Фактическое отстранение вождей аристократической думы и попытки возврата к единодержавному правлению привели к тому, что влияние высшей приказной бюрократии заметно возросло. Идеолог боярства Курбский, переживший падение Избранной рады, самым решительным образом протестовал против ущемления привилегий знати и передачи функций управления в руки приказных бюрократов. Писарям русским, утверждал он, «князь великий зело верит, а избирает их ни от шляхетского роду, ни от благородна, но паче от поповичей или от простого всенародства, а то ненавидячи творит вельмож своих».

Не менее резкое суждение о новых сановниках высказывал другой защитник старины, Тимоха Тетерин, выходец из старой дьяческой фамилии. Царь больше не верит боярам, писал Тетерин одному знатному боярину, есть у него «новые верники-дьяки… у которых дьяков отцы вашим (бояр) отцам в холопстве не пригожалися, а ныне не токмо землею владеют, но и головами вашими торгуют».

Борьба за власть разъединила царскую родню.

Двоюродный дядя царя по матери Василий Михайлович Глинский получил боярский чин в 1560 г. Его отец был регентом при малолетнем Иване IV, и князь рассчитывал занять подобающее место в опекунском совете при царевиче Иване. Но Захарьины не допустили его в совет. В июле 1561 г. царь подверг дядю опале. Вслед за ним опале подверглись многие другие лица, принадлежавшие к высшей знати.

Иностранцы (немец Буссов, поляк Немоевский) описали церемонию царской опалы. Опальному объявляли вину, после чего подвергали весьма своеобразной казни — выщипывали волосы из бороды. Дернуть за бороду значило нанести человеку страшное бесчестье. Борода была символом боярской чести. Впавший в немилость сановник должен был носить черные одежды и выказывать смирение, снимая шапку перед встречными.

Неизвестно, в чем конкретно обвиняли опального Глинского, но он недолго пробыл в опале. По ходатайству Макария он был прощен, но с него взяли поручную запись. Боярин признался, что преступил перед государем, и взял на себя обязательство «не ссылатися ни человеком, ни грамотами» с польским королем, немедленно выдать властям людей, которые учнут с ним «думати о литовской посылке и отъезде», не приставать к лихим людям «в уделех».

Знать литовского происхождения первой отреагировала на перемены в Русском государстве. Близкой родней Глинских был князь Дмитрий Вишневецкий. Когда в Москве возник проект образования в Кабарде вассального Черкасского княжества, Иван IV предложил трон Вишневецкому. В 1560 г. князь выехал в Пятигорск. Однако уже летом 1561 г. он был сведен «с государства», после чего уехал на Днепр и завел тайные сношения с Сигизмундом II. 5 сентября князь получил королевскую охранную грамоту на въезд в Литву. В ноябре он явился в Москву, где назревали важные события.

В январе 1562 г. власти арестовали главу Боярской думы князя Ивана Бельского, владельца Луховского удельного княжества. Бельские также были литовскими выходцами. При аресте у князя были найдены королевские охранные грамоты с приглашением к отъезду в Литву, а также роспись пути до литовской границы. Глава думы повинился в том, что ссылался с Сигизмундом II и грамоту от него «опасную взял, что мне к нему ехати». Царь подверг Бельского опале и три месяца держал под стражей. Удельное княжество перешло в казну.

Измена была налицо. Но Бельский избежал наказания по причинам, о которых можно судить лишь предположительно. Удельный князь был близкой родней царя по мужской линии, а, кроме того, его мать была двоюродной сестрой государя. Иван Бельский получил боярский чин после падения Адашева, менее чем за год до опалы. Иван IV добивался покорности от Боярской думы и желал поставить во главе ее своего родственника, молодого боярина, который был бы вполне ему послушен. Примечательно, что за Бельского не заступился никто из старших бояр, считавших себя униженными. Главный поручитель по опальном был князь Семен Микулинский, никогда не входивший в ближайшее окружение царя и записанный в списке думы по Дворовой тетради девятнадцатым. Другие поручители — князь Иван Троекуров, Юрий Кашин и Михаил Репнин — были записаны в конце того же списка. Поручители князь Федор Оболенский и Владимир Морозов стали боярами скорее всего уже после ареста Бельского или незадолго до его ареста.

Вывод очевиден. Самые влиятельные силы в думе остались в стороне от конфликта между царем и его родней. Более того, старшие бояре надеялись извлечь выгоду из придворной ссоры и пересидеть новоиспеченного главу думы.

Кроме малозначительных бояр, за Бельского поручились свыше сотни княжат и детей боярских из состава Государева двора. В случае побега опального за рубеж поручители должны были выплатить 10 000 рублей и ответить своей головой, иначе говоря, жизнью.

Под давлением думы и духовенства власти прекратили расследование. Это позволило князю Вишневецкому беспрепятственно покинуть Москву. Вслед за тем он бежал за литовский рубеж.

Единственными сообщниками Бельского были объявлены трое незнатных дворян, занятых в подготовке его побега. Всех их примерно наказали. Бельскому вернули удел и пост главы думы.

Ливонская война продолжалась и требовала огромных расходов. Новое правительство должно было позаботиться о пополнении фонда государственных земель, чтобы обеспечить поместьями обедневших дворян и дворянских «новиков», приспевших в службу. Захарьины не осмелились посягать на монастырские земли, но они не забыли о проектах землемерия — уравнения в землях, то есть об изъятии в казну излишков земли у богатых землевладельцев и передаче их оскудевшим служилым людям. Сподвижники царя имели все основания рассчитывать на то, что меры такого рода обеспечат им популярность среди дворян.

Столкнувшись с неповиновением знати, Иван IV пришел к мысли, что ему не одолеть «непослушников», пока те владеют огромными земельными богатствами. Полемизируя с Курбским, царь объявил, что намерен ограничить княжеское землевладение по примеру деда и отца. По его указанию руководители приказов приступили к разработке Уложения о княжеских вотчинах, получившего силу закона после утверждения в думе 15 января 1562 г. Новое Уложение категорически воспрещало княжатам продавать и менять старинные родовые земли. Выморочные княжеские владения, которые доставались прежде монастырям, теперь объявлены были исключительной собственностью казны. Братья и племянники умершего князя-вотчинника могли наследовать его земли лишь с разрешения царя. У вдов и дочерей «великие вотчины» отбирались с известной компенсацией. Правительство заявило о своем решении пересмотреть все сделки на княжеские вотчины, имевшие место после смерти Василия III и до момента введения в жизнь Уложения о службе 1556 г. Все княжеские вотчины, перешедшие в руки «иногородцев», подлежали теперь отчуждению в казну с известной компенсацией либо безвозмездно. Приговор четко очертил круг семей, на которые распространялось действие нового земельного закона. В этот круг входили некоторые удельные фамилии (например, Воротынские) и вся суздальская знать (князья Суздальские-Шуйские, Ярославские, Ростовские и Стародубские). Ограничения не распространялись, однако, на крупнейших удельных владык (князей Старицких, Глинских, Бельских, Мстиславских), из чего следует, что земельная политика начала 60-х годов не приобрела последовательного антиудельного характера.