В ночь на 3 июня турецкие минеры обнаружили, что равелин незащищен, и перерезали часовых; янычары едва не штурмовали сам форм Святого Эльма, но защитники все же успели опустить решетку и остановить нападающих двумя небольшими пушками. Турки продолжали атаковать до следующего полудня. Помимо пушек, форт оборонялся огнеметами и кипящим маслом, а также он располагал большим запасом зажигательных cercles и гранат: первые представляли собой большие обручи, обвязанные легковоспламеняемым материалом, которые поджигали и метали при помощи ремней – удачным броском можно было поймать трех неверных и превратить их в живые факелы. Ручные бомбы представляли собой глиняные горшки, набитые огнеопасным материалом, с четырьмя фитилями из горлышка – чтобы взорвалось наверняка. Боевой дух защитников олицетворяет пример Абеля де Бридира де ла Гардампа: он пал с простреленной грудью, брат склонился над ним, но раненый пробормотал: «Иди, не думай, что я жив, лучше помоги другим», и после этого отполз в часовню форта, где и умер у подножия алтаря. У турок погибло 500 человек, а у защитников – 20 братьев и 60 наемников, но без равелина осаждающие могли возвести насыпь и вести огонь по обороняющимся. Вылазка не помогла его вернуть. 7 июня орудийный огонь сотрясал форт «как корабль в бурю», и Гонсалес де Медран принес брату Жану известие, что Бролья и Эгуарас все как следует обдумали и пришли к решению: бастион обречен; он и сам считал, что дальнейшая оборона этого пункта приведет лишь к потере хороших войск.

Де ла Валлетт не согласился в уверенности, что помощь придет, если они продержатся еще немного, ведь сицилийский вице-король Гарсия де Толедо – рыцарь Сантьяго – считал Мальту ключом к Сицилии. Кроме того, в обители находился сын вице-короля, многообещающий юноша, вступивший в орден. Форт Святого Эльма позволит потянуть время. Поэтому его поразило как громом, когда в ночь 8 июня, после общего штурма, перед ним предстал брат Вителлино Вителлески с петицией, подписанной 53 братьями – но не Брольей или Эгуарасом, где говорилось, что, если им немедленно не позволят оставить форт, они сделают вылазку и погибнут смертью храбрых. Магистр тут же отправил разобраться трех братьев. Один из них, Константино де Кастриота, сообщил, что форт может сопротивляться еще много дней, и предложил возглавить подкрепление. Разрешение отправиться туда получили только 15 братьев и 100 ополченцев, все добровольцы, в том числе и, к удивлению военачальника, два еврея, однако осмотрительно составленное письмо сказало гарнизону, что он может вернуться в более безопасное место; но все остались. Тем временем бомбардировка продолжалась; дело уже было не в разрушении укреплений, а в расчистке пути от груд обломков. Турки непрестанно пытались штурмовать форт, днем и ночью. 18 июня Тургут и Мустафа отдали приказ об общем штурме. «Поднялся такой страшный шум, крики, барабанный бой и грохот бесчисленных турецких инструментов, что чудилось, будто наступил конец света». Их солдаты тоже шли в бой с гранатами и магнитными зажигательными бомбами, которые прилипали к доспехам. Четыре тысячи аркебузиров обрушили на защитников свинцовый град, пользуясь любой щелью среди обломков, а кулеврины бросали ядра, железные, бронзовые и каменные, с мысов Шиберрас и Гэллоус. Потом в ход пошли дервиши, бешеные от молитв и гашиша, с пеной у рта, за ними сипахи и затем уже янычары. Это были элитные войска, привыкшие побеждать повсюду от Персии до Польши.

Великий магистр, однако, велел доставить на место множество боеприпасов и бочонков ободряющего вина; и, когда враги с воплями полезли через то, что когда-то было стенами, их разорвали пушечные выстрелы; а что касается зажигательных бомб, то рыцари расставили большие бочки с морской водой, куда и прыгали, загоревшись. Через шесть часов штурм прекратился. Тысяча турецких мертвецов завалила пропитанную кровью землю, а у защитников погибло 150 человек, в том числе и Медран, убитый в тот момент, когда он схватил конехвостый штандарт. Раненых доставили в госпиталь, где лучшие врачи того века вскоре поставили их на ноги. Тургут приступил к строительству новых батарей на Шиберрасе, но был смертельно ранен каменным осколком, и все же форт Святого Эльма вскоре оказался в ситуации, когда ни в форт не могли прибыть подкрепления, ни защитники не могли его покинуть. 22 июня мусульмане пошли в свой самый свирепый штурм. Стены, разрушенные до основания, защитники завалили камнями, землей, тюфяками, хламом, трупами – всем, что могло бы для этого сгодиться. Через шесть часов боя атакующие потеряли 2000 человек и отступили в изумлении. Однако им удалось убить 500 неверных. Один брат вплавь добрался до Сан-Анджело, и де ла Валлетт безуспешно попытался отправить к осажденным последний отряд добровольцев, но тот не смог подойти под градом вражеского огня.

В полночь на 23 июня – в канун дня святого Иоанна – братья отслужили мессу в крохотной часовне – единственной уцелевшей постройке. Два капеллана выслушали исповеди, потом все причастились телом Господа, с которым им вскоре предстояло встретиться. Наконец капелланы зарыли чаши и сожгли церковную утварь; всю ночь эти двое священников звонили в колокол – похоронный звон. Перед самой зарей солдаты Христа заняли свои позиции; их осталось только шестьдесят. Старшие офицеры – Эгуарас, полковник Мас и капитан Миранда – были слишком изранены, чтобы стоять, поэтому Эгуарас, слабый от потери крови, и Миранда с ужасными ожогами от зажигательных бомб сели на стульях у главной бреши, а Мас с раздробленной пулями ногой сел на бревно. В 6 утра вся турецкая армия пошла в атаку; подплыли даже галеры, чтобы обстреливать смердящую гору обломков и гниющих трупов, несмотря на огонь из форта Сан-Анджело. Однако защитники в течение четырех часов отвечали им ружьями и гранатами, пока наконец турки не ворвались в форт. Хуан де Эгуарас, сброшенный со стула, подпрыгнул с абордажным багром, но тут скимитар снес ему голову, а Мас, сидя на бревне, убил нескольких турок своим огромным двуручным мечом. Итальянец зажег огонь на маяке, чтобы сообщить магистру о том, что все кончено. Турки взяли живыми только девять братьев – вероятно, смертельно раненных, хотя горстка мальтийцев бросилась вплавь и спаслась. Взятие этой маленькой крепости стоило армии, которую признавали лучшей армией своего времени, почти пяти недель осады, 18 тысяч пушечных залпов и 8 тысяч человек.

«О Аллах, – сказал Мустафа, глядя на форт Сан-Анджело, – если этот маленький сын обошелся нам так дорого, чем же мы заплатим за его отца?» Все трупы братьев обезглавили, в грудь им воткнули распятия, прибили к деревянным крестам и побросали в море. На следующее утро, в праздник покровителя ордена, приливом на берег вынесло четыре изувеченных тела. Брат Жан разрыдался. Он немедленно отдал приказ отрубить головы всем пленным; внезапно войска паши услыхали грохот выстрелов, и затем по всему лагерю полетели окровавленные головы их товарищей. Тем временем Великий магистр напомнил братьям об их призвании, когда они в этот праздник вновь принесли свои обеты. «Что может более приличествовать члену ордена Святого Иоанна, чем сложить жизнь ради защиты веры», – проповедовал он, погибшие в форте Святого Эльма «заслужили мученический венец и пожнут награду за свои страдания». Он не забыл и ополченцев и наемников. «Все мы солдаты Иисуса Христа, как и вы, мои товарищи», – сказал он им. 3 июля в обитель прибыло подкрепление: piccolo siccorso, «небольшая подмога», состоящая из 700 солдат под началом 42 братьев и «дворян-добровольцев» во главе с братом ордена Сантьяго Мельхиором де Роблесом. Двое из них были англичанами – Джон Эван Смит и Эдвард Стэнли, и, несомненно, они встретили теплый прием у брата Оливера Старки на «посту Англии». Тем временем среди турок разразились эпидемии дизентерии и малярии, так как они пили воду из отравленных колодцев. Мустафа-паша предложил христианам заключить мир и получил презрительный отказ.