И все же караваны становились все успешнее. Военно-морская иерархия ордена приняла свою окончательную форму во главе с гранд-адмиралом, иногда его представлял вице-адмирал, и капитан-генералом галер. Патронам, теперь называвшимся капитанами, помогали лейтенант и шкипер, который был нанятым служащим, моряком. Мусульманские купцы боялись Строцци и Ромегаса не меньше, чем христианские – Тургута. Леоне Строцци назначили капитан-генералом еще в юности, но затем он оставил орден, чтобы сражаться против Карла V, после того как его отец, заключенный императором в тюрьму, покончил с собой. Человек желчный и сварливый, он в конце концов был вынужден уехать из Франции, но Омедес отказался принимать этого буяна, который сделался кондотьером и говорил, что «один Бог» ему друг. Небольшая флотилия Строцци стала притчей во языцех, ибо он был превосходным моряком, который ничего не боялся, и орден с радостью снова принял его, как только он обратился с такою просьбой; но затем брат Леоне снова отправился вести вендетту с Медичи и умер во время тайного рейда на тосканское побережье. В своих «Мемуарах» Бенвенуто Челлини говорит о Строцци так: «Этот превосходный офицер был одним из величайших людей века, в котором жил, и в то же время одним из несчастнейших». Он жил в одно время с тем свирепым солдатом Блезом де Монлюком, которого приор Капуи называл «одним из храбрейших людей, которые за сто последних лет выходили в море». Самым знаменитым моряком ордена был Матюрен д’О де Леско Ромегас, у которого не было ни единого случая в жизни, чтобы он атаковал вражеский корабль и при этом не захватил или не потопил его. Он часто в одиночку завязывал бой с дюжиной турецких судов. Он был непобедим. Ночью 23 сентября 1555 года на Мальту налетела ужасная буря, потопив все корабли в Большой гавани. На следующее утро со стороны киля галеры Ромегаса, которая плавала днищем вверх, послышался стук; доски отодрали, и оттуда выбралась корабельная мартышка, а уже за нею доблестный капитан.

Омедес постановил, что кандидаты на вступление в орден должны доказать происхождение от четырех благородных предков, однако орден принимал к себе желающих недостаточно высокого происхождения. Обычно проблема заключалась в богатой матери из плебейского семейства, и такие братья становились рыцарями «милости»; позднее им запретили быть бейлифами, хотя по папскому указу многие стали рыцарями «справедливости» (то есть по праву рождения). Сестры ордена также должны были доказать благородное происхождение, арагонская Сихена привлекала дочерей знатнейших родов Испании, а главная обитель находилась на Мальте. В траур по Родосу они сменили красное облачение на черное, но по-прежнему носили белый крест; в Сихене крест был красным, а головной убор белым, а по большим праздникам монахини носили на хорах серебряные скипетры. Собратья, или почетные рыцари, должны были выполнять те же требования, что и обычные рыцари, однако донаты делились на два разряда, и простолюдинов нельзя было отличить от служащих братьев, а благородных по рождению – от будущих рыцарей справедливости. Даже капелланам и сержантам полагалось никогда не работать физически и не заниматься торговлей в лавке, и обычно они принадлежали к высшей буржуазии или незаметному мелкому дворянству. Служащие братья были в своем роде унтер-офицерами, полурыцарями, а не денщиками, некоторые из них, самые храбрые, становились рыцарями милости. Многие братья приезжали на Мальту в качестве пажей в возрасте не старше 12 лет, хотя новичкам должно было быть 15, период новициата продолжался год, в течение какового времени новичок жил в особом доме под присмотром начальника. Однако многие вступали в орден на родине, перед рыцарем местной приории.

Брат Клод де ла Сангль стал Великим магистром в 1553 году и посвятил себя укреплению обители. На мысу Шиберрас построили форт Святого Эльма в форме звезды, который господствовал над входами в Большую гавань и Марсамшетт. Однако главные свои усилия брат Клод сконцентрировал на полуострове против Биргу, где укрепили форт Святого Михаила и возвели бастионы; благодарные братья прозвали мыс Сенглеей. В 1557 году Великим магистром избрали брата Жана Паризо де ла Валлетта. Набожный гасконец из Керси, родившийся в 1494 году, этот дворянин высокого роста, с бородой как у патриарха, седовласый и дочерна загорелый на солнце, характера скорее меланхоличного, всецело владел собой и никогда не повышал голоса. Брат Жан после торжественного вступления на пост ни разу не покидал обители. Обычно рыцари, которые сопроводили четыре каравана (8 морских походов) и провели три года на Мальте, могли рассчитывать на заслуженный отдых в своей командории. Но с Валлеттом было по-другому, он продолжал раз за разом плавать с караванами. В 1541 году его галеру «Сен-Жан» захватили турки, и он год пробыл галерным рабом. Теперь, когда он стал магистром, в ордене стали строго наказывать за дуэли, азартные игры и разврат и ввели соблюдение монастырского образа жизни: братья должны были слушать мессу и каждый день читать молитвы, а также ходить на заутреню и вечерню в церковь по важным праздникам. Финансовые дела находились под внимательным контролем. Но главные реформы брата Жана касались обороны, как и приличествовало ветерану Родоса; постройки в Биргу укрепили, и в Венеции выковали стальные цепи длиной 200 метров, чтобы загородить Галерную гавань.

Королева Мария возродила английский ланг в 1557 году; Клеркенвелл был восстановлен с 10 командориями под началом великого приора Томаса Трешема, были вновь назначены три бейлифа – туркопольер, приор Ирландии и бейлиф Игла, и в маленьком оберже в Биргу снова поселилось пятеро братьев. Но королевой стала Елизавета, и к 1559 году английский ланг снова сошел на нет. В 1564 году последний шотландский приор Джеймс Сэндилендс перешел в протестантство, королева дала ему командорию, и он стал лордом Торфихена. На Мальте остался единственный английский брат – Оливер Старки, лейтенант туркопольера и командор Квенингтона, тихий ученый человек, который жил один в доме на улице Маджистрал рядом с заброшенным обержем. Позднее он стал латинским секретарем Валлетта, и эта должность подразумевала составление всей дипломатической корреспонденции.

Орден воспрял духом благодаря возникновению нового братства. В 1561 году великий герцог Тосканы Козимо I основал орден Святого Стефана с бенедиктинским уставом и миссией воевать с корсарами. Рыцари ордена делились на четыре разряда: рыцари с четырьмя доказательствами благородного происхождения, которые давали обеты бедности, милосердия и послушания, носили белый плащ с розовой подкладкой и красный мальтийский крест с золотыми краями на левой стороне груди; капелланы в белой сутане и капюшоне, с крестом с желтыми краями; служащие братья в белом саржевом одеянии с простым красным крестом; и сестры. Пост магистра по наследству передавался между великими герцогами, рыцари могли жениться и не должны были постоянно соблюдать монастырские обязанности; бейлифы, включавшие в себя коннетабля, адмирала, великого приора, канцлера, казначея, хранителя и приора обители, избирались на три года. Козимо сделал рыцарям великолепные дары, он поручил художнику и архитектору Джорджо Вазари возвести красивую церковь и обитель в Пизе, первую увесили турецкими трофеями, а вторую украсили фресковой потолочной росписью в память о Лепанто. Однако эти рыцари позднего Возрождения были не просто украшением; многие холостые братья жили в обители, и их галеры с энтузиазмом сражались вместе с мальтийскими.