Значительный прирост населения сопровождался его концентрацией в городах и портах, в то время как количество населения в деревнях оставалось практически прежним. Подавляющее большинство японцев проживали в деревне и в небольших городах. Только после Русско-японской войны количество горожан стало постепенно превышать количество сельских жителей.

Изменения, происходящие во всех слоях общества, повлияли и на представителей разных профессий, в том числе на бродячих ремесленников. Среди них были лакировщики, кровельщики, плотники, оружейники, каменщики, которые в большинстве случаев выполняли заказы крестьян, храмов или местных помещиков. Им приходилось постоянно переезжать, так как, если они ограничивались только поставками продукции в деревню, их заработка не хватало на пропитание. Но из-за непрерывного роста населения заказов у ремесленников становилось все больше, и те, кто не имел постоянных клиентов среди монастырей и замков, предпочитали оседать в определенных городских кварталах. Они становились торговцами, занимающимися продажей собственной продукции, и, бывало, достигали известного благополучия, в то время как те из ремесленников, которые все же предпочитали бродячую жизнь, обыкновенно разорялись. Большинству из них приходилось наниматься на работу к своим более успешным городским коллегам.

Следствием этого стал явный упадок мастерства, так как художественное воображение ремесленников уступило место банальному удовлетворению вкуса клиентов их хозяина. Создавались многочисленные мелкие предприятия, работники которых носили хаори (короткая куртка, также называемая сирусибантэн), на которой было написано имя хозяина предприятия. Хотя положение ремесленников не было таким тяжелым, как положение рабочих на заводах, но и они много потеряли в своем таланте и сноровке.

Если раньше подмастерья постоянно жили при наставнике и сами становились мастерами только после длительного периода обучения, то теперь ремесленники сами открывали мастерские, и период обучения сильно сократился. Сократились и шансы подмастерьев открыть собственное дело, и им все чаще приходилось идти в наемные рабочие. И в деревнях, и в городах «эпоха просвещения» как таковая коснулась населения только больших старинных городов вроде Токио, Киото или Осаки или же совсем новых, таких, как Йокогама. Те, кто безоговорочно принимал все нововведения, предлагаемые современностью, считались прогрессивными людьми, превосходящими тех, кто отказывался от них, что усиливало и без того значительное разделение народа и мыслящей элиты.

Итак, модернизация, доходящая иногда до крайности в своих проявлениях в начале эпохи Мэйдзи, подвергалась жесткой критике, поскольку она приносила выгоды определенным слоям общества в ущерб другим. Токийская газета «Минкан-дзасси» (Народная газета) писала: «Национальная экономическая политика заботится о зарплатах иностранцев и чиновников, о строительстве каменных домов под офисы и школы, в которых будут учиться будущие государственные деятели. Похоже, что цель состоит в том, чтобы, собрав плоды сельского труда, вырастить цветы для Токио. В столице сверкают стальные мосты, по которым движутся упряжки с лошадьми, а деревянные мосты провинций так стары, что ими уже нельзя пользоваться. В Кёбаси (центральный район Токио) цветут вишни, а поля страны заросли сорняками. Из городских магазинов выплывают облака аромата, но лучше бы вместо курений там продавали печи для фермеров. Пора прекратить делать ставку на Токио и обратить внимание на сельскохозяйственные районы».

Одновременно с увлечением западным образом жизни и всем «европейским» повсеместно возникало, часто стихийно, антиевропейское движение, так что в некоторых провинциях создавались лиги, бойкотирующие иностранные товары. Все это только подливало масла в огонь того противостояния города и деревни, которое и так уже было явным.

Прежний «дух деревни» глубоко укоренился в сознании как горожан, так и крестьян, так что чиновники, да и не только они, старались осесть в тех городских кварталах или в тех деревнях, где на них не смотрели бы как на чужаков. Иначе им, к примеру, не позволили бы участвовать в местных праздниках религиозного или светского характера. Чувство клана было очень явным, даже если членов одного сообщества разделяло порядочное расстояние. В городах рабочие, происходящие из одного рода или из одной провинции, ночевали в общих спальных бараках, не допуская туда «чужих». А в деревне жители ждали возвращения своих соседей, сумевших устроиться в городе, в расчете на то, что они помогут улучшить условия жизни. Эта привязанность к корням не исчезла и по сей деньги большинство горожан с нежностью относятся к родной деревне, в которой еще живут их родители.

Реорганизация административного деления городов и деревень, которая проходила в несколько этапов, существенно изменила структуру общества, прежде всего из-за скорости, с которой она была произведена, и сумятицы, которую она внесла в умы. Старая система была упразднена в 1868 году, и страну разделили на вотчины (хан), префектуры (кэн) и метрополии (фу). В 1871 году к этому делению добавились районы (тсу), включавшие четыре-пять городов (тё) или же шесть-семь деревень (cow); затем вотчины заменили шестьдесят шесть префектур, количество которых впоследствии сократилось до сорока трех. В следующем году вместо административных органов в деревнях появилась новая администрация главы округа, назначаемого государством. Позже, в 1878 году, ввели новое административное деление на графства (гун), включающие районы (тсу), города (те) и деревни (сон), во главе которых стояло должностное лицо, назначаемое правительством. Эта новая система стремилась привести в соответствие старые и новые условия. Города и деревни сохранили свои прежние названия, но число местных руководителей сократилось за счет увеличения числа глав графств. Наиболее мелкие административные единицы были лишены финансовой независимости; новые налоговые законы предполагали, что большая часть собственности, принадлежавшей бывшим деревням и пригородам, станет собственностью префектуры. Кроме того, организация местных народных собраний, зависящих от разрешения префектуры, постоянно пересматривалась (в 1881, 1882 и 1883 годах) и, вместо того чтобы позволить народу принять участие в административных делах, имеющих к нему прямое отношение, стремилась отодвинуть их, поскольку они всегда были в той или иной степени связаны с набиравшим обороты движением за права людей. Итак, после установления того, что отдаленно напоминало местную автономию, правительство начало выпускать ограничения, которые сделали из этих общественных собраний послушный инструмент для проведения национальной политики, и их деятельность ограничилась определением того, как лучше применять указы, исходящие от правительства. В 1888 и 1889 годах вошло в силу новое административное деление для крупных городов (си), мелких (те) и для деревень (сон), в большинстве случаев преследующее цель установить принципы автономии в провинциях, а также разделить полномочия между центральными и местными властями, чтобы создать, следуя определению министра Аригаты, «элементы, которые составят основание конституционного правительства Нации».

Но эта местная автономия, установленная государством, могла существовать только в той степени, в какой она служила бы его интересам, так что новая система, оторванная от жизни местных организаций, традиций и обычаев, никак не улучшила условия жизни. Напротив, последствиями явились нестабильность в обществе и всеобщее недовольство, которое улеглось только к концу эпохи Мэйдзи.