подругу» Марину Мнишек в Коломне и часто наведывался к ней. Свою же законную супругу «боярин» упек в монастырь. Заруцкий понимал, что агитация за себя самого или даже за Марину вызовет возмущение ополчения. Поэтому он через подставных лиц начал агитировать за «воренка» Ивана, сына Марины и Тушинского вора.

Узнав о планах Заруцкого, патриарх Гермоген немедленно разразился «обличениями». Он написал несколько грамот к воеводам ополчения, чтобы они не выбирали на царство «проклятого Маринкина паньина сына». На всякий случай патриарх продублировал это предостережение в грамотах в Нижний Новгород, Казань и другие города, добавив призыв «отвергнуть воренка». если казаки выберут его на царство «своим произволом».