Только в 1749 году возвращение Миллера, посланного в Сибирь в научную экспедицию Шумахером, старавшимся освободиться от опасного соперника, ознаменовало начало более плодотворного периода в академических трудах. Но тотчас же вспыхнула крупная ссора между ученым путешественником и Ломоносовым, и борьба эта поглотила большую часть этой зарождавшейся деятельности. Получив поручение написать диссертацию для торжественного заседания Академии 6 сентября 1749 г., Миллер вздумал развить тезис Байера о скандинавском происхождении варягов. Ломоносов усмотрел в этом оскорбление для национальной славы и даже для авторитета церкви: первая считала для себя недостойным примириться с иностранным происхождением, а вторая обладала положительными сведениями относительно пребывания Святого Андрея среди новгородских славян, тогда как Миллер считал, что славяне появились позднее апостольских времен. Спор был передан на разрешение президента, и Миллер потерял место профессора и ректора университета. Несколько лет спустя, ввиду того, что некем было его заменить, ему возвратили, однако, кафедру и решили всячески использовать его исключительные знания. Он исполнял обязанности секретаря, сносился с иностранными учеными, составлял протоколы заседаний и наблюдал за изданием трудов Академии (Novi comentarii). Впоследствии, когда задумали издавать при Академии научный и литературный журнал, Миллер опять-таки сделался его душою и, кроме того, положил в России, еще в 1728 году, начало повременным изданиям, основав «Санкт-Петербургские Ведомости». Вместе с тем он работал над историей Сибири, но и здесь ему пришлось столкнуться с Ломоносовым, запретившим ему изображать знаменитого Ермака тем разбойником, каким он, по-видимому, действительно был в то время, когда предпринял завоевание этой области.

Мы видим здесь отличительную и свойственную и современному русскому духу черту: чрезмерную любовь к цензуре, к деспотизму над мыслями и к официальной науке. Эта тенденция, свидетельствовавшая о властных инстинктах расы и являвшаяся последствием вековых обычаев, все сильнее сказывалась в умственном движении той эпохи по мере преобладания в нем русского элемента и выливалась в нелепые подчас формы. В 1754 году Ломоносов почувствовал себя оскорбленным спором, возникшим в Германии по поводу его теории о происхождении тепла и холода, и вслед за этим изъявил желание, чтобы все подобные разногласия подвергались строгому контролю академий и университетов. Тредьяковский, в свою очередь, возмутился развязкой в драме «Гамлет» Сумарокова, он находил, что порок должен был быть наказан, а добродетель вознаграждена. Желание его было исполнено.

Поглощенная этими заботами, Академия не открывала ни новых земель, ни рудников, и ее научные победы оставались по-прежнему довольно скудными. В 1755 году она потребовала подробного описания монастырей и церквей, снабженного историческими примечаниями, но Синод отказался предпринимать эту работу, у него на это недоставало средств. В 1760 году, по ходатайству ее, последовало распоряжение Сената о доставлении в Академию верных географических сведений из городов империи, но оно точно так же успеха не имело. Два простых устюжских купца, Бытов и Шалавуров, сумели достичь лучших результатов, снарядив на собственные средства экспедицию с целью открытия морского пути от устьев Лены до Камчатки. Как научное учреждение, Академия вовсе бездействовала или предавалась большей частью бесполезным, а иногда и недостойным занятиям. Ее попытки поднять интеллектуальный уровень ее чинов возвращением в их число некоторых исключенных по оплошности иностранцев ни к чему не привели. Эйлер и братья Бернулли отвечали отказом. Вольтер предложил заменить их собою на некоторое время, но это предложение не столько польстило высокому собранию, сколько напугало его при мысли предстать в своем неприглядном виде перед безжалостным насмешником, и Кирилл Разумовский приложил все усилия к тому, чтоб отвратить эту опасность. Как образовательному учреждению, Академии сперва нечего было делать: не было учеников ни в университете, ни в гимназии. Попытались взять таковых из Московской и Новгородской семинарий, но духовенство возмутилось, а семинаристы, перейдя от одной системы воспитания к другой, растеряли те небольшие знания в латинском языке, которые успели раньше приобрести. Со временем все-таки удалось собрать небольшое количество учеников и слушателей, из них Румовский, Барсов, Попов приобрели впоследствии известность. Но профессора небрежно относились к своим обязанностям, отговариваясь тем, что в этой школе, являвшейся вместе с тем и академией, они занимались пополнением собственных знаний, жертвуя для этого преподаванием. Необходимость разделить то, что Петр так неудачно соединил, выяснялась все более и более, и основание Московского университета, решенное в 1754 г., наконец освятило принцип, вытекавший из долгого и тяжкого опыта.

Проект университета, подготовленный И.И. Шуваловым при содействии Ломоносова, был чрезвычайно обширен. Университет должен был состоять из трех факультетов: юридического с курсами естественного, народного и политического права, медицинского и философского. Преподавание должно было вестись на латинском и русском языках и обнимать все отрасли знания. В то же время учреждение двух гимназий положило начало во второй столице Империи среднему образованию, и в следующем году в Казани были открыты две четырехклассные приготовительные школы, где преподавались русский, латинский языки, элементарные знания и два иностранных языка, французский или немецкий, по выбору учеников. За недостатком знаменитостей, в качестве преподавателей пригласили иностранных скромных тружеников, как-то: Шадена, Дильтэ, Роста, Керштенса, Рейхеля, Эразмуса, к ним вскоре присоединились несколько местных учителей, появившихся благодаря системе Петра, пользовавшегося иностранными школами для воспитания будущих деятелей народного просвещения, среди них значится некий Афонин, читавший курс минералогии, ботаники и зоологии по Валерию Корду и Линнею, Вильяминов, преподававший химию по Фогелю, Зыбелин, взявший себе за образец Винслова для уроков анатомии и Лудвига для уроков хирургии. Их скромные усилия оказались очень ценными для дела, и заслуги И.И. Шувалова не уменьшились от того, что он, путем внушенного им же компромисса относительно обязательности военной службы, доставлял профессорам учеников. Дворянству дарована была новая льгота в виде отпусков из армии, отныне разрешавшихся молодым людям по случаю университетских занятий. Благодаря этой мере Фонвизин с десятилетнего возраста состоял одновременно солдатом Семеновского полка и студентом Московского университета.

Генеральная карта Российской империи из первого официального атласа. 1745 г.

Как большая часть начинаний той эпохи, и это последнее предприятие страдало несоответствием между преследуемой целью и средствами, не только нравственными, но и материальными, употребленными для его осуществления. Бюджет нового университета и гимназии равнялся 15 000 руб., но этой суммы не хватало для приличного оборудования и содержания их. Русским и иностранным профессорам пришлось проникнуться тем духом, который и до сих пор сообщает просвещению на родине Ломоносова официальный характер, гениальный противник Миллера старался придать этот официальный оттенок современной ему науке, будучи совершенно неспособным предугадать все его последствия. Последствия же выразились в подчинении университетской программы принципу просвещенного деспотизма, в узком догматизме и в задержке всякого самостоятельного развития национального гения: Шаден и Рейхель учили на своих лекциях, что распространение наук и искусств составляет верховное право власти.