В начале сентября 1919 года «Катунь» вышла вниз по реке, держа путь к Тобольску. На корабле туда отправились начальник штаба, лейтенант резерва британского флота, награжденный национальной медалью «За заслуги» Дмитрий Николаевич Федотов и флаг-поручик по адмиралтейству Михаил Иванович Запрудин. Пулеметным офицером «Катуни» был поручик Антон Павлович Василевский. Ставкой командиру «Катуни» были даны инструкции, что цель флотилии, главным образом охранять движение каравана барж, шедшего с большим количеством военного снаряжения с устья реки Оби в Томск, а также охранять подступы к Омску. Мысль о скорой сдаче Тобольска ставкой тогда не допускалась.

Из Усть-Ишима, куда добрались суда флотилии, экипажем «Катуни» была поддержана небольшая операция по высадке десанта у деревни Новой, где несколько большевиков вместе с местными жителями отрезали обоз Воткинской дивизии. В этом десанте участвовал и экипаж парохода «Зайсон». На берег высадилась комендантская команда Воткинской дивизии и добровольцы с «Зайсона». По дороге к деревне Новой на «Катунь» были взяты несколько солдат Воткинского обоза, усилившие собой эту десантную операцию. Большевики тем временем уже подступили к Усть-Ишиму и действительно двигались по Ишимскому тракту. Флотилия отступила к Таре. Само отступление заняло у нее дня три-четыре.

Придя в Знаменское, суда задержались там всего на несколько часов и вскоре пришли в Тару. Из Тары командир «Катуни» связался с командованием и попросил, чтобы прислали хотя бы какое-нибудь подкрепление, а также придали флотилии батальон морских стрелков для десантных операций. В ставку было направлено донесение с указанием важности защиты тобольского направления, а также описанием Воткинской дивизии, в котором подчеркивалась полная невозможность что-либо сделать без подкрепления. В ответ на него пришла телеграмма, что из всех войск, действующих в тобольском направлении, уже образуется тобольская группа. Командовать группой назначается генерал Редько. С генералом Редько идет пополнение Воткинской дивизии в составе 600 человек, местный полк в составе 1200 человек и Егерский батальон морских стрелков.

Но эти поспешные переформирования уже не могли повлиять на общую обстановку на фронте, а тем более существенно поддержать флотилию, да и сама она едва ли могла повлиять в лучшую сторону на перемены на тобольском направлении. Ее успешные действия под Тобольском и на Иртыше были остановлены наступавшими холодами, вынудившими всю Обь-Иртышскую флотилию отправиться в порт Томска. Там флотилия оказалась в невольной ловушке, ибо после катастрофы на всех фронтах корабли, стоявшие у городской пристани, были атакованы и захвачены большевиками и сочувствующими, яростно набросившимися на команды Белой флотилии и, в силу численного превосходства, подавившими их сопротивление без пощады. Около Красноярска уже в январе 1920 года большевики окружили отступавшую группу морских офицеров, среди которых был и сам командующий флотилией, капитан 1-го ранга Петр Петрович Феодосьев. В ходе неравного боя красные захватили в плен немногих уцелевших моряков, а сам командующий был ими убит. Отдельные офицеры флотилии, которым посчастливилось избежать большевистского плена, путем невероятных приключений, почти всегда сопряженных с риском для жизни, добрались до Дальнего Востока, где белая борьба уже вступала в свою заключительную фазу.

Дальний Восток на всем протяжении Гражданской войны являлся для речных флотилий глубоким тылом. Соответственно структуре дальневосточной власти старший морской начальник вначале именовался помощником Верховного уполномоченного на Дальнем Востоке по морской части, а затем был назван командующим Морскими силами на Дальнем Востоке. Во Владивостоке находился один из батальонов морских стрелков, работали Морское училище и радиошкола. В Томске учредили машинно-моторную школу, а в Красноярске — артиллерийскую мастерскую, также готовившую для флота соответствующих специалистов. К середине 1920 года штаб Дальневосточной армии атамана Семенова разработал план крупных операций в районе Нерчинского завода против забайкальского красного партизана Якимова. Сильные пехотные и кавалерийские части Дальневосточной армии успешно били большевиков, но и сами несли большие потери, терпя великую нужду в боеприпасах и перевязочных материалах. Для облегчения их положения штабом армии был разработан план формирования в порту города Сретенска так называемой Шилкинской речной флотилии боевых судов. В ее состав вошли вооруженные колесные речные пароходы «Стефан Левицкий» и «Александр Бубнов». Этим кораблям поставлена была задача пробиться вниз по Шилке, берега которой были заняты большевиками, до Усть-Кары и провести за собой санитарное судно и транспорт с боеприпасами, продовольствием и обмундированием.

Флагманом этой «эскадры» стал «Стефан Левицкий», вооруженный двумя клиновыми пушками образца 1877 года, стрелявшими еще дымным порохом. Скорость их стрельбы, конечно, не могла быть большой. Подобные пушки были установлены по одной на носу и на корме палубы на особых деревянных платформах, вращавшихся целиком вместе с орудием и номерами при нем на толстом железном шкворне. Таким образом, «наводить» орудие нужно было, приводя в движение всею орудийную платформу. Кроме этих орудий, на флагмане были три-четыре тяжелых пулемета. По бортам положены были мешки с песком и поставлены тяжелые железные листы (которые, как показал опыт, легко пробивались ружейной пулей и потому оказались не только бесполезными, но даже вредными, так как перегружали пароход). Пароход «Александр Бубнов» был вооружен более новой пушкой образца 1900 года и двумя тяжелыми пулеметами. Он был меньшего размера, чем «флагманский», более подвижный и лучше вооружен, так как его трехдюймовка была гораздо действеннее, чем пушки-«старушки» времен 3-й турецкой войны, вытащенные энтузиастами белой борьбы из недр Читинского музея снова «на службу Родине». Пароходы обслуживались обычной вольнонаемной командой, ходившей с ними в мирное время по Шилке в Амур к Хабаровску и Благовещенску.

Вскоре пароходы Шилкинской флотилии были отправлены к Усть-Каре, где бросили якорь недалеко от пристани, ожидая возможности подойти к ней за дровами. Был жаркий, безветренный день. У пристани шла погрузка раненых и разгрузка боеприпасов и прочего снабжения, там кипела работа. Большинство разбрелось по каютам, но многие моряки остались на палубе и, развалившись на разостланной шинели где-нибудь в тени, сладко спали сном младенцев. Неожиданно с ближайшей сопки раздалась пулеметная и ружейная стрельба. Пули щелкали по палубе, как рассыпанный горох, прошивали железные листы укрытий и борта парохода. Началась паника. Красные партизаны, укрывшиеся за деревьями, стреляли сверху вниз, и укрыться на корабельных палубах от их выстрелов было невозможно. Нужно было отвести пароходы на дистанцию, которая позволила бы обстреливать их если не из орудий, то хотя бы из пулеметов.

Машина заработала, но пароход стоял на якоре, который требовалось выбрать из воды. Палубная команда матросов не появлялась, боясь получить шальную пулю. Создалось весьма неприятное положение, в котором шилкинский флагман представлял из себя неподвижную и совершенно безопасную цель для большевистских стрелков. Тогда войсковой старшина Николай Михайлович Красноперов, а вместе с ним гардемарин Алексей Евгеньевич Белкин после короткого совещания выскочили из своего укрытия и бросились к лебедке. Пустить ее в ход для них не представляло особого труда. Заработала якорная лебедка, застучала цепь, и пароход стал медленно отходить от берега. Этим трагикомическим происшествием и закончился поход Шилкинской флотилии на Усть-Кару. На следующий день флотилия, выполнив свою задачу, возвратилась в Сретенск и была расформирована. Оставлен был для патрульной службы от Сретенска до Усть-Кары один лишь «Стефан Левицкий». Спустя какое-то время суда Шилкинской флотилии получили предписание отбыть в Нерчинск.