гарнизон испытывал трудности со снабжением. Созванное 4 сентября Мальтийское собрание решило поднять флаги Неаполитанского королевства и обратиться к королю Фердинанду с просьбой о помощи. Французский гарнизон маленькой крепости Нотабль (предместья Ла-Валетты) полностью уничтожили, в считаные дни весь остров был полностью очищен от французов, 2700 солдат Республики укрылись в крепости Ла-Валетты. 14 сентября в гавань мальтийской твердыни прибыли спасшиеся после Абукира 74-пушечный корабль «Гильом Телль», а также 40-пушечные фрегаты «Жустис» и «Даян», которые сразу же усилили оборону крепости с моря. Тем не менее восставшие установили сухопутную блокаду Ла-Валетты — получать провиант и порох французы теперь могли только морем.

Но еще 12 сентября Нельсон, занятый блокадой египетской Александрии, послал к острову небольшую португальскую эскадру из 5 кораблей под командованием маркиза де Низа. Португальцы появились у стен Ла-Валетты только 19-го, и поскольку крепость иоаннитов считалась сильнейшей в мире, ограничились дальней блокадой, которая никак не помешала французам провести в осажденный город конвои с провиантом. 23 сентября у Мальты появилось соединение Джеймса Самареза, идущее с призами, захваченными при Абукире, в Англию. Самарез временно присоединился к маркизу де Низа и послал парламентеров к Вобуа с предложением сдать крепость. Французский генерал твердо ответил «нет», и 6 октября провел неожиданную, но бесполезную вылазку в Нотабль.

Англичане сгрузили мальтийским инсургентам 1062 мушкета и боеприпасы к ним, после чего отплыли в Гибралтар. Тем временем французский гарнизон, продолжая терпеть очень большую нужду в провианте, начал изгонять из Ла-Валетты коренных мальтийцев, что еще более озлобило восставших.

24 октября эскадра Нельсона появилась у берегов Мальты. Адмирал обнаружил, что инсургенты полностью блокировали Ла-Валетту, захватили форты Рикасоли, Коррадина, Самра, Заббар, Зейтун и Мануэль. Таким образом, крепости (Валетта, Флориана, Биргу, Санта-Анжело, Сенглея, Сент-Эльмо и Санта-Маргарита), в которых укрылись французы, оказались полностью окружены. Однако в военном деле восставшие оказались полными профанами — даже не смогли сообщить англичанам, пушками каких калибров они располагают. Нельсон отмечал, что мальтийцы, кроме всего прочего, не имели мортир и тяжелых орудий, столь необходимых для осады таких сильных укреплений, какими являлись форты Ла-Валетты. Нельсон не решился на прямой штурм крепости, вместо этого он решил снабдить восставших боеприпасами и провиантом. Инсургентам было передано 20 бочек пороха и большой запас провизии. К Вобуа еще раз послали парламентеров с предложением сдаться. Тот отказался. 28 октября мальтийцы атаковали крепость на острове Гоцо, где захватили 200 французов, 15 пушек и немного пороха. Однако это был частный успех. Самое примечательное, что инсургенты взяли Гоцо без помощи английской эскадры, которая за все время штурма не истратила ни единого ядра. Вместо этого Нельсон начал писать письма Неаполитанскому королю, призывая его прислать войска, оснащенные осадной техникой.

Можно лишь гадать, с какой тоской и злобой узнавал английский адмирал об успехах маленькой эскадры Ушакова. Нельсон и сам понимал, что хотя о блокаде Мальты было громогласно объявлено еще в середине сентября, назвать действия его эскадры блокадой очень сложно. Они скорее походили на бессмысленные крейсирования между Египтом и Италией. Оставив на входе в Большую Гавань Ла-Валетты соединение из 3 кораблей под командой кэптена Александра Болла, Нельсон ушел в Неаполь.

28 октября 1798 года французская Директория отдала приказание министру флота отыскать возможности для снабжения Мальты. Тайные переговоры с Али-пашой привели к тому, что албанские шебеки, груженные продовольствием, под прикрытием турецкого флага прорывали хлипкую блокадную линию из 3 английских кораблей и разгружались в гавани Ла-Валетты. Консул Бельвилль в Генуе подрядил для поставок продовольствия на Мальту некоего капитана Кавацца, который в январе-феврале 1799 года на своей поляке «Галатье» совершил два похода к острову, груженый рисом, вином, водой, лекарствами, досками, одеждой и тому подобными вещами. Многие пользовались затруднительным положением французов, вынужденных платить за подобные услуги вперед. Так, некто Сиди Осман (албанский купец) обманул французских эмиссаров, взяв деньги и исчезнув с ними.

6 декабря 1798 года к Мальте прибыли неаполитанские фрегаты «Сирен» и «Аретьюза», вооруженные, кроме всего прочего, двумя мортирами, с которыми, однако, никто из итальянцев не умел управляться. К 20 декабря из Гибралтара подошли три бомбардирских судна — английские 8-пушечные «Бульдог», «Персеус» и «Стромболи», вооруженные 13-ти и 10-дюймовыми мортирами, но эти суда имели с собой в запасе только 46 ядер, что совершенно недостаточно для бомбардировки такой крепости, как ЛаВалетта. В результате мортирные батареи были развернуты лишь к 29 декабря. Только через два дня началась бомбардировка крепости и рейда. Несколько ядер попало во фрегат «Жустис», находившийся в Большой Гавани (Гранд-Харбор). С 9 по 13 января 1799 года бомбардирское судно «Персеус» возобновило бомбардировку города, чтобы прикрыть высадку английских войск на Мальте. Пользуясь тем, что французы заняты контрбатарейной борьбой, на остров высадились 17 батальонов экспедиционных сил и два полка артиллерии, которыми командовал кэптен Вивон.

19 января бомбардирские суда отосланы к Сиракузам для пополнения боеприпасов и посадки на борт еще трех батальонов морской пехоты. Неаполитанские артиллеристы показали свою полнейшую беспомощность — их 9-дюймовые мортиры не раз открывали огонь по своим союзникам. Разозленный кэптен Болл в сердцах однажды заметил: «Если их случайно накроет вражеская батарея, это будет гораздо полезнее для общего дела». Тем не менее канониры Вивона сумели повредить стоявшие в гавани «Гильом Телль», «Жустис» и «Даян», которые были перемещены в гавань Маршамукшетт, расположенную с другой стороны крепости Валетта, вне зоны действия огня британских орудий. 9 февраля Болл пишет Нельсону, что он очень удовлетворен тремя артиллерийскими офицерами, присланными из Мессины. Но уже ко 2 марта, один из них умер от лихорадки, а двое оказались «опасно больны». В том же письме Болл выражал надежду, что Нельсон поспособствует отправке дополнительного количества 13-дюймовых мортир к Ла-Валетте, поскольку это ускорило бы взятие Мальты.

Нельсон же, занятый шашнями с леди Гамильтон, полностью самоустранился от осадных действий. Действия Ушакова при Корфу оказались холодным душем для английского адмирала. «Поведение русских не лучше, чем я всегда ожидал, и я считаю возможным, что они своим поведением принудят турок заключить мир с французами, вследствие еще большего страха перед русскими», — писал Нельсон 27 декабря 1798 года лорду Спенсеру. 10 января 1799 года он пишет Боллу: «Нам тут донесли, что русский корабль нанес вам визит, привезя прокламации, обращенные к острову (Мальте). Я ненавижу русских, и если этот корабль пришел от их адмирала с Корфу, то адмирал — негодяй (he is blackguard)». И злость эту вполне можно понять, ибо успехи Ушакова поднимали для руководства ОИК вопрос — а стоит ли вообще платить адмиралу Нельсону?

Ситуация получалась анекдотической — Ушаков брал одну крепость за другой, Нельсон же