«Восточная армия» еще только формировалась, но уже 4 февраля 1798 года до российского императора дошли слухи, что большой французский флот вышел из Тулона в неизвестном направлении. Павел I, считая, что Бонапарт идет к Крыму или к берегам Новороссии, приказал срочно выйти в море эскадре вице-адмирала Ушакова в составе 7 линейных кораблей, 5 фрегатов и 4 посыльных судов, дабы «немедленно сыскав оную, дать решительное сражение».

19 мая того же года из Тулона отплыла французская эскадра в составе 13 линейных кораблей, 6 фрегатов, 10 корветов, 26 вспомогательных судов, а также 309 транспортов, загруженных 23400 пехотинцами, 4000 кавалеристами с лошадьми, 3000 артиллеристами с пушками и 1000 человек нестроевого состава. 8 июня армада появилась у Мальты. Командующий экспедицией генерал Бонапарт потребовал впустить суда в гавань Ла-Валетты для пополнения запасов воды. Капитул Мальтийского ордена отказал в просьбе. Согласно правилам, одновременно в порт могли зайти не более 4 военных кораблей иностранной державы.

10 июня 15000 французских солдат высадились на Мальту, легко подавили очаги сопротивления и вплотную подошли к крепостям Ла-Валетта, Брига и Флориана. На тот момент в рядах Ордена находились 332 рыцаря (большая часть из них — больные и старики) и 1800 наемников, которые сразу же после высадки дезертировали в стан врага. Часть братьев Ордена была против ведения боевых действий, утверждая, что Орден создан для борьбы с неверными, и убивать христиан — большой грех. Однако гроссмейстер иоаннитов — фон Гомпеш — призвал всех способных носить оружие на стены, и рыцари решили сражаться.

11 июня началась атака Ла-Валетты. Старые рыцари, еще не забывшие грозные битвы с мусульманами, и в этот час показали образцы величайшей отваги и высокого военного духа. 80-летний бальи де Тинье, который не мог ходить, приказал вынести себя на стены, повторяя, что «во время битвы офицер должен быть на поле боя». Тем не менее превосходство французских войск в живой силе и вооружении было настолько велико, что к вечеру Орден принудили к почетной капитуляции. На следующий день на борту французского флагмана «Лорьян» было заключено соглашение, согласно которому Мальта и острова Комино и Гоцо переходили под суверенитет Французской республики. Бонапарт бесстыдно разграбил музеи и церкви Ордена. На острове остался отряд в 3065 французских гренадер и 5 артиллерийских полков под командованием генерала Вобуа, а рыцарям-иоаннитам было приказано покинуть Мальту.

1 июля 1798 года 30-тысячный французский экспедиционный корпус высадился в Египте, в Александрии. 15 июля турецкий султан обратился за помощью к правительствам России и Англии. Эскадра адмирала Горацио Нельсона в составе 14 линейных кораблей срочно направилась от берегов Сицилии к Александрии.

1 августа 1798 года корабли французского адмирала Брюэса были обнаружены стоящими на открытом рейде залива Абукир в 13 милях к востоку от Александрии. 13 линейных кораблей, 4 фрегата и 4 брига вытянувшись в линию, расположились в западном углу Абукирской бухты в следующем порядке:

Линейные корабли — «Геррье» (74 орудий), «Конкеран» (74), «Спартьят» (74), «Аквилон» (74), «Пепль Суверьен» (74), «Франклин» (80), «Лорьян» (120), «Тоннан» (80), «Эрье» (74), «Меркьюр» (74), «Женерье» (74), «Гилльом Телль» (74), «Тимолеон» (74).

Фрегаты — «Артемиз» (36 орудий), «Жустис» (40), «Даян» (40), «Сериез» (36) (около берега за линией кордебаталии).

Брюэс допустил громадную ошибку, не организовав дозорную службу. Корабли французов стояли с большими интервалами между соседними мателотами (0.75 кабельтова вместо принятых в английском флоте 0.5 кабельтов). Большая часть из них была развернута носом к подходящей английской эскадре и не делала никаких попыток повернуться бортом. 3000 матросов были отправлены на берег за провиантом и пресной водой.

Сражение началось в 19.00, перед заходом солнца. Нельсон решил выйти в голову французской линии и атаковать двумя колоннами — по одной с каждого борта, поставив противника в два огня. Сильно рискуя, англичане быстро обошли остров Абукир (на мель сел только 74-пушечный «Каллоден» Т рубриджа) и устремились на врага.

5 линейных кораблей (74-пушечные «Орион», «Тезеус», «Голиаф», «Одейшес» и «Зилус») под командованием Джеймса Самареза атаковали французскую кордебаталию со стороны берега, а еще 5 под командованием самого Нельсона на «Вэнгард» — со стороны моря. Нельсон сократил дистанцию между мателотами до полукабельтова и в результате на каждые 3 французских корабля приходилось 4 английских. Проходя мимо двух головных французов, британцы поражали их продольными залпами, в результате к моменту подхода Нельсона «Геррье» и «Конкренан» уже не представляли собой боевой ценности. Дивизион Самареза, пройдя вдоль берега, встал на шпринг и открыл беглый огонь по авангарду Брюэса. Поскольку французы так и не снялись с якоря, арьергард и центр не могли помочь авангарду. После подхода 74-пушечных «Вэнгарда», «Минотавра», «Дифенса», «Беллерофона» и «Мажестика» положение головных кораблей французов стало совсем отчаянным. Нельсон продвигался вперед, к флагману эскадры — «Лорьяну». Около 20.00 подоспели отставшие корабли англичан — 74-пушечные «Свифтшур» и «Александер», а также 50-пушечный «Линдер». Они прорезали строй французов и обрушили продольные залпы на «Лорьян», «Франклин», «Пепль Суверьен» и «Тоннан».

К 22 часам «Геррье», «Конкеран», «Спартьят», «Аквилон» и «Пепль Суверьен», получившие тяжелые повреждения и потерявшие волю к сопротивлению, сдались. В это же время ядро попало в крюйт-камеру 120-пушечного «Лорьяна». Взрыв оказался столь мощным, что 15-тонный киль флагмана подбросило вверх, он бухнулся в воду в километре от места катастрофы; кусок мачты упал на палубу «Свифтшур». Позже капитан Халлоуэл сделал из него гроб, который торжественно подарил Нельсону. Семь лет спустя адмирала, погибшего в Трафальгарском сражении, похоронят именно в этом гробу. Но на сей раз счастье на стороне Нельсона, и черед умирать не его. Вместе с флагманом погибает командующий французской эскадрой адмирал Брюэс.

Сильно поврежденный «Тоннан» под командованием Дюпти-Тюара продолжил доблестное сопротивление. Ядрами командиру корабля сначала оторвало ногу, потом вторую, потом руку. Матросы перенесли своего командира в кадку с пшеничными зернами, которая сразу напиталась кровью. Чувствуя, что умирает, Дюпти-Тюар требовал «взорвать этот чертов сундук, но не сдаваться». Команда обрубила якорный канат, и «Тоннан» снесло к берегу. «Александр», «Тезеус», «Голиаф» и «Маджестик» атаковали фрегат «Артемиз», подожгли его и заставили выброситься на берег, сдрейфовавшие на мель «Эрье» и «Меркьюр» были бомбардированы и подожжены.

К 6 часам утра 2 августа французский флот представлял из себя жалкое зрелище. «Тоннан», сильно разбитый, стоял, приткнувшись к мели, так же как и выбросившийся на побережье «Тимелеон». «Гильом Телль», «Жустиз», «Женерье» и «Даян» под командой адмирала Вильнева смогли уйти, доблестный «Зилус» пытался их преследовать, оправдывая свое название, но быстро отстал, поскольку имел сильно обросшее днище. В конце концов Нельсон отозвал своего преследователя обратно.

Сидевшие на мели полуразбитые «Тоннан», «Тимелеон» и «Франклин» были захвачены 2–3 августа.